Locus 2705

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,513,637 – 9,513,750
Length	113
Max. P	0.938273

overview

Window 0

Location	9,513,637 – 9,513,750
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.26
Mean single sequence MFE	-23.96
Consensus MFE	-21.86
Energy contribution	-22.26
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.27
SVM RNA-class probability	0.938040
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9513637 113 + 20766785
GGAAUAUAUU--CUAUAUGCGCUUGUAUAAACAAUCCAGUACUGAAAUCUAUUUAUGUAGUGGCACACUUAUACAGCGAUUGUCUAUAAGUACCAAU-UUAUGGGUAC----AUACGAUU
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>DroSec_CAF1 10689 116 + 1
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(((((....))))).....(((.(((((((....((((.(.(((((.....)))).).).))))....))))))))))...........(((((.........)))))----........ ( -21.40)
>DroSim_CAF1 10723 116 + 1
GGAAUAUAUUCUAUAUAUGCGCAUGUAUAAACAAUCCAGUACUGAAAUCUAUUUAUGUAGUGGCACACUUAUACAGCGAUUGUCUAUAAGUACCUAUUUUAUGGGUAC----AUACGAUU
(((((((((...)))))).(((.(((((((.....(((.(((((((.....)))).))).))).....))))))))))....)))....((((((((...))))))))----........ ( -26.30)
>DroEre_CAF1 10892 113 + 1
GGAAUAUAUU--CUAUAUGCGCAUGUAUAAACAAUCCAGUACUGAAAUCUAUUUAUGUAGUGGCACACUUAUACAGCGAUUGUCUAUAAGUACCAAU-UUAUGGGUAC----AUACGAUU
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>DroYak_CAF1 10795 117 + 1
GGAAUCUAUU--CUAUAUGCGCAUGUAUAAACAAUCCAGUACUGAAAUCUAUUUAUGUAGUGGCACACUUAUACAGCGAUUGUCUAUAAGUACCAAU-UUAUGGGUACAUACAUACGAUU
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>consensus
GGAAUAUAUU__CUAUAUGCGCAUGUAUAAACAAUCCAGUACUGAAAUCUAUUUAUGUAGUGGCACACUUAUACAGCGAUUGUCUAUAAGUACCAAU_UUAUGGGUAC____AUACGAUU
...................(((.(((((((.....(((.(((((((.....)))).))).))).....))))))))))(((((......(((((.........)))))......))))). (-21.86 = -22.26 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	9,513,637 – 9,513,750
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.26
Mean single sequence MFE	-23.61
Consensus MFE	-21.24
Energy contribution	-21.48
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.51
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.938273
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9513637 113 - 20766785
AAUCGUAU----GUACCCAUAA-AUUGGUACUUAUAGACAAUCGCUGUAUAAGUGUGCCACUACAUAAAUAGAUUUCAGUACUGGAUUGUUUAUACAAGCGCAUAUAG--AAUAUAUUCC
...(((..----(((((.....-...))))).(((((((((((.(.((((..(((((....))))).....(....).)))).))))))))))))...))).......--.......... ( -21.30)
>DroSec_CAF1 10689 116 - 1
AUUCGUAU----GUACCCAUAAAAUUGGUACUUAUAGACAAUCGCUGUAUAAGUGUUCCACUGCAUAAAUAGAUUUCAGUACUGGAUUGUUUAUACAUGCGCAUAUAGAAUAUAUAUUCC
((((((((----((..(((......)))...............(((((((((..(.((((.(((..............))).)))).)..))))))).)))))))).))))......... ( -23.84)
>DroSim_CAF1 10723 116 - 1
AAUCGUAU----GUACCCAUAAAAUAGGUACUUAUAGACAAUCGCUGUAUAAGUGUGCCACUACAUAAAUAGAUUUCAGUACUGGAUUGUUUAUACAUGCGCAUAUAUAGAAUAUAUUCC
...(((((----(((((.........))))).(((((((((((.(.((((..(((((....))))).....(....).)))).)))))))))))).)))))................... ( -22.80)
>DroEre_CAF1 10892 113 - 1
AAUCGUAU----GUACCCAUAA-AUUGGUACUUAUAGACAAUCGCUGUAUAAGUGUGCCACUACAUAAAUAGAUUUCAGUACUGGAUUGUUUAUACAUGCGCAUAUAG--AAUAUAUUCC
...(((((----(((((.....-...))))).(((((((((((.(.((((..(((((....))))).....(....).)))).)))))))))))).))))).......--.......... ( -23.40)
>DroYak_CAF1 10795 117 - 1
AAUCGUAUGUAUGUACCCAUAA-AUUGGUACUUAUAGACAAUCGCUGUAUAAGUGUGCCACUACAUAAAUAGAUUUCAGUACUGGAUUGUUUAUACAUGCGCAUAUAG--AAUAGAUUCC
...((((((((.(((((.....-...)))))...(((((((((.(.((((..(((((....))))).....(....).)))).)))))))))))))))))).......--.......... ( -26.70)
>consensus
AAUCGUAU____GUACCCAUAA_AUUGGUACUUAUAGACAAUCGCUGUAUAAGUGUGCCACUACAUAAAUAGAUUUCAGUACUGGAUUGUUUAUACAUGCGCAUAUAG__AAUAUAUUCC
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alignment

secondary structure

dotplot

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