Locus 2701

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,511,359 – 9,511,596
Length 237
Max. P 0.999842
window4459 window4460 window4461 window4462 window4463 window4464 window4465

overview

Window 9

Location 9,511,359 – 9,511,476
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.22
Mean single sequence MFE -28.53
Consensus MFE -27.04
Energy contribution -27.16
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.791489
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511359 117 + 20766785
---CGGGUGUGUUUGCUUUUGCCUUAAUCAGCAGAAAAUCAUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUAUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCUCUAGCUCUA
---.((((((....((((((((........))))))........................(((((((........))))))).))....))))))......((((((.......)))))) ( -29.10)
>DroSec_CAF1 8403 116 + 1
---CGGGUGUGUUUGCUUUUGCCUUAAUCAGCAGAAAAUCAUAUGCGAAAUGAACGAUACAGAUGUGACCAUGUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUCUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUA
---.(((.(((((.((((((((........))))))..((((.......)))).......(((((((........))))))).))...))))).)))....((((((....-..)))))) ( -30.10)
>DroSim_CAF1 8423 119 + 1
GACCGGGUGUGUUUGCUUUUGCCUUAAUCAGCAGAAAAUCAUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUGUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUA
....((((((....((((((((........))))))........................(((((((........))))))).))....))))))......((((((....-..)))))) ( -29.60)
>DroEre_CAF1 8660 116 + 1
---AGAGUGUGUUUGCGUUUGCCUUAAUCAGCAGAAAAUCAUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUAUACACAUCUAGCCAUAGCGCUCUUUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUA
---(((((((....((.(((((........))))).........................(((((((........))))))).))....))))))).....((((((....-..)))))) ( -29.30)
>DroYak_CAF1 8560 116 + 1
---CGAGUGUGUUUGCUUUUGCCUUAAUCAGCAGAAAAUCAUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUGUACACAUCUAGCCAUAGCGCUCUUUAUGUAGAUCCCCU-UAGCGCUA
---...(((..(((((((((((........))))))........)).)))..))).....(((((((........))))))).....(((((((.................-.))))))) ( -24.57)
>consensus
___CGGGUGUGUUUGCUUUUGCCUUAAUCAGCAGAAAAUCAUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUGUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCU_UAGCUCUA
....((((((....((((((((........))))))........................(((((((........))))))).))....))))))......((((((.......)))))) (-27.04 = -27.16 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 9,511,396 – 9,511,516
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.15
Mean single sequence MFE -39.81
Consensus MFE -37.38
Energy contribution -37.98
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -4.97
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 3.90
SVM RNA-class probability 0.999696
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511396 120 + 20766785
AUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUAUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCUCUAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAAAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUC
(((((((.............(((((((........))))))).((....))....((((((((((((.......))))).(.(((((((((....)))))))))))))))))))))))). ( -39.40)
>DroSec_CAF1 8440 119 + 1
AUAUGCGAAAUGAACGAUACAGAUGUGACCAUGUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUCUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUC
(((((((.............(((((((........))))))).((....))......((((((((((....-..))))).(.(((((((((....)))))))))))))))..))))))). ( -39.40)
>DroSim_CAF1 8463 119 + 1
AUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUGUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUC
(((((((.............(((((((........))))))).((....))....((((((((((((....-..))))).(.(((((((((....)))))))))))))))))))))))). ( -40.90)
>DroEre_CAF1 8697 119 + 1
AUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUAUACACAUCUAGCCAUAGCGCUCUUUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUC
...............((((((((((((........))))))).......(((...((((((((((((....-..))))).(.(((((((((....))))))))))))))))))))))))) ( -40.90)
>DroYak_CAF1 8597 119 + 1
AUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUGUACACAUCUAGCCAUAGCGCUCUUUAUGUAGAUCCCCU-UAGCGCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUC
(((((((..((((.......(((((((........))))))).....(((((((.................-.)))))))(.(((((((((....))))))))))))))...))))))). ( -38.47)
>consensus
AUAUGCGAAAUGUACGAUACAGAUGUGCCCAUGUACACAUCUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCU_UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUC
(((((((.............(((((((........))))))).((....))....((((((((((((.......))))).(.(((((((((....)))))))))))))))))))))))). (-37.38 = -37.98 +   0.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 9,511,396 – 9,511,516
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.15
Mean single sequence MFE -45.42
Consensus MFE -42.30
Energy contribution -42.50
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -4.60
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.23
SVM RNA-class probability 0.999842
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511396 120 - 20766785
GAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUUUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUAGAGGGGCUCUACAUAAAGAGUGCUAUAGCUAGAUGUGUAUAUGGGCACAUCUGUAUCGUACAUUUCGCAUAU
.....(((...((((((((((((((....)))))))))....((((((..((.(((((......))))).)).))))(((((((((......)))))))))..)).)))))..))).... ( -45.60)
>DroSec_CAF1 8440 119 - 1
GAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA-AGGGGCUCUACAUAGAGAGUGCUAUAGCUAGAUGUGUACAUGGUCACAUCUGUAUCGUUCAUUUCGCAUAU
(((((.......((.((((((((((....)))))))))).)).(((((-.((.(((((......))))).)).)))))(((((((........))))))))))))............... ( -43.30)
>DroSim_CAF1 8463 119 - 1
GAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA-AGGGGCUCUACAUAAAGAGUGCUAUAGCUAGAUGUGUACAUGGGCACAUCUGUAUCGUACAUUUCGCAUAU
.....(((...((((((((((((((....)))))))))....((((((-.((.(((((......))))).)).))))(((((((((......)))))))))..)).)))))..))).... ( -47.10)
>DroEre_CAF1 8697 119 - 1
GAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA-AGGGGCUCUACAUAAAGAGCGCUAUGGCUAGAUGUGUAUAUGGGCACAUCUGUAUCGUACAUUUCGCAUAU
.....(((...((((((((((((((....)))))))))....((((((-.((.(((((......))))).)).))))(((((((((......)))))))))..)).)))))..))).... ( -48.40)
>DroYak_CAF1 8597 119 - 1
GAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGCGCUA-AGGGGAUCUACAUAAAGAGCGCUAUGGCUAGAUGUGUACAUGGGCACAUCUGUAUCGUACAUUUCGCAUAU
.....(((...((((((((((((((....)))))))))..(((((((.-...(......)......)))))))..((.((((((((......))))))))))....)))))..))).... ( -42.70)
>consensus
GAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA_AGGGGCUCUACAUAAAGAGUGCUAUAGCUAGAUGUGUACAUGGGCACAUCUGUAUCGUACAUUUCGCAUAU
(((((((.(((((((((((((((((....))))))))))..((((((.....)))))))))))))..))((....)).((((((((......)))))))))))))............... (-42.30 = -42.50 +   0.20)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 9,511,436 – 9,511,556
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.32
Mean single sequence MFE -38.30
Consensus MFE -36.28
Energy contribution -36.40
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 4.04
SVM RNA-class probability 0.999770
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511436 120 + 20766785
CUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCUCUAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAAAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGG
...(((((...((.(((((((((((((.......))))).(.(((((((((....))))))))))))))))).).))....)))))..((..((((((.....))))))...))...... ( -36.50)
>DroSec_CAF1 8480 119 + 1
CUAGCUAUAGCACUCUCUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGG
...((....))......((((((((((....-..))))).(.(((((((((....)))))))))))))))..(.(((.(((.((....))..((((((.....))))))...)))))).) ( -35.40)
>DroSim_CAF1 8503 119 + 1
CUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGG
...(((((...((.(((((((((((((....-..))))).(.(((((((((....))))))))))))))))).).))....)))))..((..((((((.....))))))...))...... ( -38.00)
>DroEre_CAF1 8737 119 + 1
CUAGCCAUAGCGCUCUUUAUGUAGAGCCCCU-UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGG
...(((((.((((..((((((((((((....-..))))).(.(((((((((....))))))))))))))))).))))....)))))..((..((((((.....))))))...))...... ( -44.80)
>DroYak_CAF1 8637 119 + 1
CUAGCCAUAGCGCUCUUUAUGUAGAUCCCCU-UAGCGCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGG
...(((((.((((..(((((((.......((-.......)).(((((((((....))))))))).))))))).))))....)))))..((..((((((.....))))))...))...... ( -36.80)
>consensus
CUAGCUAUAGCACUCUUUAUGUAGAGCCCCU_UAGCUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGG
...(((((...((.(((((((((((((.......))))).(.(((((((((....))))))))))))))))).).))....)))))..((..((((((.....))))))...))...... (-36.28 = -36.40 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 9,511,436 – 9,511,556
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.32
Mean single sequence MFE -42.02
Consensus MFE -38.98
Energy contribution -38.98
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.00
SVM RNA-class probability 0.999748
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511436 120 - 20766785
CCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUUUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUAGAGGGGCUCUACAUAAAGAGUGCUAUAGCUAG
..(((..(((.(((.((((((.........))))))))).)))..)))....((.((((((((((....)))))))))).)).(((((..((.(((((......))))).)).))))).. ( -40.80)
>DroSec_CAF1 8480 119 - 1
CCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA-AGGGGCUCUACAUAGAGAGUGCUAUAGCUAG
..(((..(((.(((.((((((.........))))))))).)))..)))....((.((((((((((....)))))))))).)).(((((-.((.(((((......))))).)).))))).. ( -42.40)
>DroSim_CAF1 8503 119 - 1
CCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA-AGGGGCUCUACAUAAAGAGUGCUAUAGCUAG
..(((..(((.(((.((((((.........))))))))).)))..)))....((.((((((((((....)))))))))).)).(((((-.((.(((((......))))).)).))))).. ( -42.30)
>DroEre_CAF1 8737 119 - 1
CCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA-AGGGGCUCUACAUAAAGAGCGCUAUGGCUAG
.((((.((((((((.((((((.........))))))))).........(((((((((((((((((....))))))))))..((((((.-...))))))))))))))))))..)))).... ( -45.20)
>DroYak_CAF1 8637 119 - 1
CCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGCGCUA-AGGGGAUCUACAUAAAGAGCGCUAUGGCUAG
.((((.((((((((.((((((.........))))))))).........(((((((((((((((((....))))))))((((.......-.))))..))))))))))))))..)))).... ( -39.40)
>consensus
CCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUCUAGAGCUA_AGGGGCUCUACAUAAAGAGUGCUAUAGCUAG
..(((..(((.(((.((((((.........))))))))).)))..)))(((((((((((((((((....))))))))))..((((((.....))))))))))))).(((......))).. (-38.98 = -38.98 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 9,511,476 – 9,511,596
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.99
Mean single sequence MFE -33.58
Consensus MFE -30.58
Energy contribution -30.42
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.809007
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511476 120 + 20766785
GAGUCUAGACUCUAAAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGGGCGAGUGAGUAUGUACAGUUUAAGAGAGCGAGGCAAUAUG
..(((((((((....)))))))))(((....((((((.(((.......))).))))))...((((...((......))..)))))))....(((...((((....))))...)))..... ( -32.20)
>DroSec_CAF1 8519 120 + 1
GAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGGGCGAGUGAGUAUGUACAGUUUAAGAGAGCGAGGCAAUACG
..(((((((((....)))))))))(((....((((((.(((.......))).))))))...((((...((......))..))))))).((((((...((((....))))...)).)))). ( -35.30)
>DroSim_CAF1 8542 120 + 1
GAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGGGCGAGUGAGUAUGUACAGUUUAAGAGAGCGAGGCAAUACG
..(((((((((....)))))))))(((....((((((.(((.......))).))))))...((((...((......))..))))))).((((((...((((....))))...)).)))). ( -35.30)
>DroEre_CAF1 8776 116 + 1
GAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGGGCGAG----UAUGUACAGUUUAAGAGAGCGAGGCAAUACG
(.(((((((((....))))))))))......((((((.(((.......))).))))))...((((...((......))..))))(----(((((...((((....))))...)).)))). ( -32.50)
>DroYak_CAF1 8676 116 + 1
GAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGGGCGAG----UGUGUACAGUUUAAGAGAGCGAGGCAAUACG
..(((((((((....)))))))))(((....((((((.(((.......))).))))))...((((...((......))..)))))----))(((...((((....))))...)))..... ( -32.60)
>consensus
GAGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACCACAUAAACGCGUAUCGAUGGCGACGAAAUGUGUACAUCGCACAUGAACGAACGGGGCGAGUGAGUAUGUACAGUUUAAGAGAGCGAGGCAAUACG
(.(((((((((....))))))))))(((((.((((((.(((.......))).))))))...((((...((......))..)))).....)))))...((((....))))........... (-30.58 = -30.42 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 9,511,476 – 9,511,596
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.99
Mean single sequence MFE -30.97
Consensus MFE -29.48
Energy contribution -29.32
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 2.66
SVM RNA-class probability 0.996179
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9511476 120 - 20766785
CAUAUUGCCUCGCUCUCUUAAACUGUACAUACUCACUCGCCCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUUUAGAGUCUAGACUC
(((((.....(((..........(((((((.(.(((.................))).))))))))......((((....))))..)))...)))))(((((((((....))))))))).. ( -30.43)
>DroSec_CAF1 8519 120 - 1
CGUAUUGCCUCGCUCUCUUAAACUGUACAUACUCACUCGCCCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUC
.........................((((((......(((.....(((...(((.((((((.........))))))))))))...)))..))))))(((((((((....))))))))).. ( -29.90)
>DroSim_CAF1 8542 120 - 1
CGUAUUGCCUCGCUCUCUUAAACUGUACAUACUCACUCGCCCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUC
.........................((((((......(((.....(((...(((.((((((.........))))))))))))...)))..))))))(((((((((....))))))))).. ( -29.90)
>DroEre_CAF1 8776 116 - 1
CGUAUUGCCUCGCUCUCUUAAACUGUACAUA----CUCGCCCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUC
.........................((((((----..(((.....(((...(((.((((((.........))))))))))))...)))..))))))(((((((((....))))))))).. ( -33.40)
>DroYak_CAF1 8676 116 - 1
CGUAUUGCCUCGCUCUCUUAAACUGUACACA----CUCGCCCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUC
...........................((((----..(((.....(((...(((.((((((.........))))))))))))...)))....))))(((((((((....))))))))).. ( -31.20)
>consensus
CGUAUUGCCUCGCUCUCUUAAACUGUACAUACUCACUCGCCCCGUUCGUUCAUGUGCGAUGUACACAUUUCGUCGCCAUCGAUACGCGUUUAUGUGGUCUAGACUCUAGAGUCUAGACUC
...........................((((......(((.....(((...(((.((((((.........))))))))))))...)))....))))(((((((((....))))))))).. (-29.48 = -29.32 +  -0.16)

alignment

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