Locus 2690

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,497,629 – 9,497,749
Length 120
Max. P 0.720579
window4430

overview

Window 0

Location 9,497,629 – 9,497,749
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.89
Mean single sequence MFE -49.07
Consensus MFE -31.27
Energy contribution -32.67
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.720579
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9497629 120 - 20766785
AAUCCAGCAAGUUAGUAGUCAUUGCUCUGGCCGCCGCCGGAAACAAAGAGUGGUCACUCAGCCUCCCGGAUUGCGAGAGUGCAGAGGCUGUUGUGGCCACGCGAUUUCUAGUGGCUGUGG
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>DroVir_CAF1 12602 120 - 1
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>DroPse_CAF1 9100 120 - 1
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>DroGri_CAF1 10566 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 13400 120 - 1
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>DroAna_CAF1 10089 120 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

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