Locus 2684

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,470,609 – 9,470,751
Length	142
Max. P	0.966758

overview

Window 7

Location	9,470,609 – 9,470,714
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.55
Mean single sequence MFE	-52.63
Consensus MFE	-35.07
Energy contribution	-35.93
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-3.37
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.966758
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9470609 105 + 20766785
GAUGCCCACGGUGGAGGUCAUCUGGAG------------AUCCG---GAAAAGUCAGCGGCAGCGUGUGCGGAUGGAGCUGAGCUGGCCCACCGGGAGCCAGCUCACGCUCCGUGGACAU
(((..((.....))..))).(((((..------------..)))---))...(((..(.(((.....))).)((((((((((((((((((....)).))))))))).))))))).))).. ( -48.90)
>DroVir_CAF1 8759 111 + 1
AAUGCCCACCGCAGAGUUCAGCUGCAGCGCAGUGCCCAAAUCGGGUGAAAAUGUCAACGGCAGCGU------AUGGAGCUGAGCUGGCCCGCCG---GCCAGCUCCCGCUCCGUUGACAU
..(((.....)))...(((.(((((...)))))((((.....))))))).((((((((((.((((.------..(((((((.(((((....)))---))))))))))))))))))))))) ( -56.30)
>DroPse_CAF1 6356 105 + 1
GAUGCCCACGGUGGUGUUGAUCUGGAG------------AUCGG---GAAAUGUCAACGGCAGCGUGUGCGUCAGGAGCUGAGCUGGCCCACCAGAAGCCAGCUCGCGCUCCGUUGACAU
(((((.((((.((.(((((((((.(..------------..).)---))....)))))).)).)))).))))).((((((((((((((.........))))))))).)))))........ ( -53.20)
>DroWil_CAF1 31126 105 + 1
UAUGCCCACGGUAGAGCUCAGCUGGAG------------AUCGG---GAAAUGUCAACGGCAGCGUAUGCGUAUGGAGCUGAGCUGGCCCACCAGGUGCCAGCUCCCGCUCCGUUGACAU
....(((.((((.(....).))))(..------------..)))---)..((((((((.(((.....)))....(((((.((((((((((....)).))))))))..))))))))))))) ( -47.80)
>DroAna_CAF1 6588 105 + 1
GAUGCCCACCGCGGAGGUGAUCUGCAG------------GUCCG---GGAACGUCAAUGGCAACGUGUGCGGGUGGAGCUGAGCUGGCCCCCCGGGAGCCAGCUCGCGCUCCGUAGACAU
(((((((((((((((.....))))).)------------))..)---))..))))...(....)((.(((....((((((((((((((((....)).))))))))).)))))))).)).. ( -51.60)
>DroPer_CAF1 6294 105 + 1
GAUGCCCACGGUGGUGUUGAUCUGGAG------------AUCGG---GAAAUGUCAACGGCAGCGUGUGCGUCAGGAGCUGAGCUGGCCCGCCAGGAGCCAGCUCGCGCUCCGUUGACAU
(((((.((((.((.(((((((((.(..------------..).)---))....)))))).)).)))).))))).((((((((((((((((....)).))))))))).)))))........ ( -58.00)
>consensus
GAUGCCCACGGUGGAGUUCAUCUGGAG____________AUCGG___GAAAUGUCAACGGCAGCGUGUGCGUAUGGAGCUGAGCUGGCCCACCAGGAGCCAGCUCGCGCUCCGUUGACAU
..(((.....))).......................................((((((.(((.....)))....((((((((((((((((....)).))))))))).))))))))))).. (-35.07 = -35.93 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	9,470,609 – 9,470,714
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.55
Mean single sequence MFE	-49.40
Consensus MFE	-35.11
Energy contribution	-36.20
Covariance contribution	1.09
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-3.34
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.57
SVM RNA-class probability	0.964596
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9470609 105 - 20766785
AUGUCCACGGAGCGUGAGCUGGCUCCCGGUGGGCCAGCUCAGCUCCAUCCGCACACGCUGCCGCUGACUUUUC---CGGAU------------CUCCAGAUGACCUCCACCGUGGGCAUC
(((((((((((((.(((((((((((.....)))))))))))))).((((.(((.....)))............---.((..------------..)).)))).......)))))))))). ( -47.00)
>DroVir_CAF1 8759 111 - 1
AUGUCAACGGAGCGGGAGCUGGC---CGGCGGGCCAGCUCAGCUCCAU------ACGCUGCCGUUGACAUUUUCACCCGAUUUGGGCACUGCGCUGCAGCUGAACUCUGCGGUGGGCAUU
(((((((((((((((((((((((---.((....)).)).)))))))..------.)))).)))))))))).....(((.....))).....((((((((.......))))))))...... ( -53.70)
>DroPse_CAF1 6356 105 - 1
AUGUCAACGGAGCGCGAGCUGGCUUCUGGUGGGCCAGCUCAGCUCCUGACGCACACGCUGCCGUUGACAUUUC---CCGAU------------CUCCAGAUCAACACCACCGUGGGCAUC
((((((((((((((.((((((((((.....)))))))))).((.......))...)))).))))))))))..(---(((((------------(....)))).((......))))).... ( -46.70)
>DroWil_CAF1 31126 105 - 1
AUGUCAACGGAGCGGGAGCUGGCACCUGGUGGGCCAGCUCAGCUCCAUACGCAUACGCUGCCGUUGACAUUUC---CCGAU------------CUCCAGCUGAGCUCUACCGUGGGCAUA
((((((((((((((.((((((((.((....)))))))))).((.......))...)))).))))))))))...---.....------------..........((((......))))... ( -48.00)
>DroAna_CAF1 6588 105 - 1
AUGUCUACGGAGCGCGAGCUGGCUCCCGGGGGGCCAGCUCAGCUCCACCCGCACACGUUGCCAUUGACGUUCC---CGGAC------------CUGCAGAUCACCUCCGCGGUGGGCAUC
(((((((((((((..(((((((((((...))))))))))).)))))...(((..(((((......)))))...---.(((.------------.((.....))..)))))))))))))). ( -52.40)
>DroPer_CAF1 6294 105 - 1
AUGUCAACGGAGCGCGAGCUGGCUCCUGGCGGGCCAGCUCAGCUCCUGACGCACACGCUGCCGUUGACAUUUC---CCGAU------------CUCCAGAUCAACACCACCGUGGGCAUC
((((((((((((((.((((((((((.....)))))))))).((.......))...)))).))))))))))..(---(((((------------(....)))).((......))))).... ( -48.60)
>consensus
AUGUCAACGGAGCGCGAGCUGGCUCCCGGUGGGCCAGCUCAGCUCCAUACGCACACGCUGCCGUUGACAUUUC___CCGAU____________CUCCAGAUCAACUCCACCGUGGGCAUC
((((((((((((((.((((((((((.....)))))))))).((.......))...)))).))))))))))....................................((.....))..... (-35.11 = -36.20 +   1.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	9,470,637 – 9,470,751
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-55.47
Consensus MFE	-37.72
Energy contribution	-40.25
Covariance contribution	2.53
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.938429
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9470637 114 + 20766785
UCCG---GAAAAGUCAGCGGCAGCGUGUGCGGAUGGAGCUGAGCUGGCCCACCGGGAGCCAGCUCACGCUCCGUGGACAUUUUAGUCGGUGUCGGCGUCAGUUUGAGGCGGC---GUCGC
....---.....(.((.((((((.((((.(..((((((((((((((((((....)).))))))))).)))))))).)))).)).)))).)).)((((((.((.....)))))---))).. ( -53.00)
>DroVir_CAF1 8799 105 + 1
UCGGGUGAAAAUGUCAACGGCAGCGU------AUGGAGCUGAGCUGGCCCGCCG---GCCAGCUCCCGCUCCGUUGACAUUUUAGUCGGUGUCGGCGUCAGCUUGAGGCGUU------GC
((((.(((((.(((((((((.((((.------..(((((((.(((((....)))---))))))))))))))))))))))))))).))))...(((((((.......))))))------). ( -57.00)
>DroGri_CAF1 7377 108 + 1
UCGGGUGGAAAUGUCAACGGCAGCGU------AUGGAGCUGAGCUGGGCCCCCC---GCCAGCUCCCGCUCCGUUGACAUCUUAGUCGGUGUCGGCGUCAGCUUGAGGCGUU---GCUUC
((((.(((..((((((((((.((((.------..(((((((.((.((....)).---))))))))))))))))))))))).))).)))).(.(((((((.......))))))---))... ( -51.30)
>DroWil_CAF1 31154 113 + 1
UCGG---GAAAUGUCAACGGCAGCGUAUGCGUAUGGAGCUGAGCUGGCCCACCAGGUGCCAGCUCCCGCUCCGUUGACAUUUUGGUCGGUGUGGGAGUCAGCUUGAGGCGUU---UGCA-
...(---.(((((((....(((.....)))...(.(((((((((((((((....)).))))))((((((.((((..(....)..).))).)))))).))))))).)))))))---).).- ( -51.50)
>DroAna_CAF1 6616 117 + 1
UCCG---GGAACGUCAAUGGCAACGUGUGCGGGUGGAGCUGAGCUGGCCCCCCGGGAGCCAGCUCGCGCUCCGUAGACAUCUUGGUCGGUGUCGGCGUCAGUUUGAGGCUGCUCCGGCGC
..((---(((.(((..(((....)))..)))...((((((((((((((((....)).))))))))).))))).......)))))(((((.(.((((.((.....)).))))).))))).. ( -59.70)
>DroPer_CAF1 6322 113 + 1
UCGG---GAAAUGUCAACGGCAGCGUGUGCGUCAGGAGCUGAGCUGGCCCGCCAGGAGCCAGCUCGCGCUCCGUUGACAUUUUGGUCGGUGUCGGCGUCAGUUUGAGGCGUU---GAUG-
((((---((((((((((((((.((....))))).((((((((((((((((....)).))))))))).))))))))))))))))..)))).(((((((((.......))))))---))).- ( -60.30)
>consensus
UCGG___GAAAUGUCAACGGCAGCGUGUGCG_AUGGAGCUGAGCUGGCCCACCGGGAGCCAGCUCCCGCUCCGUUGACAUUUUAGUCGGUGUCGGCGUCAGCUUGAGGCGUU___GGCGC
.(((...(((((((((((((.((((...((.......)).((((((((((....)).)))))))).)))))))))))))))))..)))((.(((((....)).))).))........... (-37.72 = -40.25 +   2.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,470,637 – 9,470,751
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-45.70
Consensus MFE	-34.15
Energy contribution	-36.35
Covariance contribution	2.20
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.43
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.925209
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9470637 114 - 20766785
GCGAC---GCCGCCUCAAACUGACGCCGACACCGACUAAAAUGUCCACGGAGCGUGAGCUGGCUCCCGGUGGGCCAGCUCAGCUCCAUCCGCACACGCUGCCGCUGACUUUUC---CGGA
(((..---((.((.((.....)).((.((....(((......)))...(((((.(((((((((((.....)))))))))))))))).)).))....)).))))).........---.... ( -42.40)
>DroVir_CAF1 8799 105 - 1
GC------AACGCCUCAAGCUGACGCCGACACCGACUAAAAUGUCAACGGAGCGGGAGCUGGC---CGGCGGGCCAGCUCAGCUCCAU------ACGCUGCCGUUGACAUUUUCACCCGA
..------...((.((.....)).))......((...((((((((((((((((((((((((((---.((....)).)).)))))))..------.)))).)))))))))))))....)). ( -45.10)
>DroGri_CAF1 7377 108 - 1
GAAGC---AACGCCUCAAGCUGACGCCGACACCGACUAAGAUGUCAACGGAGCGGGAGCUGGC---GGGGGGCCCAGCUCAGCUCCAU------ACGCUGCCGUUGACAUUUCCACCCGA
.....---...((.((.....)).))......((....(((((((((((((((((((((((((---.((....)).)).)))))))..------.)))).)))))))))))).....)). ( -44.60)
>DroWil_CAF1 31154 113 - 1
-UGCA---AACGCCUCAAGCUGACUCCCACACCGACCAAAAUGUCAACGGAGCGGGAGCUGGCACCUGGUGGGCCAGCUCAGCUCCAUACGCAUACGCUGCCGUUGACAUUUC---CCGA
-....---...((.....))............((....((((((((((((((((.((((((((.((....)))))))))).((.......))...)))).)))))))))))).---.)). ( -45.10)
>DroAna_CAF1 6616 117 - 1
GCGCCGGAGCAGCCUCAAACUGACGCCGACACCGACCAAGAUGUCUACGGAGCGCGAGCUGGCUCCCGGGGGGCCAGCUCAGCUCCACCCGCACACGUUGCCAUUGACGUUCC---CGGA
...((((.((.((.((.....)).)).((((.(......).))))...(((((..(((((((((((...))))))))))).)))))....))..(((((......)))))..)---))). ( -51.10)
>DroPer_CAF1 6322 113 - 1
-CAUC---AACGCCUCAAACUGACGCCGACACCGACCAAAAUGUCAACGGAGCGCGAGCUGGCUCCUGGCGGGCCAGCUCAGCUCCUGACGCACACGCUGCCGUUGACAUUUC---CCGA
-....---...((.((.....)).))......((....((((((((((((((((.((((((((((.....)))))))))).((.......))...)))).)))))))))))).---.)). ( -45.90)
>consensus
GCGCC___AACGCCUCAAACUGACGCCGACACCGACCAAAAUGUCAACGGAGCGGGAGCUGGCUCCCGGCGGGCCAGCUCAGCUCCAU_CGCACACGCUGCCGUUGACAUUUC___CCGA
...........((.((.....)).))............((((((((((((((((.((((((((.((....)))))))))).((.......))...)))).))))))))))))........ (-34.15 = -36.35 +   2.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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