Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,466,721 – 9,466,832 |
Length | 111 |
Max. P | 0.685875 |
Location | 9,466,721 – 9,466,832 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.79 |
Mean single sequence MFE | -49.80 |
Consensus MFE | -37.74 |
Energy contribution | -38.05 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.38 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 0.32 |
SVM RNA-class probability | 0.685875 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9466721 111 + 20766785 GUUGCUGCU---GCACCGGCCACAGUUGCUCCACCAGCGGCCACAUUCUGGGCACUUGGGCUGGUGACGGCGGUGGGAUUGACCGACGAGCCGGGCGCUGGUGGUGCUGCAAA------G ((.((((..---....)))).)).((.((.(((((((((.((.(.....)(((......((((....)))).((.((.....)).))..))))).))))))))).)).))...------. ( -51.50) >DroVir_CAF1 4585 120 + 1 GCUGCAGCAGCUGCACCACCAACGGUGGCACCGCCGGCAGCAACAUUCUGAGCACUCGGACUGGUCACAGCGGUGGGAUUUACCGAUGAACCGGGCGCUGGUGGUGCUGCAAGCGUGUGU ((((((((.((..((((......))))))(((((((((.((.....(((((....)))))(((((((...(((((.....))))).)).))))))))))))))))))))).)))...... ( -55.60) >DroGri_CAF1 2972 114 + 1 GCAGCGGCUGCUGCACCACCCACAGUAGCACCGCCCGCAGCAACAUUCUGAGCACUUGGACUGGUCACGGCGGUGGGAUUUACCGAUGAACCGGGUGUUGGUGGUGCUGCAAG------U (((((....)))))..........(((((((((((..(((.......)))(((((((((.(((....)))(((((.....))))).....))))))))))))))))))))...------. ( -48.30) >DroWil_CAF1 24393 114 + 1 GCCGCAGCAGCUGCACCACCCACUGUGGCACCGCCGGCAGCAACAUUCUGAGCACUCGGACUGGUCACAGCGGUGGGAUUAACAGAUGACCCAGGUGCUGAUGGUGCUGCAAA------U ...((((((.(.(((((..((.(((((((...((.....))..((.(((((....))))).))))))))).))((((.(((.....))))))))))))....).))))))...------. ( -48.20) >DroMoj_CAF1 3298 114 + 1 GCCGCAGCCGCGGCACCACCAACCGUGGCACCCCCUGCAGCAACAUUCUGAGCACUCGGACUGGUCACAGCGGUGGGAUUUACCGAAGAACCGGGCGCUGGCGGUGCUGCAAGA------ (((((....)))))..........(..(((((.((.((.((.....(((((....)))))(((((.....(((((.....)))))....))))))))).)).)))))..)....------ ( -48.10) >DroPer_CAF1 2886 114 + 1 GCUGAUGAGGCCGUCGCACCCACAGUGGCACCCCCAGCUGCCACAUUCUGGGCACUUGGGCUGGUUACAGCGGUGGGAUUGACCGAAGAACCCGGCGCUGGUGGUGCUGCAAG------G ((.((((....)))))).......(..(((((.(((((((((........)))).....(((((......((((.......))))......)))))))))).)))))..)...------. ( -47.10) >consensus GCUGCAGCAGCUGCACCACCCACAGUGGCACCGCCAGCAGCAACAUUCUGAGCACUCGGACUGGUCACAGCGGUGGGAUUUACCGAUGAACCGGGCGCUGGUGGUGCUGCAAG______U ((.((....)).))..........((((((((((((((.((.....(((((....)))))(((((.....((((.......))))....))))))))))))))))))))).......... (-37.74 = -38.05 + 0.31)
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