Locus 2664

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,403,477 – 9,403,637
Length 160
Max. P 0.530727
window4382 window4383

overview

Window 2

Location 9,403,477 – 9,403,597
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.11
Mean single sequence MFE -46.05
Consensus MFE -35.42
Energy contribution -34.70
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.77
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.530727
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9403477 120 - 20766785
ACACACAGACUGGACAGGUGGUGCUUGACGAUGGUCGGGUUUGCUCCAUUGUUGAGGCCAUCAACAGUGGCAAGCUGGACAUUCAGUCGAUAUCGGUGCGCGACCCAGUCAGCGGUGAGG
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>DroVir_CAF1 16011 120 - 1
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>DroGri_CAF1 16038 120 - 1
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>DroWil_CAF1 15351 120 - 1
ACUCACAAACCGGUCAGGUAAUACUUGAUGAUGGUCGAGUUUGUUCCAUUGUUGAGGCCAUCAAUAGUGGCAAGCUGGACAUUCAGUCGAUAUCGGUGCGCGACCCAGUUAGCGGUGAAG
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>DroMoj_CAF1 15926 120 - 1
AUCACCGGUCAGGCAAAGUGGUGCUUGACGAUGGUCAAGUUUGUUCCAUUGUUGAUGCUAUCAACAGUGGCAAACUCGACAUACAGUCGAUAUCGGUGCGCGACCCUGUUAGCGGUGAGG
.((((((((((((((......))))))))...((((..(((((..(((((((((((...))))))))))))))))(((((.....)))))...........)))).......)))))).. ( -49.70)
>DroPer_CAF1 16161 120 - 1
ACACGGAGACGGGCCAGGUGGUGCUGGACGAUGGUCGGGCUUGCUCCAUUGUUGAGGCCAUCAACAGUGGCAAGCUGGACAUCCAGUCGAUAUCGGUGCGCGACCCAGUUAGCGGCGAGG
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>consensus
ACACACAGACAGGACAAGUGGUGCUUGACGAUGGUCAAGUUUGUUCCAUUGUUGAGGCCAUCAACAGUGGCAAGCUGGACAUUCAGUCGAUAUCGGUGCGCGACCCAGUUAGCGGUGAGG
...(((..........(.(((((.(((((....(((.((((((..((((((((((.....)))))))))))))))).))).....)))))))))).).((((((...))).))))))... (-35.42 = -34.70 +  -0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 9,403,517 – 9,403,637
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.22
Mean single sequence MFE -38.01
Consensus MFE -22.65
Energy contribution -22.35
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506015
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9403517 120 - 20766785
GAAGAGCAAAAGCCAUCGGGCAUCGAGAACGUGACGAUAGACACACAGACUGGACAGGUGGUGCUUGACGAUGGUCGGGUUUGCUCCAUUGUUGAGGCCAUCAACAGUGGCAAGCUGGAC
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>DroVir_CAF1 16051 120 - 1
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>DroGri_CAF1 16078 120 - 1
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>DroWil_CAF1 15391 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 15966 120 - 1
GAAGAGCAGAGACCUGCAGCAAUUGAGAAUGUUACAAUAGAUCACCGGUCAGGCAAAGUGGUGCUUGACGAUGGUCAAGUUUGUUCCAUUGUUGAUGCUAUCAACAGUGGCAAACUCGAC
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>DroAna_CAF1 15412 120 - 1
GAGGAACAGAAACCGACGGGCAUGGAGAACGUGACCAUUGACCCACAGACCGGACAGGUGAUACUUGACGAUGGUCGGGUUUGCUCCAUUGUUGAGGCCAUCAACAGUGGCAAGCUGGAC
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>consensus
GAAGAGCAGAGACCUGCUGCCAUUGAGAAUGUUACAAUAGACCCACAGACAGGACAAGUGGUACUUGACGAUGGUCAAGUUUGUUCCAUUGUUGAGGCCAUCAACAGUGGCAAGCUGGAC
....................................................(.((((.....)))).)....(((.((((((..((((((((((.....)))))))))))))))).))) (-22.65 = -22.35 +  -0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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