Locus 2663

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,400,100 – 9,400,220
Length 120
Max. P 0.872503
window4381

overview

Window 1

Location 9,400,100 – 9,400,220
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.06
Mean single sequence MFE -47.12
Consensus MFE -25.31
Energy contribution -24.95
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.872503
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9400100 120 - 20766785
UUCACGCUGGCCGAGGCCAUUGGCUCAGGUCUGGUUGAUCCAUCGUCGACAGUGGUGCGUGACCCCAGCACUGGAGUCAUUGUCCCACUGACGGCUGCCAUUAGCAGUGGUCUAAUCGAU
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>DroVir_CAF1 12658 120 - 1
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>DroGri_CAF1 12667 120 - 1
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>DroWil_CAF1 11974 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 12576 120 - 1
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>DroAna_CAF1 11995 120 - 1
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>consensus
UACACGCUGGCCGAGGCCAUUAGCUCAGGUCUGAUUGAUCCCUCCUCGACGGUGGUGCGUGAUCCCAGCACUGGGGUCAUCUUACCACUGGCGGCUGCCAUUAGCAGCGGCCUGAUCGAU
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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