Locus 2661

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,396,225 – 9,396,345
Length 120
Max. P 0.829509
window4379

overview

Window 9

Location 9,396,225 – 9,396,345
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.22
Mean single sequence MFE -45.97
Consensus MFE -40.20
Energy contribution -40.15
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.829509
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9396225 120 - 20766785
AAGCCCCAGCCCCACCAAGGGAGGCAUCCUGUCGCCACUAUCGACUGGUUCCAGUGGAUUCGGUAGCCGCAGAUCCUCCCAGGAUGGUUUCCAGCUGUCUGAGCUAUCUCCGGUGCAGCA
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>DroVir_CAF1 8236 120 - 1
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>DroWil_CAF1 8109 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 8280 120 - 1
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>DroAna_CAF1 8150 120 - 1
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>DroPer_CAF1 8539 120 - 1
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>consensus
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..((((((((........((((((.((.((((.((.((((((.((((....)))).)))..))).)).)))))))))))).(((((((.....)))))))..)))).....)).)).... (-40.20 = -40.15 +  -0.05)

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