Locus 2660

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,389,996 – 9,390,242
Length	246
Max. P	0.741573

overview

Window 5

Location	9,389,996 – 9,390,097
Length	101
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.12
Mean single sequence MFE	-27.60
Consensus MFE	-20.99
Energy contribution	-21.38
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-0.79
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.521152
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9389996 101 - 20766785
U------UUCCAUUAUGUAAACU----UU--UAGAUUCCUGGAGAUCCGCAACUGCUAGAGGUUGAAUUGGCCAAGCUAAAGGUGCUGGCCAACGACAUUCAGGCCCACCAGA
.------................----..--.......((((.(..((((....))..(((((((..(((((((.((.......))))))))))))).))).))..).)))). ( -26.90)
>DroGri_CAF1 1881 99 - 1
ACUAAC-------U-----GAUUUAACUA--CAGAUACCUGGAGACCCGCAACUGCUUGAAGUGGAGCUGGCCAAGCUGAAGGUGCUUGCCAAUGAUAUACAGGCGCAUCAGA
.....(-------(-----(((....((.--(((.....(((((..((((..(.....)..))))..))..)))..))).))(((((((...........)))))))))))). ( -24.10)
>DroSec_CAF1 1881 107 - 1
UUUAACUUUCCAUUGUGUAAACU----UU--UAGAUUCCUGGAGAUCCGCAACUGCUAGAGGUUGAAUUGGCCAAGCUAAAGGUGCUGGCCAAUGACAUUCAGGCCCACCAGA
.........((...((((.((((----((--(((.....(((....)))......)))))))))..((((((((.((.......)))))))))).))))...))......... ( -28.10)
>DroEre_CAF1 1881 107 - 1
UUAAACUUUUUAUUUUGUAAACA----CU--UAGAUCCCUGGAGAUCCGCAACUGCUGGAGGUUGAAUUGGCCAAGCUAAAGGUUCUGGCCAACGACAUUCAGGCCCACCAGA
.......................----..--.......((((.(..((((....))((((.((((..((((((((((.....))).))))))))))).))))))..).)))). ( -26.50)
>DroYak_CAF1 1881 102 - 1
UUCAACAU-----UCCAUAAACU----UU--UAGAUCCCUGGUGAUCCACAACUGCUGGAGGUUGAACUGGCCAAGCUAAAGGUGCUGGCCAACGACAUUCAGGCCCACCAGA
........-----..........----..--.......((((((..((.(((((......)))))...((((((.((.......))))))))..........))..)))))). ( -29.50)
>DroPer_CAF1 1881 106 - 1
UGUAACCUUUGGUU---GAAUCC----UUUACAGAUACCCGGGGACCCACAACUGCUCGAGGUUGAGUUGGCCAAGCUGAAGGUGCUGGCCAACGAUAUACAGGCGCACCAGA
..((((((((((((---(.(((.----......)))....((....)).))))))...))))))).((((((((.((.......))))))))))........((....))... ( -30.50)
>consensus
UUUAAC_UU__AUU_UGUAAACU____UU__UAGAUACCUGGAGAUCCGCAACUGCUAGAGGUUGAAUUGGCCAAGCUAAAGGUGCUGGCCAACGACAUUCAGGCCCACCAGA
......................................((((.(..((.(((((......)))))...((((((.((.......))))))))..........))..).)))). (-20.99 = -21.38 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	9,390,097 – 9,390,202
Length	105
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.82
Mean single sequence MFE	-26.59
Consensus MFE	-18.39
Energy contribution	-18.12
Covariance contribution	-0.27
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-0.87
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.512257
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9390097 105 + 20766785
AUGAUUUGGG-UUUCU--CUCAAGCAUGAA--AUAUAU----AUCUACGUACCGGCUUCAGUUGGUCCAGUGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAUACCAGCAGCUCGUUGAGAG
..........-...((--(((((.......--......----......(.((((((....)))))).)...(.(((((.(((..((......)).))).))))).).))))))) ( -26.30)
>DroVir_CAF1 1980 103 + 1
UAGAUUUUGG-CCAGU--UGGAAGCUA-----CUCCUUCGCUAU---CUUACCGGUUUCAACUGAUCCAAUGUGCUGUCUGUUUUGUUAAUCCAGACCAACAGCUCGUUGAGUG
........(.-.((((--(((((.(..-----............---......).)))))))))..)(((((.(((((.((.((((......)))).))))))).))))).... ( -25.65)
>DroGri_CAF1 1980 112 + 1
UCGAUUUUA--CUCUCAUUCAAAGAAAUAACUCUUCUUUGCUUUCUUCUUACCGGCUUCAGCUGAUCCAGAGUGCUGUCUGUCUUGUUUAUCCAGACCAACAGCUCGUUGAGCG
(((((...(--((((....(((((((.......)))))))............((((....))))....)))))(((((..((((.(.....).))))..)))))..)))))... ( -26.30)
>DroSec_CAF1 1988 105 + 1
ACGAUUUGGU-UUUCU--UACCAGAAUUAA--AUAUAU----AUCUACGUACCGGCUUAAGUUGGUCCAGCGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAGUAGCUCAUUGAGGG
....((((((-.....--.)))))).....--......----.(((((((((((((....))))))...))))((((..(((((.(.....).)))))..))))......))). ( -27.50)
>DroEre_CAF1 1988 103 + 1
AAGAAUUGAUUUUUUU--UAUAAGAAUUAU-----UAU----AGUUACGUACCGGCUUCAGUUGGUCCAGUGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAGCAGCUCGUUGAGGG
......((((((((..--...)))))))).-----...----........((((((....)))))).(((((.(((((.(((((.(.....).))))).))))).))))).... ( -26.70)
>DroYak_CAF1 1983 103 + 1
ACGAUUUG---UUGUU--UACAAGAAUUAU--AUAUAU----AGUUACGUACCGGCUUCAGUUGGUCCAGAGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAGCAGCUCGUUGAGGG
(((.((((---(....--.)))))((((((--....))----)))).)))((((((....)))))).(((.(.(((((.(((((.(.....).))))).))))).).))).... ( -27.10)
>consensus
ACGAUUUGG__UUUUU__UACAAGAAUUAA__AUAUAU____AUCUACGUACCGGCUUCAGUUGGUCCAGUGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAGCAGCUCGUUGAGGG
..................................................((((((....)))))).(((.(.(((((.(((((.(.....).))))).))))).).))).... (-18.39 = -18.12 +  -0.27)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	9,390,126 – 9,390,242
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.12
Mean single sequence MFE	-38.20
Consensus MFE	-27.67
Energy contribution	-26.98
Covariance contribution	-0.69
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.741573
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9390126 116 + 20766785
AUAU----AUCUACGUACCGGCUUCAGUUGGUCCAGUGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAUACCAGCAGCUCGUUGAGAGCAUGCUGGAAUUGACCCAAGUGCAGCAGAGCGUGCUCCAG
....----......(((((.(((.((.((((..((((....(((.((((.....)))).)))((((((((((.....)))).)))))).))))..)))).)).)))...).))))..... ( -39.90)
>DroVir_CAF1 2006 117 + 1
CCUUCGCUAU---CUUACCGGUUUCAACUGAUCCAAUGUGCUGUCUGUUUUGUUAAUCCAGACCAACAGCUCGUUGAGUGCAUGCUGGAAUUGUCCCAAAUGGAGCAGCGCAUGCUCCAG
..........---....(((((....(((....(((((.(((((.((.((((......)))).))))))).))))))))....)))))............(((((((.....))))))). ( -34.30)
>DroGri_CAF1 2012 120 + 1
UCUUUGCUUUCUUCUUACCGGCUUCAGCUGAUCCAGAGUGCUGUCUGUCUUGUUUAUCCAGACCAACAGCUCGUUGAGCGCAUGCUGGAAUUGACCCAAGUGGAGCAGUGCAUGCUCCAG
.....((((...((....((((....)))).(((((.(((((((..((((.(.....).))))..)))((((...)))))))).)))))...))...))))((((((.....)))))).. ( -38.30)
>DroSec_CAF1 2017 116 + 1
AUAU----AUCUACGUACCGGCUUAAGUUGGUCCAGCGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAGUAGCUCAUUGAGGGCAUGCUGGAAUUGACCCAAGUGCAGCAGAGCGUGCUCCAG
....----......((((..((((..((..((((((((((((.(((((((.(.....).))))).(.....)...)).)))))))))).))..))..))))((......))))))..... ( -40.00)
>DroMoj_CAF1 2002 117 + 1
ACGUGGCUCU---CUUACCGGUUUCAACUGAUCCAAUGUGUUGUCUGUCUUGUUAAUCCAAACCAACAGCUCAUUGAGAGCAUGUUGGAAUUGACCCAAGUGGAGCAGAGCAUGCUCCAA
..........---.....((((((((((((.(((((((.(((((.((..(((......)))..))))))).))))).)).)).)))))))))).......(((((((.....))))))). ( -37.20)
>DroAna_CAF1 2014 115 + 1
-UAU----AAAAACUUACUGGUUUCAACUGAUCCAGAGUUCCAUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAGCAGUUCGUUGAGGGCGUGCUGGAAUUGACCCAAGUGGAGCAGGGCGUGCUCCAG
-...----....((((.((((..(((((.((.((.((......))))))..))))).)))).((((((((((.....)))).)))))).........))))((((((.....)))))).. ( -39.50)
>consensus
ACAU____AUCUACUUACCGGCUUCAACUGAUCCAGUGUGCUGUCGGUCUUGUUGAUCCAGACCAACAGCUCGUUGAGAGCAUGCUGGAAUUGACCCAAGUGGAGCAGAGCAUGCUCCAG
..................((((....)))).(((((((((((.((.(..(((((..........)))))..)...)).)))))))))))...........(((((((.....))))))). (-27.67 = -26.98 +  -0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	9,390,126 – 9,390,242
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.12
Mean single sequence MFE	-34.62
Consensus MFE	-25.11
Energy contribution	-25.17
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.14
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9390126 116 - 20766785
CUGGAGCACGCUCUGCUGCACUUGGGUCAAUUCCAGCAUGCUCUCAACGAGCUGCUGGUAUGGAUCAACAAGACCGACAGCACACUGGACCAACUGAAGCCGGUACGUAGAU----AUAU
..((((....))))(((((.((((((((....((((((.((((.....))))))))))....))))..))))...).))))..(((((.(........))))))........----.... ( -36.60)
>DroVir_CAF1 2006 117 - 1
CUGGAGCAUGCGCUGCUCCAUUUGGGACAAUUCCAGCAUGCACUCAACGAGCUGUUGGUCUGGAUUAACAAAACAGACAGCACAUUGGAUCAGUUGAAACCGGUAAG---AUAGCGAAGG
.(((((((.....))))))).((((..(((((((((..(((...((((.....))))(((((...........))))).)))..)))))...))))...))))....---.......... ( -32.10)
>DroGri_CAF1 2012 120 - 1
CUGGAGCAUGCACUGCUCCACUUGGGUCAAUUCCAGCAUGCGCUCAACGAGCUGUUGGUCUGGAUAAACAAGACAGACAGCACUCUGGAUCAGCUGAAGCCGGUAAGAAGAAAGCAAAGA
.(((((((.....)))))))(((.(((....(((((..(((((((...))))((((.(((((......).)))).)))))))..)))))...))).)))..................... ( -37.30)
>DroSec_CAF1 2017 116 - 1
CUGGAGCACGCUCUGCUGCACUUGGGUCAAUUCCAGCAUGCCCUCAAUGAGCUACUGGUCUGGAUCAACAAGACCGACAGCACGCUGGACCAACUUAAGCCGGUACGUAGAU----AUAU
((((.(((.((...))))).(((((((....((((((.(((.(((...)))....(((((((......).))))))...))).))))))...))))))))))).........----.... ( -33.80)
>DroMoj_CAF1 2002 117 - 1
UUGGAGCAUGCUCUGCUCCACUUGGGUCAAUUCCAACAUGCUCUCAAUGAGCUGUUGGUUUGGAUUAACAAGACAGACAACACAUUGGAUCAGUUGAAACCGGUAAG---AGAGCCACGU
.(((((((.....)))))))((((.(((....((((((.((((.....))))))))))....)))...)))).....((((...........)))).....(((...---...))).... ( -35.80)
>DroAna_CAF1 2014 115 - 1
CUGGAGCACGCCCUGCUCCACUUGGGUCAAUUCCAGCACGCCCUCAACGAACUGCUGGUCUGGAUCAACAAGACCGAUGGAACUCUGGAUCAGUUGAAACCAGUAAGUUUUU----AUA-
.(((((((.....)))))))((((((((....((((((((.......))...))))))....))))..))))......((((((((((.((....))..))))..)))))).----...- ( -32.10)
>consensus
CUGGAGCACGCUCUGCUCCACUUGGGUCAAUUCCAGCAUGCCCUCAACGAGCUGCUGGUCUGGAUCAACAAGACAGACAGCACACUGGAUCAGCUGAAACCGGUAAGUAGAU____AUAU
.(((((((.....)))))))((((.(((....((((((.((.(.....).))))))))....)))...))))...........(((((...........)))))................ (-25.11 = -25.17 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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