Locus 2630

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,291,428 – 9,291,521
Length 93
Max. P 0.629018
window4337

overview

Window 7

Location 9,291,428 – 9,291,521
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.18
Mean single sequence MFE -45.49
Consensus MFE -37.20
Energy contribution -37.76
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.629018
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9291428 93 - 20766785
GGGCGGCGGUGCCAGUUCUGCGGUGUAGGUGUGAUGCACUUCCUCCACUGCAGCUGUGGGAGCUGGCGCCUCCUGAACCACAAUGGGUUGGGC
(((((.((((.(((...((((((((.(((.(((...)))..))).))))))))...)))..)))).)))))((..(.((.....)).)..)). ( -42.80)
>DroSec_CAF1 176262 93 - 1
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..((((.(((.((((((((((((((.(((.(((...)))..))).)))))).......)))))))).))).))(.((((......)))).))) ( -40.61)
>DroSim_CAF1 162405 93 - 1
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..((((.((((((((((((((((((.(((.(((...)))..))).)))))).......)))))))))))).))(.((((......)))).))) ( -44.41)
>DroEre_CAF1 162423 93 - 1
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>DroYak_CAF1 160860 93 - 1
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..(((((((((((((((((((((((.(((.(((...)))..))).))))))).(....)))))))))))))))(.((((......)))).))) ( -48.50)
>DroAna_CAF1 167776 93 - 1
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>consensus
GGGCGGCGGUGCCAGCUCUGCGGUGUAGGUGUGAUGCACUUCCUCCACUGCAGCUGUGGGAGCUGGCGCCUCCUGAACCACAAUGGGUUGGGC
.(((((.((((((((((((((((((.(((.(((...)))..))).)))))).......)))))))))))).))....((.....))))).... (-37.20 = -37.76 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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