Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,280,133 – 9,280,236 |
Length | 103 |
Max. P | 0.999061 |
Location | 9,280,133 – 9,280,236 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 71.94 |
Mean single sequence MFE | -39.95 |
Consensus MFE | -18.08 |
Energy contribution | -20.62 |
Covariance contribution | 2.54 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -3.25 |
Structure conservation index | 0.45 |
SVM decision value | 3.35 |
SVM RNA-class probability | 0.999061 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9280133 103 - 20766785 CUGGGUGGGAUU-UGGUUCUGGUUUUGGGAUU--GAGCUGGGGCUAGAAUUGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGU-ACGAACCCAA .(((((.(((((-..((((((((((..(....--...)..))))))))))..)))))(.(((.((((((.(((((......))))).)))))))))-.)..))))). ( -44.70) >DroSec_CAF1 165276 103 - 1 CUGGGUGGGAUU-UGGUUCUGGUUUUGGGAUU--GAGCUGGGGCUGGAGCUGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGCG-ACGAACCCAA .(((((.(((((-..((((..((((..(....--...)..))))..))))..)))))......((((((.(((((......))))).))))))...-....))))). ( -41.80) >DroSim_CAF1 151278 103 - 1 CUGGGUGGGAUU-UGGUUCUGGUUUUGGGAUU--GAGCUGGGGCUGGAACUGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGCG-ACGAACCCAA .(((((.(((((-..((((..((((..(....--...)..))))..))))..)))))......((((((.(((((......))))).))))))...-....))))). ( -41.80) >DroEre_CAF1 151645 97 - 1 CUGGGUGGGAUUUUGGUUCUGG---------UUGGGGCUUGGGAUGGAAAUGAAUCUGAACCUGAAUCUGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGG-ACGAGCCCAA ..((.((((((....)))))).---------)).(((((((((((........))))...((..(((((.(((((......))))).)))))..))-.))))))).. ( -34.70) >DroYak_CAF1 149685 101 - 1 CUGGGUGGGAUUUUGGUUCUGGCUUUGGACUUUGGGCUUUGCGCUCG-----GAGUUGGAACUGAAUCGGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGG-ACGAACCCAA .(((((.((((((((((((.((.(((.((((((((((.....)))))-----))))).)))))))))))))))))((((((......))))))...-....))))). ( -39.20) >DroPer_CAF1 130771 89 - 1 CUGGCU-----U-UGGGUCUACAUCUGG---CUAGGGUCCAGGGUC---------CGGGUUCAGGGUCCGGGUCCGGCUCCAGCUCUGGCUAUCGGUCUGAACCCAA ..((((-----(-(((..((........---...))..))))))))---------.((((((((((.(((....)))..))(((....)))......)))))))).. ( -37.50) >consensus CUGGGUGGGAUU_UGGUUCUGGUUUUGGGAUU__GAGCUGGGGCUGGAA_UGAAUCUGAACCUGAAUCCGAGUCUGGAUCUGGGCUAGGAUUUGGG_ACGAACCCAA .(((((.(((((....((((((((..((.........))..))))))))...)))))....((((((((.((((((....)))))).))))))))......))))). (-18.08 = -20.62 + 2.54)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:34:56 2006