Locus 2595

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,157,974 – 9,158,070
Length	96
Max. P	0.999819

overview

Window 5

Location	9,157,974 – 9,158,070
Length	96
Sequences	4
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.84
Mean single sequence MFE	-35.23
Consensus MFE	-23.98
Energy contribution	-24.54
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.65
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	4.16
SVM RNA-class probability	0.999819
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9157974 96 + 20766785
UG----------AGAUCCCCAUAUAACGUAUACGUACGUAUAUGGCAUCCCCGGAUCCCUGAAUC---CUCGGAUCCCCGAAUCCCCGGAUACGGUUCCAAAGUAGCCG
..----------.((((((((((((.((((....))))))))))).......((((......)))---)..))))).(((......)))...(((((.......))))) ( -26.60)
>DroSec_CAF1 32219 88 + 1
UG----------GGAUCCCCAUAUAACGUAUACGUACGUAUAUGGAAUACCCGGAUCCC-----------CGGAUCCCCUGUUUCCCGGAUACGGAUCCAAAGUAGCCG
.(----------(((((((((((((.((((....))))))))))).......)))))))-----------.((((((.(((.....)))....)))))).......... ( -31.61)
>DroSim_CAF1 32134 88 + 1
UG----------GGAUCCCCAUAUAACGUAUACGUACGUAUAUGGAAUCCCCGGAUCCC-----------CGGAUCCCCUGUUUUCCGGAUACGGAUCCAAAGUAGCCG
.(----------((((..(((((((.((((....))))))))))).))))).(((((((-----------((((..........)))))....)))))).......... ( -34.80)
>DroEre_CAF1 35250 103 + 1
UGGUGCGAACUGGGAUCCCCAUAUAACGUAUACGUACGUAUAUGG-AUACCCGGAUGCG-GAUUCGUAUUCGGAUUC--GGA--UCCGGAUCCGGAUCCAAAGUAGCCG
.(((....(((.(((((((((((((.((((....)))))))))))-....((((((.((-((((((....)))))))--).)--)))))....))))))..))).))). ( -47.90)
>consensus
UG__________GGAUCCCCAUAUAACGUAUACGUACGUAUAUGGAAUACCCGGAUCCC___________CGGAUCCCCGGAUUCCCGGAUACGGAUCCAAAGUAGCCG
............(((((((((((((.((((....))))))))))).......((((((.............))))))................)))))).......... (-23.98 = -24.54 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	9,157,974 – 9,158,070
Length	96
Sequences	4
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.84
Mean single sequence MFE	-37.10
Consensus MFE	-26.00
Energy contribution	-27.12
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-3.29
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	3.85
SVM RNA-class probability	0.999657
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9157974 96 - 20766785
CGGCUACUUUGGAACCGUAUCCGGGGAUUCGGGGAUCCGAG---GAUUCAGGGAUCCGGGGAUGCCAUAUACGUACGUAUACGUUAUAUGGGGAUCU----------CA
(((...(((((((......)))))))..)))(((((((..(---((((....))))).......(((((((((((....)))).)))))))))))))----------). ( -35.50)
>DroSec_CAF1 32219 88 - 1
CGGCUACUUUGGAUCCGUAUCCGGGAAACAGGGGAUCCG-----------GGGAUCCGGGUAUUCCAUAUACGUACGUAUACGUUAUAUGGGGAUCC----------CA
..........((((((((((((.(....)...(((((..-----------..))))))))))).(((((((((((....)))).)))))))))))))----------.. ( -36.70)
>DroSim_CAF1 32134 88 - 1
CGGCUACUUUGGAUCCGUAUCCGGAAAACAGGGGAUCCG-----------GGGAUCCGGGGAUUCCAUAUACGUACGUAUACGUUAUAUGGGGAUCC----------CA
(((...((((((((((....((........)))))))))-----------)))..)))(((((((((((((((((....)))).))))).)))))))----------). ( -37.80)
>DroEre_CAF1 35250 103 - 1
CGGCUACUUUGGAUCCGGAUCCGGA--UCC--GAAUCCGAAUACGAAUC-CGCAUCCGGGUAU-CCAUAUACGUACGUAUACGUUAUAUGGGGAUCCCAGUUCGCACCA
.((....((((((((((....))))--)))--)))..(((((.((....-)).....(((..(-(((((((((((....)))).))))))))...))).)))))..)). ( -38.40)
>consensus
CGGCUACUUUGGAUCCGUAUCCGGAAAACAGGGGAUCCG___________GGGAUCCGGGGAUUCCAUAUACGUACGUAUACGUUAUAUGGGGAUCC__________CA
..........((((((((((((.(....)...((((((.............)))))))))))).(((((((((((....)))).)))))))))))))............ (-26.00 = -27.12 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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