Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,086,742 – 9,086,862 |
Length | 120 |
Max. P | 0.574649 |
Location | 9,086,742 – 9,086,862 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.96 |
Mean single sequence MFE | -36.52 |
Consensus MFE | -32.24 |
Energy contribution | -32.80 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.54 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.574649 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9086742 120 - 20766785 CCCGAUUCCACAAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAUGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUAGUCCCAAAAUCAUGAAAAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU .....((((((.(((((.....)))))..))).)))(((.(((((((....)))........((((((((((.(....))))..)))))))...))))..)))((((((.....)))))) ( -33.30) >DroSec_CAF1 51541 118 - 1 --CGAUUCCACAAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGCUGUCCCAAAACCAUGAAGAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU --...((((((.(((((.....)))))..))).)))(((((((((((....)))........((((((((((.......)))..)))))))...))))).)))((((((.....)))))) ( -37.30) >DroSim_CAF1 53743 118 - 1 --CGAUUCCACCAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUUGUCCCAAAACCAUGAAAAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU --...((((((((((((.....)))))).))).)))(((((((((((....)))........((((((((((.(....))))..)))))))...))))).)))((((((.....)))))) ( -40.60) >DroEre_CAF1 58823 118 - 1 --CGAUUCCACAAUCUGGAUGCCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUUGUCCCAAAUCCAUGAAAAAAUCGCUUGACACGGGCUGACCGUGU --(((((((((.((((((...))))))..))).))......))))...(((((.........((((((((((.(....)))))..)))))).......)))))((((((.....)))))) ( -34.89) >consensus __CGAUUCCACAAUCUGGAUGGCAGAUGCGUGAGAACAAAGAUCGGCACAGGCUAAAGAAAAUCGUGGUUGGUGUUGUCCCAAAACCAUGAAAAGAUCUCUUGACACGGGCUGACCGUGU .....((((((.(((((.....)))))..))).)))(((((((((((....)))........((((((((((.(....)))))..))))))...))))).)))((((((.....)))))) (-32.24 = -32.80 + 0.56)
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