Locus 256

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,641,612 – 1,641,822
Length	210
Max. P	0.999377

overview

Window 7

Location	1,641,612 – 1,641,721
Length	109
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.92
Mean single sequence MFE	-33.46
Consensus MFE	-10.48
Energy contribution	-10.32
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.31
SVM decision value	2.47
SVM RNA-class probability	0.994333
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1641612 109 + 20766785
UGUUGCAGUGCACAGAUAGAUUACACAUAAUGUAUCUG------AGCAUCA-----CUCUCCAGCUAUUUAGUCUACGUGUGUGUAUCUAUGUGCAUUUAGCGAGCGAGAUAGCUGGCUA
.......((((.((((((.((((....)))).))))))------.))))..-----....((((((((((.(.((.(((..((((((....))))))...)))))).))))))))))... ( -36.40)
>DroPse_CAF1 54539 107 + 1
GCUUACAACUCACAGA-------CACAUUAUGUAUCUGUAUCUUUGCACCAGCUAUCUCUCCAUCUGUGCA-UGUGUAUGUGGGCAUCUGUGUGCACUCGACGAGGGAGAUAGU-----G
((.........(((((-------.((.....)).)))))......))....(((((((((((.((.(((((-..(..(((....)))..)..)))))..)).).))))))))))-----. ( -33.06)
>DroSec_CAF1 27453 109 + 1
UGUUGCAGUGCACAGAUAGAUAACACAUAAUGUAUCUG------AGCAUCA-----CUCUCCAGCUAUAUAGUCUACGUGUGUGUAUCUAUGUGCAUUUAGCGAGCGAGAUAGCUGGCUA
......((((((((..((((((.((((((.((((.(((------(((....-----.......)))...)))..))))))))))))))))))))))))((((.(((......))).)))) ( -34.50)
>DroEre_CAF1 30267 107 + 1
UGUUGCAGUGCACAGAUAGAUAACACAUAAUGUAUCUG------AGCAUCA-----CUCUCCAGCUAUAUUGUCUACGUGUGUGUAUCUAU--GCAUUUAGCGAGCGAGAUAGCUAGCUA
......((((((.(((((.(((.(((((((((((.(((------((.....-----..)).))).))))))))....)))))).))))).)--)))))((((.(((......))).)))) ( -30.30)
>DroPer_CAF1 48968 107 + 1
GCUUACAACUCACAGA-------CACAUUAUGUAUCUGUAUCUUUGCACCAGCUAUCUCUCCAUCUGUGCA-UGUGUAUGUGGGCAUCUGUGUGCACUCGACGAGGGAGAUAGU-----G
((.........(((((-------.((.....)).)))))......))....(((((((((((.((.(((((-..(..(((....)))..)..)))))..)).).))))))))))-----. ( -33.06)
>consensus
UGUUGCAGUGCACAGAUAGAU_ACACAUAAUGUAUCUG______AGCAUCA_____CUCUCCAGCUAUAUAGUCUACGUGUGUGUAUCUAUGUGCAUUUAGCGAGCGAGAUAGCU_GCUA
....((......((((((.((........)).))))))...................((((..(((.......(((..(((..((....))..)))..)))..)))))))..))...... (-10.48 = -10.32 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	1,641,612 – 1,641,721
Length	109
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.92
Mean single sequence MFE	-32.80
Consensus MFE	-8.89
Energy contribution	-9.49
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-3.00
Structure conservation index	0.27
SVM decision value	3.55
SVM RNA-class probability	0.999377
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1641612 109 - 20766785
UAGCCAGCUAUCUCGCUCGCUAAAUGCACAUAGAUACACACACGUAGACUAAAUAGCUGGAGAG-----UGAUGCU------CAGAUACAUUAUGUGUAAUCUAUCUGUGCACUGCAACA
...((((((((.......((.....))...(((.(((......)))..))).))))))))...(-----(..(((.------((((((.((((....)))).)))))).)))..)).... ( -30.40)
>DroPse_CAF1 54539 107 - 1
C-----ACUAUCUCCCUCGUCGAGUGCACACAGAUGCCCACAUACACA-UGCACAGAUGGAGAGAUAGCUGGUGCAAAGAUACAGAUACAUAAUGUG-------UCUGUGAGUUGUAAGC
(-----((((((((.(.((((..(((((.....(((....))).....-))))).))))).))))))).)).(((((...(((((((((.....)))-------))))))..)))))... ( -37.30)
>DroSec_CAF1 27453 109 - 1
UAGCCAGCUAUCUCGCUCGCUAAAUGCACAUAGAUACACACACGUAGACUAUAUAGCUGGAGAG-----UGAUGCU------CAGAUACAUUAUGUGUUAUCUAUCUGUGCACUGCAACA
((((.(((......))).))))..((((((((((((...((((((((.(((......))).(((-----.....))------).......))))))))))))))..))))))........ ( -29.70)
>DroEre_CAF1 30267 107 - 1
UAGCUAGCUAUCUCGCUCGCUAAAUGC--AUAGAUACACACACGUAGACAAUAUAGCUGGAGAG-----UGAUGCU------CAGAUACAUUAUGUGUUAUCUAUCUGUGCACUGCAACA
((((.(((......))).))))..(((--(((((((...((((((((.((.......))..(((-----.....))------).......))))))))....))))))))))........ ( -29.30)
>DroPer_CAF1 48968 107 - 1
C-----ACUAUCUCCCUCGUCGAGUGCACACAGAUGCCCACAUACACA-UGCACAGAUGGAGAGAUAGCUGGUGCAAAGAUACAGAUACAUAAUGUG-------UCUGUGAGUUGUAAGC
(-----((((((((.(.((((..(((((.....(((....))).....-))))).))))).))))))).)).(((((...(((((((((.....)))-------))))))..)))))... ( -37.30)
>consensus
UAGC_AGCUAUCUCGCUCGCUAAAUGCACAUAGAUACACACACGUAGACUACAUAGCUGGAGAG_____UGAUGCU______CAGAUACAUUAUGUGU_AUCUAUCUGUGCACUGCAACA
......(((((((.....((.....))....)))))..((((.(((((..(((((..((.............................))...)))))..))))).))))....)).... ( -8.89 =  -9.49 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	1,641,721 – 1,641,822
Length	101
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.55
Mean single sequence MFE	-29.22
Consensus MFE	-23.73
Energy contribution	-24.29
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.918261
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1641721 101 - 20766785
UUGUCG--GUCGGUCGUUCAGUGGAUUUGUGUGUCUUCGCAUAAAUUUUGCAGCUUGAGCGACAGGC---------AUGUAGACAAGUUUUUCUCCUUUUU--UUU------CUGUUUUC
(((((.--(((.(((((((((((((((((((((....)))))))))))....)).)))))))).)))---------.....)))))...............--...------........ ( -29.50)
>DroPse_CAF1 54646 118 - 1
UUGUCGGGGUCUCUCGUUCAGUGGAUUUGUGUGUCUUCGCAUAAAUUUUGCAGCUUGUACGACAGGCAUCGGAGCCAUGUAGACAAGUUUUUCUUUUUCUU--UUCCUUUAGCUGUUCUC
.....(((....)))(..(((((((((((((((....)))))))))))...(((((((...((((((......))).)))..)))))))............--........))))..).. ( -28.80)
>DroSec_CAF1 27562 103 - 1
UUGUCG--GUCGGUCGUUCAGUGGAUUUGUGUGUCUUCGCAUAAAUUUUGCAGCUCGAGCGACAGGC---------AUGUAGACAAGUUUUUCUCCUUUUUUGUUU------CUGUUUUC
(((((.--(((.(((((((((((((((((((((....)))))))))))....))).))))))).)))---------.....)))))....................------........ ( -29.50)
>DroEre_CAF1 30374 103 - 1
UUGUCG--GUCGGUCGUUCAGUGGAUUUGUGUGUCUUCGCAUAAAUUUUGCAGCUUGAGCGACAGGC---------AUGUAGACAAGUUUUUCUCCACUUUUGUUU------CUAUUUUU
(((((.--(((.(((((((((((((((((((((....)))))))))))....)).)))))))).)))---------.....)))))....................------........ ( -29.50)
>DroPer_CAF1 49075 118 - 1
UUGUCGGGGUCUCUCGUUCAGUGGAUUUGUGUGUCUUCGCAUAAAUUUUGCAGCUUGUACGACAGGCAUCGGAGCCAUGUAGACAAGUUUUUCUUUUUCUU--UUCCUUUAGCUGUUCUC
.....(((....)))(..(((((((((((((((....)))))))))))...(((((((...((((((......))).)))..)))))))............--........))))..).. ( -28.80)
>consensus
UUGUCG__GUCGGUCGUUCAGUGGAUUUGUGUGUCUUCGCAUAAAUUUUGCAGCUUGAGCGACAGGC_________AUGUAGACAAGUUUUUCUCCUUUUU__UUU______CUGUUUUC
(((((...(((.(((((((((((((((((((((....)))))))))))....))).))))))).)))..............))))).................................. (-23.73 = -24.29 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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