Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,033,159 – 9,033,269 |
Length | 110 |
Max. P | 0.991360 |
Location | 9,033,159 – 9,033,269 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 4 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.09 |
Mean single sequence MFE | -41.23 |
Consensus MFE | -39.39 |
Energy contribution | -39.70 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -5.69 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 1.85 |
SVM RNA-class probability | 0.979941 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9033159 110 + 20766785 UGGGGGAUUAUAUGUGUGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGCUAAGCUGUUCCAGAAGACGCUCAUAUACUCCCCUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAGCGC (((((((.((((((.(((.((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))))))))).))).)))))).))))))).((.(((((...))))).))... ( -46.50) >DroSec_CAF1 9445 110 + 1 UGGGGAAUUAUAUGUGUGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGUUAAACUGUCCCAGAAGACGCCCAUAUGCUCCACUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAACGC (((((...((((((.(((.(((((((.((((.....(((((.....))))).....)))).))))))).))).))))))))))).......(((((...)))))...... ( -30.70) >DroSim_CAF1 8834 110 + 1 UGGGGGAUUAUAUGUGCGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGUUAGCCUGUUCCAGAAGAUGCCCAUAUAUUCCUCUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAGCGC (((((((.((((((.(((.((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))))))))).))).)))))).))))))).((.(((((...))))).))... ( -43.10) >DroYak_CAF1 9472 110 + 1 UGGGGGAUUAUAUGCGUGAUUUUUGGGACAGAUCAUCUCUAGAAAAUAGGGUUAGGAUGUCCCAGAAGCCGCACAUAUGCUCCCCUAACUUCUCUAUAUUAGACUAGCCC (((((((.((((((.(((..((((((((((......(((((.....)))))......))))))))))..))).)))))).))))))).((..((((...))))..))... ( -44.60) >consensus UGGGGGAUUAUAUGUGUGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGUUAAGCUGUCCCAGAAGACGCCCAUAUACUCCCCUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAGCGC (((((((.((((((.(((.((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))))))))).))).)))))).))))))).((.(((((...))))).))... (-39.39 = -39.70 + 0.31)
Location | 9,033,159 – 9,033,269 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 4 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.09 |
Mean single sequence MFE | -33.10 |
Consensus MFE | -27.44 |
Energy contribution | -29.12 |
Covariance contribution | 1.69 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -3.80 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 2.26 |
SVM RNA-class probability | 0.991360 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9033159 110 - 20766785 GCGCUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGGGGAGUAUAUGAGCGUCUUCUGGAACAGCUUAGCUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCACACAUAUAAUCCCCCA ..(((.(((((...))))).)))..(((((.((((((.(.(..((.((((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))).))..).).)))))).))))).. ( -37.80) >DroSec_CAF1 9445 110 - 1 GCGUUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGUGGAGCAUAUGGGCGUCUUCUGGGACAGUUUAACUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCACACAUAUAAUUCCCCA ..(((...(((((........)))))...)))(((((.(.(..((.((((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))).))..).).)))))......... ( -26.50) >DroSim_CAF1 8834 110 - 1 GCGCUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGAGGAAUAUAUGGGCAUCUUCUGGAACAGGCUAACUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCGCACAUAUAAUCCCCCA .......((((((........))))))(((.((((((.((......((((((((..((.(((((.....))))).))..))))))))......)).)))))).))).... ( -33.40) >DroYak_CAF1 9472 110 - 1 GGGCUAGUCUAAUAUAGAGAAGUUAGGGGAGCAUAUGUGCGGCUUCUGGGACAUCCUAACCCUAUUUUCUAGAGAUGAUCUGUCCCAAAAAUCACGCAUAUAAUCCCCCA .((((..((((...))))..)))).(((((..(((((((.(..((.(((((((......(.(((.....))).)......))))))).))..).)))))))..))))).. ( -34.70) >consensus GCGCUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGGGGAGCAUAUGGGCGUCUUCUGGAACAGCCUAACUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCACACAUAUAAUCCCCCA ..(((.(((((...))))).)))..(((((.((((((.(.(..((.((((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))).))..).).)))))).))))).. (-27.44 = -29.12 + 1.69)
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