Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,978,127 – 8,978,222 |
Length | 95 |
Max. P | 0.931481 |
Location | 8,978,127 – 8,978,222 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.70 |
Mean single sequence MFE | -35.98 |
Consensus MFE | -28.88 |
Energy contribution | -29.24 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.11 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.21 |
SVM RNA-class probability | 0.931481 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8978127 95 + 20766785 --GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGUUAAAUAGGCAGCCAGCAGAA--------UGGCAGAACAGUUCA --(((((((((((((((((....)))))))))).......)))).....((((......)))).....))).((((......--------))))........... ( -33.51) >DroVir_CAF1 8177 98 + 1 GCGUUGCGCCAGUUGCAACAGCAGUUGCAGCAUUUUAAAUGUGUUGAGGGC--UGGGUUAGCUAAAUAGGCAACCAGCCGGCAUU-----UGCAAGAGCAGGGAA ((.(((((((.((((((((....)))))))).................(((--(((....(((.....)))..)))))))))...-----.))))..))...... ( -36.40) >DroSec_CAF1 8146 103 + 1 --GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCAGCAGAAUGGUAGAAUGGCAGAACAGUUCA --(((((((((((((((((....)))))))))).......)))).....((((......)))).....))).((((......)))).(((((......)).))). ( -35.21) >DroSim_CAF1 7726 103 + 1 --GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCAGCAGAAUGGCAGAAUGGCAGAACAGUUCA --(((((((((((((((((....)))))))))).......)))).....((((......)))).....))).((((......)))).(((((......)).))). ( -37.51) >DroEre_CAF1 8286 95 + 1 --GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCGGCAGAA--------UGGCAGAACAGUUCA --(((((((((((((((((....)))))))))).......))))......(((.(((...(((.....))).))))))....--------.)))........... ( -36.61) >DroYak_CAF1 8943 95 + 1 --GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCGGCAGAA--------UGGCAGAACAGUUCA --(((((((((((((((((....)))))))))).......))))......(((.(((...(((.....))).))))))....--------.)))........... ( -36.61) >consensus __GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCAGCAGAA________UGGCAGAACAGUUCA ..(((((((((((((((((....)))))))))).......))))........(((((...(((.....))).)))))..............)))........... (-28.88 = -29.24 + 0.36)
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