Locus 2516

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	8,964,514 – 8,964,623
Length	109
Max. P	0.941577

overview

Window 1

Location	8,964,514 – 8,964,623
Length	109
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.29
Mean single sequence MFE	-32.95
Consensus MFE	-20.00
Energy contribution	-21.06
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.26
SVM RNA-class probability	0.936722
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8964514 109 + 20766785
GGUGCUCUGUUCGGUUUUUACCCCAUAGGGGUUAAUUCCACGAGUCCAUGACCCCUGAUGAA----UGCACAUGUGUAU--AUAACUAACUA-ACCCACACACA---CACACAUGGAGC
...((((.(((((((....)))...(((((((((((((...))))...)))))))))..)))----)...(((((((..--...........-...........---.))))))))))) ( -27.51)
>DroSec_CAF1 11845 101 + 1
GGUGCUCUGUUCGGUUUUUACACCAUAGGGGUUAAUUCCACGAGUCCAUGACCCCUGAUGAA----UGCACGUGUGUGU--AUAACUAAC-------CCAC--A---CACACACGGAAC
.((((...(((((((......))).(((((((((((((...))))...)))))))))..)))----)))))((((((((--.........-------..))--)---)))))....... ( -33.10)
>DroSim_CAF1 8467 107 + 1
GGUGCUCUGUUCGGUUUUUACACCAUAGGGGUUAAUUCCACGAGUCCAUGACCCCUGAUGAA----UGCACGUGUGUGU--AUAACUAACUA-GCCCCCAC--A---CACACACGGAAC
.((((...(((((((......))).(((((((((((((...))))...)))))))))..)))----)))))((((((((--....((....)-).....))--)---)))))....... ( -32.80)
>DroEre_CAF1 8813 102 + 1
GGUGCUCAGUUCCGUUUUUACCCCAUAGGGGUUAAU-CCACGAGUCCAUGACCCCUGAGGAA----UGCACGUGUGUGU--GUAACU----A-GCCCACAU--G---CACGCACGGAGC
........(((((((.......((.(((((((((..-...........))))))))).))..----....(((((((((--(.....----.-...)))))--)---)))).))))))) ( -35.72)
>DroYak_CAF1 8662 102 + 1
GGUGCUCUUUUCCGUU-UUACCCCAUAGGGGUUAAUUCCACGAGGCCAUGACCCCUGAUGGA----UGCACGUGUGUGUGUGCAACU----A-GCCCACA-------CACACACGGGGC
...((((.........-.....((((((((((((...((....))...)))))))).)))).----....((((((((((((.....----.-...))))-------)))))))))))) ( -42.00)
>DroAna_CAF1 8536 109 + 1
AGUGCUCC------UGUUACCACCAUAGGGGUUAAUUUGGUGAGUAAAUGACCCCCGACGUAGGCCUGCACGUGUGUGU--GCCAGUGAGUGUGCUUCUAU--AAAUCAUAAAACAAAU
.(..((((------((.((((((....(((((((.((((.....)))))))))))..((((........))))))).))--).))).)))..)........--................ ( -26.60)
>consensus
GGUGCUCUGUUCGGUUUUUACACCAUAGGGGUUAAUUCCACGAGUCCAUGACCCCUGAUGAA____UGCACGUGUGUGU__AUAACUAAC_A_GCCCACAC__A___CACACACGGAAC
.((((....((((((....))....(((((((((..............))))))))).)))).....))))(((((((.............................)))))))..... (-20.00 = -21.06 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	8,964,514 – 8,964,623
Length	109
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.29
Mean single sequence MFE	-36.40
Consensus MFE	-18.11
Energy contribution	-18.87
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941577
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8964514 109 - 20766785
GCUCCAUGUGUG---UGUGUGUGGGU-UAGUUAGUUAU--AUACACAUGUGCA----UUCAUCAGGGGUCAUGGACUCGUGGAAUUAACCCCUAUGGGGUAAAAACCGAACAGAGCACC
((((((((((((---((((((.....-........)))--)))))))))))..----(((.(((.(((((...))))).))).....(((((...))))).......)))..))))... ( -35.62)
>DroSec_CAF1 11845 101 - 1
GUUCCGUGUGUG---U--GUGG-------GUUAGUUAU--ACACACACGUGCA----UUCAUCAGGGGUCAUGGACUCGUGGAAUUAACCCCUAUGGUGUAAAAACCGAACAGAGCACC
((((((((((((---(--((((-------.....))))--)))))))))((((----(.(((.((((((((((....))))......))))))))))))))......))))........ ( -36.40)
>DroSim_CAF1 8467 107 - 1
GUUCCGUGUGUG---U--GUGGGGGC-UAGUUAGUUAU--ACACACACGUGCA----UUCAUCAGGGGUCAUGGACUCGUGGAAUUAACCCCUAUGGUGUAAAAACCGAACAGAGCACC
((((.(..((((---(--(((..(((-(....))))..--.))))))))..).----(((...((((((((((....))))......))))))..(((......))))))..))))... ( -37.10)
>DroEre_CAF1 8813 102 - 1
GCUCCGUGCGUG---C--AUGUGGGC-U----AGUUAC--ACACACACGUGCA----UUCCUCAGGGGUCAUGGACUCGUGG-AUUAACCCCUAUGGGGUAAAAACGGAACUGAGCACC
((((.(..((((---.--.((((...-.----.....)--)))..))))..).----(((((((.(((((...))))).)))-....(((((...)))))......))))..))))... ( -38.40)
>DroYak_CAF1 8662 102 - 1
GCCCCGUGUGUG-------UGUGGGC-U----AGUUGCACACACACACGUGCA----UCCAUCAGGGGUCAUGGCCUCGUGGAAUUAACCCCUAUGGGGUAA-AACGGAAAAGAGCACC
.....(((((((-------((((.(.-.----...).)))))))))))((((.----(((((..(((((....))))))))))....(((((...)))))..-...........)))). ( -44.10)
>DroAna_CAF1 8536 109 - 1
AUUUGUUUUAUGAUUU--AUAGAAGCACACUCACUGGC--ACACACACGUGCAGGCCUACGUCGGGGGUCAUUUACUCACCAAAUUAACCCCUAUGGUGGUAACA------GGAGCACU
...((((((.......--...))))))..(((.(((((--((......))))..(((..(((.((((((.((((.......))))..)))))))))..)))..))------)))).... ( -26.80)
>consensus
GCUCCGUGUGUG___U__GUGGGGGC_U_GUUAGUUAC__ACACACACGUGCA____UUCAUCAGGGGUCAUGGACUCGUGGAAUUAACCCCUAUGGGGUAAAAACCGAACAGAGCACC
((((((((((((.............................)))))))).........((((.((((((((((....))))......))))))))))...............))))... (-18.11 = -18.87 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

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