Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,193,801 – 1,193,904 |
Length | 103 |
Max. P | 0.955032 |
Location | 1,193,801 – 1,193,904 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 5 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.19 |
Mean single sequence MFE | -31.58 |
Consensus MFE | -23.78 |
Energy contribution | -26.74 |
Covariance contribution | 2.96 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.61 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 1.45 |
SVM RNA-class probability | 0.955032 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1193801 103 + 20766785 GGCUUCGAUCUCAGAAGACCAGCUCUAGUGGUUUUGGAAAGCACUCAGAUCUUGUUUGUGUGUUUUGAAAUGGUUUCUUAAUUAAAUAGCUGCGAUCGAACCC ((.(((((((.((((((((((.(....))))))))..(((((((.(((((...))))).))))))).......................))).))))))))). ( -29.80) >DroSec_CAF1 10981 91 + 1 GGCUUUGAUCGCAGAAGACCAGCUCUAGUGGUUUUGGAAAGCACUCAGAUCUUGUUUGUGUGUUUCGAAAUGGUGUCUUAAUUAAAUAGCU------------ (((((((((...(((..(((.((....)).((((((((..((((.(((((...))))).))))))))))))))).)))..)))))..))))------------ ( -19.60) >DroSim_CAF1 8674 103 + 1 GGCUUUGAUCGCAGAAGACCAGCUCUAGUGGUUUUGGAAAGCACUCAGAUCUUGUUUGUGUGUUUCGAAAUGGUUUCUUAAUUAAAUAGCUGCGAUCGAGCCC (((((.(((((((((((((((.(....)))))))).((((.(((.(((((...))))).))))))).......................))))))))))))). ( -34.70) >DroEre_CAF1 12119 103 + 1 GGCUUUGAUCGCAGAAGACCAGCUCUAGUGGUUUUGGAAAGCACUCAGAUCUUGUUUGUGUGCUUUGAAAUGGUUUCUUAAUUAAAUAGCUGCGAUCGAGCCC (((((.(((((((((((((((.(....))))))))..(((((((.(((((...))))).))))))).......................))))))))))))). ( -38.30) >DroYak_CAF1 7638 103 + 1 GGCUUUGAUCGCAGAAGACCAGCUUUAGUGGUUUUGGAAAGCAGUCAAAUCUUGUUUGGGUAUUUUGAAAUGGUUUUUUAAUUAAAUAUCUGCGAUCGAGCCC (((((.(((((((((.(((((.(....))))))(((((((((..(((((.(((....)))...)))))....))))))))).......)))))))))))))). ( -35.50) >consensus GGCUUUGAUCGCAGAAGACCAGCUCUAGUGGUUUUGGAAAGCACUCAGAUCUUGUUUGUGUGUUUUGAAAUGGUUUCUUAAUUAAAUAGCUGCGAUCGAGCCC ((((.((((((((((((((((.(....))))))))..(((((((.(((((...))))).))))))).......................))))))))))))). (-23.78 = -26.74 + 2.96)
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