Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,897,311 – 8,897,410 |
Length | 99 |
Max. P | 0.566520 |
Location | 8,897,311 – 8,897,410 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 70.09 |
Mean single sequence MFE | -30.96 |
Consensus MFE | -5.81 |
Energy contribution | -7.98 |
Covariance contribution | 2.17 |
Combinations/Pair | 1.40 |
Mean z-score | -2.33 |
Structure conservation index | 0.19 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.566520 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8897311 99 + 20766785 GCAGUUUUAGCCAGCUG---GCGUUUGUUA--UAUUACGG--AAGUCUGUUAGCCAACCUG-GCUAAAUCAGAGUGAGAGGCACGUUCAUGCCUCAAUGCAUCAUAA ((((.(((((((((.((---((........--....((((--....))))..))))..)))-)))))).).......((((((......))))))..)))....... ( -33.34) >DroVir_CAF1 186789 95 + 1 ACAGUUG---CCG-UUG---CAUAUAACGAACUUUGCGGCGCAAGU-UGUGUGGCAGCAUGUGUUGAAUCAAAGUCA----UGCAUUUAUGGUUCAAUGCAAUGUGU (((((((---(((-(((---....)))).......(((((....))-)))..)))))).((((((((((((((((..----...)))).)))))))))))).))).. ( -31.00) >DroSec_CAF1 142149 99 + 1 GCAGUUCUAGCCAGCUG---GAGUUAGCUA--UAUUCUGG--AAGUCUGUUAGCCAUCCUG-GCUAAAUCAGAGUCUGAGGCACGUUCAUGCCUCAAUGCAUCAUAA (((.((((((..(((((---....))))).--....))))--)).((((((((((.....)-)))))..))))...(((((((......))))))).)))....... ( -31.90) >DroSim_CAF1 142270 99 + 1 GCAGUUCUAGCCAGCUG---GAGUUAGCUA--UAUUCUGG--AAGUGUGUUAGCCAUCCUG-GCUAAAUCAGAGUCUGAGGCACGUUCAUGCCUCAAUGCAUCAUAA (((....(((((((...---(.((((((.(--((((....--.))))))))))))...)))-))))..........(((((((......))))))).)))....... ( -31.80) >DroYak_CAF1 148381 99 + 1 ACACUUCUAGCCAGCUG---CAGUUUGCUU--UAUGCUGG--AAGAAUGUUAGCCAUCCUG-GCUAAAUCAGAGUCUGAGGCACGUUCAUGCCUCAAUGCAUCAUAA ...((((((((.(((..---......))).--...)))))--)))....((((((.....)-)))))....((((.(((((((......)))))))..)).)).... ( -32.70) >DroAna_CAF1 142000 91 + 1 UGAGUUCUGGCUGGGGGCGAGUCUUGGCCA--C---UUGA--AUGUGUGGUAACCAACCUG-GCUAAAUCAAAGU--------CGCUCAUGGCUCAAUGCAUUGUAA ...((..(((((..((((((.(.(((((((--(---....--....)))))..((.....)-)......)))).)--------)))))..))).))..))....... ( -25.00) >consensus GCAGUUCUAGCCAGCUG___GAGUUAGCUA__UAUUCUGG__AAGUCUGUUAGCCAUCCUG_GCUAAAUCAGAGUCUGAGGCACGUUCAUGCCUCAAUGCAUCAUAA ........(((.((((.....)))).)))....................(((((........)))))......((..((((((......))))))...))....... ( -5.81 = -7.98 + 2.17)
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