Locus 2464

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	8,845,302 – 8,845,421
Length	119
Max. P	0.975460

overview

Window 7

Location	8,845,302 – 8,845,396
Length	94
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.30
Mean single sequence MFE	-38.97
Consensus MFE	-33.60
Energy contribution	-33.77
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.47
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.971154
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8845302 94 + 20766785
--------------------------UGGUUUGAUGAAUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUUUAAGUGCACACGGGGCGAGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
--------------------------..(((((.....(((......)))((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).))))). ( -34.60)
>DroVir_CAF1 112790 108 + 1
--------AUAGUUGCUGCAC---UUAG-UUAGUUGACUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
--------..........(((---(.((-((....)))).))))...((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).... ( -40.60)
>DroGri_CAF1 107386 119 + 1
UAUAUGAAUUUGUUGCUGGCUUCAACAC-UUUGAUGAGUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUAUAGUUAUCCACACGGGGCGAGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
..........(((..(..(((((((...-.))))..)))..)..)))((.((((((((((.((((((((((...(((..........)))..))))).))))))))))))))).)).... ( -43.20)
>DroWil_CAF1 127214 98 + 1
------------UUUCCG--------C--CCUGUUGAGUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
------------....((--------(--(((....))..))))...((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).... ( -37.10)
>DroMoj_CAF1 119533 108 + 1
--------GUCGUUGUCGCAU---GUAU-UUAGUUGACUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUAUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
--------.((((.(((((..---((..-.......))...)))))))))((((((((((.((((((((((.(((((((....))))).)).))))).)))))))))))))))....... ( -42.60)
>DroAna_CAF1 89594 93 + 1
--------------------------AA-CCUGAUGAAUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUCAUUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
--------------------------.(-((.........)))....((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).... ( -35.70)
>consensus
____________UUGC_G________AG_UUUGAUGAAUUGGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUG
...............................................((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).... (-33.60 = -33.77 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	8,845,302 – 8,845,396
Length	94
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.30
Mean single sequence MFE	-30.40
Consensus MFE	-26.03
Energy contribution	-26.03
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.97
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.69
SVM RNA-class probability	0.972274
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8845302 94 - 20766785
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCUCGCCCCGUGUGCACUUAAAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAAUUCAUCAAACCA--------------------------
....((..((((((((((((((.((((...(((..........)))...)).))))))).)))))))))..)).....................-------------------------- ( -26.20)
>DroVir_CAF1 112790 108 - 1
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAAGUCAACUAA-CUAA---GUGCAGCAACUAU--------
.....(..((((((((((((((((((.....))))...(((((....)))))..))))).)))))))))..)((..(((..(((......)-))..---)))..))......-------- ( -31.90)
>DroGri_CAF1 107386 119 - 1
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCUCGCCCCGUGUGGAUAACUAUACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAACUCAUCAAA-GUGUUGAAGCCAGCAACAAAUUCAUAUA
....((..((((((((((((((.((((..((((((....))))))....)).))))))).)))))))))..))..................-.(((((....)))))............. ( -33.20)
>DroWil_CAF1 127214 98 - 1
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAACUCAACAGG--G--------CGGAAA------------
..(((((.((((((((((((((((((.....))))...(((((....)))))..))))).))))))))).........((.........))--)--------))))..------------ ( -32.00)
>DroMoj_CAF1 119533 108 - 1
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAUACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAAGUCAACUAA-AUAC---AUGCGACAACGAC--------
...((((.((((((((((((((.((((...((((........))))...)).))))))).))))))))).((((((.....((....))..-....---))))))..)))).-------- ( -32.00)
>DroAna_CAF1 89594 93 - 1
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAAUGAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAAUUCAUCAGG-UU--------------------------
....((..((((((((((((((.((((...(((.(.....)..)))...)).))))))).)))))))))..))....(((.........))-).-------------------------- ( -27.10)
>consensus
CAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACCAACUCAACAAA_CU________C_GCAA____________
....((..((((((((((((((.((((...(((..........)))...)).))))))).)))))))))..))............................................... (-26.03 = -26.03 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	8,845,316 – 8,845,421
Length	105
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.64
Mean single sequence MFE	-49.15
Consensus MFE	-39.90
Energy contribution	-40.07
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.85
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975460
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8845316 105 + 20766785
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUUUAAGUGCACACGGGGCGAGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGCCAA-CCCUCG------GGUCAGCCC-
((((((.((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).)).))))(((..(-((....------)))..))).- ( -49.50)
>DroVir_CAF1 112818 110 + 1
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGCCAA-AGCCCAAAUUUAGGCUGG-CC-
((((((.((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).)).))))(((((.-.(((........))))))-))- ( -51.60)
>DroGri_CAF1 107425 109 + 1
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUAUAGUUAUCCACACGGGGCGAGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGCCAA-AAC-CAUAUGCAGGCUGG-CC-
((((((.((.((((((((((.((((((((((...(((..........)))..))))).))))))))))))))).)).)).))))(((((.-..(-(.......)).)))-))- ( -46.60)
>DroWil_CAF1 127232 94 + 1
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGUCAG-CUUU------------------
((((((.((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).)).))))......-....------------------ ( -40.40)
>DroMoj_CAF1 119561 110 + 1
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUAUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGCCAA-UGCCCAACGGCAGAUUGG-CC-
((((((.((.((((((((((.((((((((((.(((((((....))))).)).))))).))))))))))))))).)).)).))))((((((-((((....))))..))))-))- ( -56.60)
>DroAna_CAF1 89607 103 + 1
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUCAUUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGCCGGACUCGCC------GG----CACU
((((((.((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).)).)))).(((((.....))------))----)... ( -50.20)
>consensus
GGUGAUACGAGCCCUUAUCAGUUCUCCGUCCAGUUGUCUAGAUAUGCACACGGGGCGCGAGAAUGAUAAGGGUACGAAUGCACCGGCCAA_CGCCCA______GG_UGG_CC_
((((((.((.((((((((((.((((((((((.(((((........))).)).))))).))))))))))))))).)).)).))))............................. (-39.90 = -40.07 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	8,845,316 – 8,845,421
Length	105
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.64
Mean single sequence MFE	-45.00
Consensus MFE	-31.83
Energy contribution	-31.83
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.07
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.43
SVM RNA-class probability	0.953543
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8845316 105 - 20766785
-GGGCUGACC------CGAGGG-UUGGCCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCUCGCCCCGUGUGCACUUAAAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
-.(((..(((------....))-)..)))((((.((.((..((((((((((((((.((((...(((..........)))...)).))))))).)))))))))..)).)))))) ( -46.70)
>DroVir_CAF1 112818 110 - 1
-GG-CCAGCCUAAAUUUGGGCU-UUGGCCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
-((-((((((((....))))).-.)))))((((.((.((..((((((((((((((((((.....))))...(((((....)))))..))))).)))))))))..)).)))))) ( -50.30)
>DroGri_CAF1 107425 109 - 1
-GG-CCAGCCUGCAUAUG-GUU-UUGGCCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCUCGCCCCGUGUGGAUAACUAUACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
-((-((((((.......)-)).-.)))))((((.((.((..((((((((((((((.((((..((((((....))))))....)).))))))).)))))))))..)).)))))) ( -47.20)
>DroWil_CAF1 127232 94 - 1
------------------AAAG-CUGACCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
------------------....-......((((.((.((..((((((((((((((((((.....))))...(((((....)))))..))))).)))))))))..)).)))))) ( -35.30)
>DroMoj_CAF1 119561 110 - 1
-GG-CCAAUCUGCCGUUGGGCA-UUGGCCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAUACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
-((-((((..((((....))))-))))))((((.((.((..((((((((((((((.((((...((((........))))...)).))))))).)))))))))..)).)))))) ( -49.00)
>DroAna_CAF1 89607 103 - 1
AGUG----CC------GGCGAGUCCGGCCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAAUGAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
.(..----((------(((.......)))))..)...((..((((((((((((((.((((...(((.(.....)..)))...)).))))))).)))))))))..))....... ( -41.50)
>consensus
_GG_CCA_CC______UGAGAG_UUGGCCGGUGCAUUCGUACCCUUAUCAUUCUCGCGCCCCGUGUGCAUAUCUAGACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCUCGUAUCACC
.............................((((.((.((..((((((((((((((.((((...(((..........)))...)).))))))).)))))))))..)).)))))) (-31.83 = -31.83 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:30:42 2006