Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,716,241 – 8,716,361 |
Length | 120 |
Max. P | 0.650755 |
Location | 8,716,241 – 8,716,361 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.83 |
Mean single sequence MFE | -39.04 |
Consensus MFE | -30.03 |
Energy contribution | -28.84 |
Covariance contribution | -1.19 |
Combinations/Pair | 1.51 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.650755 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8716241 120 - 20766785 UCGCCGAUUAUGUAGCCGUCGUCGUUGAAGAUUGUAAUGAAGGGCAAAUUGCAGCGCUUGCCCACCUCGUAAUCGUUGGGAUCGUGGGCUGGGGUGAUCUUCACAGCACCCGUACCGAAA ....((((((((.((......((((((.......)))))).((((((..........))))))..))))))))))((((...((.((((((.((......)).)))).))))..)))).. ( -34.60) >DroVir_CAF1 1795 120 - 1 UCGCCAAUGAUGAAGCCAUCGUCAUUGAAGAUGGUAAUAAAAGGCAAAUUACAGCGUUUGCCCACCUCGUAGUCAUUGGGAUCAUGGGCGGGUGUAAUUUUAACUGCUCCUGUACCAAAA ((.((((((((...((((((.........)))))).......(((((((......))))))).........))))))))))...((((((((.(((........))).))))).)))... ( -38.30) >DroGri_CAF1 1760 120 - 1 UCACCAACAAUGAAGCCAUCAUCGUUGAUGAUGGUAAUAAAUGGAAGAUUACAACGCUUGCCCACCUCGUAGUCAUUGGGAUCGUGGGCGGGUGUAAUCUUAACAGCACCAGUGCCAAAA ...(((........(((((((((...)))))))))......)))((((((((...((((((((((((((.......))))...))))))))))))))))))....(((....)))..... ( -41.04) >DroWil_CAF1 1316 120 - 1 UCUCCAAUGAUGUAGCCAUCGUCGUUGAAAAUGGUGAUAAAUGGAAGAUUACAACGCUUGCCCACCUCAUAAUCAUUGGGAUCAUGGGCCGGAGUAAUCUUUACGGCUCCAGUACCAAAU ....((((((((.......))))))))....(((((.....(((((((((((..((...(((((.((((.......))))....)))))))..))))))).......)))).)))))... ( -34.71) >DroMoj_CAF1 1736 120 - 1 UCGCCAAUGAUAAAGCCGUCAUCAUUGAAUAUGGUAAUGAAGGGCAGAUUGCAGCGUUUGCCCACCUCGUAGUCAUUGGGAUCGUGGGCGGGAGUUAUCUUAACGGCGCCCGUGCCAAAG ((.((((((((...(((((((....)))...)))).((((.((((((((......))))))))...)))).))))))))))...((((((((.(((........))).))))).)))... ( -40.00) >DroAna_CAF1 1321 120 - 1 UCGCCGAUGAUGAAGCCGUCGUCGUUGAAGAUUGUGAUGAAGGGUAGGUUGCAACGCUUGCCCACCUCGUAGUCAUUGGGAUCGUGAGCCGGGGUGAUCUUCACGGCACCUGUGCCAAAG ....((((((((....)))))))).((((((((........((((((((......))))))))((((((...((((.......))))..)))))))))))))).((((....)))).... ( -45.60) >consensus UCGCCAAUGAUGAAGCCAUCGUCGUUGAAGAUGGUAAUAAAGGGCAGAUUACAACGCUUGCCCACCUCGUAGUCAUUGGGAUCGUGGGCGGGAGUAAUCUUAACGGCACCAGUACCAAAA ....((((((((.......))))))))....(((((.....(((((((((((....(..((((((((((.......))))...))))))..).))))))).......)))).)))))... (-30.03 = -28.84 + -1.19)
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