Locus 2426

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,715,641 – 8,715,761
Length 120
Max. P 0.608003
window4015

overview

Window 5

Location 8,715,641 – 8,715,761
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.11
Mean single sequence MFE -47.83
Consensus MFE -26.68
Energy contribution -25.88
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.608003
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8715641 120 + 20766785
CCACGCCGGCAUCGCCACCCAGGUGGUGGUAGAGAAGCUAUUGUGGCGCGACGAGAAGCUAUCGCGGCACGACCUAGGUCGCGAAAAGUUCAUUGAGCGCAUCUGGGACUGGCGCCGGGA
.....(((((((((((((....))))))))......(((((((((.(((((..........))))).)))))((((((((((..((......))..))).)))))))..))))))))).. ( -54.30)
>DroVir_CAF1 1195 120 + 1
UCAUGCGGGCAUUGCCACACAGGUGGUGGUGGAGAAGUUGCUGUGGCGCGAUGAGGGCUUGUCAAGGCACGAUCUGGGCCGUGAAAAGUUCAUUGAACGCAUCUGGAACUGGCGACGCGA
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>DroGri_CAF1 1160 120 + 1
UCAUGCCGGCAUUGCCACCCAGGUGGUGGUCGAAAAACUCCUGUGGCGCGAGGAGCGUCUCUCGCGGCACGAUUUGGGCCGUGAGAAGUUCAUUGAACGCAUCUGGAAUUGGCGACGCGA
........((.((((((.(((((((.((.((((..((((.....(((((.....)))))(((((((((.(......))))))))))))))..)))).)))))))))...)))))).)).. ( -50.50)
>DroWil_CAF1 716 120 + 1
UCAUGCUGGAAUAGCUACCCAGGUGGUGGUCGAGAAACUAUUAUGGCGUGAUGAGAAACUCUCUCGCCAUGAUCUGGGUCGUGAGAAGUUUAUUGAACGCAUUUGGGAUUGGCGGCGUGA
(((((((......((((((((((((.((.((((.((((((((((((((.((.(((...))))).))))))))).....((....))))))).)))).))))))))))..))))))))))) ( -46.10)
>DroMoj_CAF1 1136 120 + 1
CCAUGCGGGCAUAGCCACGCAGGUGGUCGUUGAGAAGCUACUUUGGCGGGAAGAAGGCUUGUCCCGGCACGAUCUGGGGCGCGAAAAAUUCAUUGAGCGCAUAUGGGACUGGAGACGUGA
((((((((((...))).)))..(((.(((.(((((((((.((((.....))))..)))))(((((((......)))))))........)))).))).)))..))))....(....).... ( -38.70)
>DroAna_CAF1 721 120 + 1
UCACGCCGGCAUUGCCACCCAGGUGGUGGUGGAGAAACUCUUGUGGCGUGACGAGAAGUUGUCGCGUCACGAUCUCGGCCGUGAGAAGUUCAUUGAACGCAUCUGGGAUUGGCGAAGGGA
...(((((((...))).((((((((..(((.((((.....((((((((((((((....)))))))))))))))))).))).......((((...)))).))))))))...))))...... ( -56.40)
>consensus
UCAUGCCGGCAUUGCCACCCAGGUGGUGGUCGAGAAACUACUGUGGCGCGACGAGAACCUGUCGCGGCACGAUCUGGGCCGUGAAAAGUUCAUUGAACGCAUCUGGGACUGGCGACGCGA
...((((((.((((((((....))))))))...........((((.(((((..........))))).)))).(((((..(((..((......))..)))...))))).))))))...... (-26.68 = -25.88 +  -0.80)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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