Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,697,546 – 8,697,666 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 8,697,546 – 8,697,666 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.83 |
Mean single sequence MFE | -41.27 |
Consensus MFE | -26.33 |
Energy contribution | -27.42 |
Covariance contribution | 1.09 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8697546 120 - 20766785 CAACUGGAACUGCAGCAGGCGCUGCUGCAACAGCAGCUGCAAGGUCAGAGCAUCAUGAUCCAGGAUCAAGCCGGCAACCUGGUGCCCCUGCAGCUGGACGGAACCCAGGCGAUAUACACG ...((((...((((((((...))))))))....((((((((.((.....(((((((((((...)))))....(....).)))))))).))))))))........))))............ ( -44.50) >DroVir_CAF1 4600 120 - 1 CAGCUGGAGUUGCAGCAGGCUUUGCUGCAGCAACAGCUGCACGGGCAGAGCAUUAUGAUACAGGAUCAGGCGGGCAAUCUGGUGCCAUUGCAGCUGGAUGGCACCCAAACCAUCUACACA ((((((.(((.(((.((((((((((((((((....)))))...))))))))....((((.....))))..........))).))).))).))))))(((((........)))))...... ( -49.20) >DroGri_CAF1 4548 120 - 1 CAGUUGGAGUUGCAACAGGCGCUGUUGCAGCAACAGUUGCACGGUCAGAGCAUCAUGAUACAGGAUCAGGCGGGCAAUUUGGUGCCACUGCAACUCGAUGGCACACAGACAAUAUACACA ..((((((((((((...((((((..((((((....))))))..(((...((....((((.....)))).)).))).....))))))..))))))))..((.....))..))))....... ( -38.20) >DroWil_CAF1 8279 120 - 1 CAACUGGAAUUGCAACAGGCGCUAUUACAACAACAACUUCAUGGCCAAAGCAUUAUGAUACAGGAUCAGGCUGGUAAUCUAGUGCCAUUGCAGCUAGAUGGAACGCAGACAAUAUACACG ((.((((...(((((..(((((((.........((......))((((..((....((((.....)))).))))))....))))))).))))).)))).)).................... ( -26.60) >DroMoj_CAF1 4782 120 - 1 CAGCUGGAGUUGCAGCAGGCACUGCUGCAGCAGCAACUGCAUGGACAGAGCAUCAUGAUCCAGGAUCAGGCGGGCAAUCUGGUGCCGCUGCAGCUGGACGGCACGCAGACUAUUUACACA ..(((...((((((((((...)))))))))))))..((((.....((((((....(((((...))))).....))..))))((((((((......)).))))))))))............ ( -46.50) >DroAna_CAF1 5917 120 - 1 CAGCUGGAACUGCAACAGGCACUGCUGCAGCAACAGCUGCACGGCCAGAGCAUAAUGAUCCAGGACCAGGCCGGCAACCUGGUGCCCCUCCAACUGGAUGGUUCGCAGGCGAUUUAUACG ((((((...(((((.(((...))).)))))...))))))....(((...((..(((.((((((....(((..((((......)))))))....)))))).))).)).))).......... ( -42.60) >consensus CAGCUGGAAUUGCAACAGGCGCUGCUGCAGCAACAGCUGCACGGCCAGAGCAUCAUGAUACAGGAUCAGGCGGGCAAUCUGGUGCCACUGCAGCUGGAUGGCACGCAGACAAUAUACACA ((((((...(((((((((...)))))))))...))))))....(((...((....((((.....)))).)).)))..((((((((((((......)).)))))).))))........... (-26.33 = -27.42 + 1.09)
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