Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,678,476 – 8,678,581 |
Length | 105 |
Max. P | 0.887160 |
Location | 8,678,476 – 8,678,581 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.58 |
Mean single sequence MFE | -38.26 |
Consensus MFE | -18.82 |
Energy contribution | -18.73 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.92 |
Structure conservation index | 0.49 |
SVM decision value | 0.94 |
SVM RNA-class probability | 0.887160 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8678476 105 - 20766785 ----------UUCAUUCACUUCUCCG--GCAAUCCCCUAGAGCAUUGCCUUGCACUCGCUCUCGGCGAUGCUGUGCUGGAUGCAGUGGUUGAUCUCGGCGAAGCCAGGUCGCUCACU ----------................--(((.(((..((.(((((((((..((....))....))))))))).))..))))))((((..((((((.(((...)))))))))..)))) ( -39.10) >DroVir_CAF1 4309 111 - 1 --CUGGCUAGCAGAUUCGUGG--UUGGAUGCA--UCCUAGAGCAUCGCCUUGCACUCGCUCUCAGCAAUGCUGUGCUGGAUGCAGUGAUUGAUUUCCGCGAAGCCAGGUCGUUCGCU --((((((.......((((((--(..(.((((--(((...(((((.((.((((...........)))).)).))))))))))))....)..)...)))))))))))).......... ( -38.51) >DroPse_CAF1 3595 113 - 1 GAUUGAUC--UACAUCCAGAUCCCUU--CACAUGCUCUAGAGCAUGGCUUUGCACUCGUUCUCUGCUAUGCUGUGCUGGAUGCAGUGGUUGAUCUCGGCAAAGCCUGGUCGCUCGCU ((.(((((--.......(((((...(--(((.((((((((((((((((...((....)).....))))))))...))))).)))))))..))))).(((...))).))))).))... ( -36.60) >DroGri_CAF1 4328 108 - 1 GGUUGACUG---GAGUCUAGA--AUG--UGGA--UUCUAGAGCAUCGCCUUGCACUCGCACUCGGCGAUGCUGUGCUGAAUGCAAUGAUUGAUCUCCGCGAAGCCUGGUCGCUCGCU (((..((((---(((((((..--...--))))--))))))(((((((((.(((....)))...))))))))).(((.....)))....)..)))...((((.((......)))))). ( -41.70) >DroAna_CAF1 3879 102 - 1 ----------UUCAA---UGUCCCCG--GCAAUCUCCUACAGCAUCGCCUUGCACUCACUCUCGGCAAUGCUGUGCUGGAUGCAGUGAUUAAUUUCUGCAAAGCCGGGCCGUUCGCU ----------...((---((..((((--((.((((..((((((((.(((..............))).))))))))..))))((((..........))))...)))))).)))).... ( -37.04) >DroPer_CAF1 3596 113 - 1 GAUUGAUC--UACAUCCAGAUCCCUU--CACAUGCUCUAGAGCAUGGCUUUGCACUCGUUCUCUGCUAUGCUGUGCUGGAUGCAGUGGUUGAUCUCGGCAAAGCCUGGUCGCUCGCU ((.(((((--.......(((((...(--(((.((((((((((((((((...((....)).....))))))))...))))).)))))))..))))).(((...))).))))).))... ( -36.60) >consensus __UUGA____UACAUUCAGGUCCCUG__CACAU_CCCUAGAGCAUCGCCUUGCACUCGCUCUCGGCAAUGCUGUGCUGGAUGCAGUGAUUGAUCUCGGCAAAGCCUGGUCGCUCGCU ........................................((((((((...((....)).....)))))))).(((.....)))((((.(((((...((...))..))))).)))). (-18.82 = -18.73 + -0.08)
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