Locus 2407

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,664,582 – 8,664,675
Length 93
Max. P 0.500000
window3987

overview

Window 7

Location 8,664,582 – 8,664,675
Length 93
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.27
Mean single sequence MFE -37.50
Consensus MFE -22.15
Energy contribution -23.48
Covariance contribution 1.34
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.59
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8664582 93 + 20766785
UAUCCGGAAUGCUCUGCAGUUCCUCGGUGAAAUUCUUUUUCUUGGGAAAAGGCGAAGCAUUGCC---AUGGGUGGGCGUGUGGGCAGAGCCGCUGG
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>DroVir_CAF1 6065 93 + 1
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.....(((..((((((..((.(((.((((..(((((((((....)))))))))..(((...)))---.)))).))).)).....)))))).))).. ( -32.30)
>DroPse_CAF1 6222 96 + 1
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...((((.(((((..((((..((((......(((((((((....)))))))))))))..)))).)))))((((((((....)))))..))).)))) ( -41.70)
>DroGri_CAF1 6626 93 + 1
UAUCGGGUAUGCUCUGCAGUUCCUCCGUAAAGUUCUUCUUCGUGGAGAAGGGCGAGCCAGUGCC---GUGAGUGGGCGUAUGCGCAGAGCUGCCAG
.....((((.(((((((.(((((((((..(((.....)))..)))))..))))..((...((((---.......))))...))))))))))))).. ( -37.90)
>DroMoj_CAF1 6116 93 + 1
UAUCGGGUAUGCUCUGCAGCUCCUCCGUGAAGUUUUUCUUCUUGGAGAACGGCGAGGCAUUUCC---AUGGGUGGGCGUAUGUGCAGAGCUGCCUG
...((((((.((((((((((((.((((((..(((((((.....))))))).((...)).....)---))))).)))).....)))))))))))))) ( -39.70)
>DroAna_CAF1 5493 93 + 1
UAUCCGGAAUGCUCUGCAGCUCCUCGGUGAAGUUCUUCUUUUUGGAAAAGGGCGAGGCAUUGCC---GUGGGUGGGUGUCAGGGCAGAUCCGGAGG
..((((((.(((((((((.((((((((..(.((.(((.(((((....))))).))))).)..))---).))).)).)).)))))))..)))))).. ( -41.00)
>consensus
UAUCCGGAAUGCUCUGCAGCUCCUCGGUGAAGUUCUUCUUCUUGGAGAAGGGCGAGGCAUUGCC___AUGGGUGGGCGUAUGCGCAGAGCCGCCGG
...((((...(((((((.(((((((.........((((((....))))))(((((....))))).....))).))))......)))))))..)))) (-22.15 = -23.48 +   1.34)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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