Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,640,569 – 8,640,685 |
Length | 116 |
Max. P | 0.915812 |
Location | 8,640,569 – 8,640,685 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.51 |
Mean single sequence MFE | -29.57 |
Consensus MFE | -21.91 |
Energy contribution | -23.47 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 1.10 |
SVM RNA-class probability | 0.915812 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8640569 116 + 20766785 AACUACACAGAUGCCAAGGUGAGUGCAGAGUAUACUGCAUACUG----CAUCCGAAGAAAAUAACAUAUGUUAAAAUUCCAAAUCUAGUGCCUAGCUCAAUCCUGGUAUCUGUCGCUGGA ..((((((((((((((.(((((((((((......)))).....(----(((..((.(((..((((....))))...)))....))..))))...)))))..)))))))))))).).))). ( -33.20) >DroSec_CAF1 20745 110 + 1 AACUACACAGAUGCCAUGGUGAGUGCACAGUAC------UACUG----CAUCAGAAGAAUAUAACAUAUGUAACACUUCCAAAUCUAGUGCAUAGGUCAAUCCUGGUAUCUGUCGAUGGA ..((((((((((((((.(((((((((((.(((.------...))----)....((((..((((.....))))...))))........))))))...)))..)))))))))))).).))). ( -29.10) >DroSim_CAF1 24422 110 + 1 AACUACACAGAUGUCAUGGUGAGUGCACAGUAC------UACUG----CAUCCGAAGAAUAUAACAUAUGUUACACUUCCAAAUCUAGUGCCUAGCUCAAUCCUGGUAUCUGUCGAUGGA ..((((((((((..((.(((((((((((.(((.------...))----)....((((....((((....))))..))))........))))...)))))..))))..)))))).).))). ( -27.70) >DroYak_CAF1 20716 114 + 1 AACUACACAGAUGCCAAGGUGAGUCCAUAGUAC------UACUACUACCAUCCGAAUAAAAUGACAUACGUUUCAUUUCCAAACCUAGUGCCUGGGUCAAUCGUGGUAUCUGUCGAUGGA ..((((((((((((((.((((.((...(((...------..)))..))))))(((...((((((........))))))....((((((...))))))...))))))))))))).).))). ( -28.30) >consensus AACUACACAGAUGCCAAGGUGAGUGCACAGUAC______UACUG____CAUCCGAAGAAAAUAACAUAUGUUACACUUCCAAAUCUAGUGCCUAGCUCAAUCCUGGUAUCUGUCGAUGGA ..((((((((((((((.(((((((((((((((.......))))..........((((....((((....))))..))))........))))...)))).))).)))))))))).).))). (-21.91 = -23.47 + 1.56)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:29:13 2006