Locus 23

Window 3

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1164888 93 + 20766785
CAUAUAGUAGAACACAAAAAAAAGGGUCUCCGUUGAGAGUCGUUGAUAAAACUCAACUGUAUCAUAUAUUGGCAUCUGUGCCUUA----------AAA-UACAA-------
......((((((((.........((.((((....)))).))(((((......)))))))).)).......((((....))))...----------...-)))..------- ( -17.50)
>DroVir_CAF1 11502 94 + 1
CAUGUAGUAGAAUACAAAGAAGAGUGUCUCCGUAGAGAGUCGCUGAUAGAAUUCAACGGUAUCGUAUAUGGGCAGCUGUGCCUUG----------GAU-GC---GUAA---
..((((......))))......((((.(((......))).))))..................(((((..(((((....)))))..----------.))-))---)...--- ( -20.60)
>DroWil_CAF1 5384 95 + 1
CAUAUAAUAGAAUACAAAGAACAAUGUCUCCGUCGAGAGUCGUUGAUAAAAUUCAACGGUAUCGUAUAUGGGCAGCUGUGCCUGAAU--------AAA-GAAAG-------
((((((...((.(((...........((((....))))..((((((......))))))))))).))))))((((....)))).....--------...-.....------- ( -21.70)
>DroMoj_CAF1 7976 97 + 1
CAUGUAGUAGAACACAAAGAAGAGCGUCUCCGUCGAGAGCCGUUGAUAGAAUUCAACGGUAUCGUAAAUGGGCAGCUGUGCCUAG----------AAC-GC---GAACAAA
.......................((((.((...(((..((((((((......)))))))).)))....((((((....)))))))----------)))-))---....... ( -27.40)
>DroAna_CAF1 56807 95 + 1
CAUGUAGUAAAAUACAAAAAAAAGCGUCUCUGUUGAAAGCCGUUGAUAAAAUUCAACGGUAUCGUAUAUGGGCAGCUGUGCCUUU------GU--GAA-AAUAU-------
............((((((....(((((((.((((((..((((((((......)))))))).))).))).)))).))).....)))------))--)..-.....------- ( -24.30)
>DroPer_CAF1 3840 104 + 1
CAUGUAGUAGAAUACAAAGAACAGCGUCUCCGUUGAGAGUCGUUGAUAAAAUUCAACAGUAUCGUAUAUUGGCAGCUGUGCCUGGAUUGAAGUGAAAAUUUUAU-------
..((((......)))).((.(((((.((((....))))((((((((......)))))(((((...)))))))).)))))..))....((((((....)))))).------- ( -22.60)
>consensus
CAUGUAGUAGAAUACAAAGAAAAGCGUCUCCGUUGAGAGUCGUUGAUAAAAUUCAACGGUAUCGUAUAUGGGCAGCUGUGCCUUG__________AAA_GA_A________
((((((....................((((....)))).(((((((......))))))).....))))))((((....))))............................. (-14.74 = -15.52 +   0.78) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 4

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1164888 93 - 20766785
-------UUGUA-UUU----------UAAGGCACAGAUGCCAAUAUAUGAUACAGUUGAGUUUUAUCAACGACUCUCAACGGAGACCCUUUUUUUUGUGUUCUACUAUAUG
-------..(((-(..----------((..(((((((.................(((((......)))))...((((....))))........)))))))..))..)))). ( -18.60)
>DroVir_CAF1 11502 94 - 1
---UUAC---GC-AUC----------CAAGGCACAGCUGCCCAUAUACGAUACCGUUGAAUUCUAUCAGCGACUCUCUACGGAGACACUCUUCUUUGUAUUCUACUACAUG
---....---..-...----------...((((....))))...((((((...((((((......))))))..((((....)))).........))))))........... ( -19.20)
>DroWil_CAF1 5384 95 - 1
-------CUUUC-UUU--------AUUCAGGCACAGCUGCCCAUAUACGAUACCGUUGAAUUUUAUCAACGACUCUCGACGGAGACAUUGUUCUUUGUAUUCUAUUAUAUG
-------.....-...--------.....((((....))))(((((((((...((((((......))))))....)))(((((((......))))))).......)))))) ( -20.40)
>DroMoj_CAF1 7976 97 - 1
UUUGUUC---GC-GUU----------CUAGGCACAGCUGCCCAUUUACGAUACCGUUGAAUUCUAUCAACGGCUCUCGACGGAGACGCUCUUCUUUGUGUUCUACUACAUG
.......---((-(((----------((.((((....))))......(((..(((((((......)))))))...)))..))).))))........((((......)))). ( -24.50)
>DroAna_CAF1 56807 95 - 1
-------AUAUU-UUC--AC------AAAGGCACAGCUGCCCAUAUACGAUACCGUUGAAUUUUAUCAACGGCUUUCAACAGAGACGCUUUUUUUUGUAUUUUACUACAUG
-------.....-...--..------...((((....)))).......((..(((((((......)))))))...)).(((((((......)))))))............. ( -18.10)
>DroPer_CAF1 3840 104 - 1
-------AUAAAAUUUUCACUUCAAUCCAGGCACAGCUGCCAAUAUACGAUACUGUUGAAUUUUAUCAACGACUCUCAACGGAGACGCUGUUCUUUGUAUUCUACUACAUG
-------......................((((....))))...((((((...((((((......)))))).....((.((....)).))....))))))........... ( -16.30)
>consensus
________U_UC_UUU__________CAAGGCACAGCUGCCCAUAUACGAUACCGUUGAAUUUUAUCAACGACUCUCAACGGAGACGCUCUUCUUUGUAUUCUACUACAUG
.............................((((....))))....((.(((((((((((......))))))..((((....))))...........))))).))....... (-15.73 = -15.28 +  -0.44) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:23:45 2006