Locus 2277

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	8,394,381 – 8,394,517
Length	136
Max. P	0.991053

overview

Window 7

Location	8,394,381 – 8,394,483
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.62
Mean single sequence MFE	-57.30
Consensus MFE	-33.80
Energy contribution	-34.93
Covariance contribution	1.13
Combinations/Pair	1.34
Mean z-score	-2.77
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	2.25
SVM RNA-class probability	0.991053
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8394381 102 + 20766785
GUAGGCUCCGUAGCCGCCAGCAGAUGGUGGUGGUUGGAUAAAUCCCGGCUGGGGAGCAUAACCUCCCGGUGGAGGCCCCUGUCCGUAGGG------------------CUGUGGAUAGGG
....(((((.(((((((((.....))))((.((((.....))))))))))).)))))....(((((....))))).(((((((((((...------------------.))))))))))) ( -50.10)
>DroPse_CAF1 5540 117 + 1
GUAGGCUCCGUAGCCCCCUGCUGCAGGUGGUGGCUGAAUGAAUCCCGGUUGCGGAGCAUAGCCACCUGGUGGGGGUCCUUGUCCAUAGGGU---UGGCCAUACGGUCCCUGUGGAUAAGG
...((((....))))(((..(..((((((((.(((((.....))(((....))))))...)))))))))..)))..((((((((((((((.---..(((....))))))))))))))))) ( -58.40)
>DroGri_CAF1 10135 117 + 1
GUAGGCGCCGUAGCCA---GUCGAUGGCGGUGGUUGAAUGAAACCCGGUUGGGGCGCAUAUCCACCGGGUGGUUGACCCUGACCAUAUGGAUCCUGGCCGUAUGGUCCCUGAGGAUACGG
....(((((.(((((.---((.....)).(.((((......)))))))))).))))).(((((...((((.....)))).((((((((((.......)))))))))).....)))))... ( -49.90)
>DroMoj_CAF1 10034 117 + 1
GUAGGCCCCAUAGCCC---GUUGCAGGUGGUGGUUGUAUGAAGCCCGGCUGUGGAGCAUAGCCGCCAGGCGGUGGGCCCUGACCGUAAGGUCCCUGGCCGUAGGGUCCUUGCGGAUACGG
.((((.(((((.((((---......).((((((((......)))).(((((((...)))))))))))))).))))).)))).((((((((.(((((....))))).))))))))...... ( -56.30)
>DroAna_CAF1 6094 117 + 1
GUAGGCUCCAUAGCCACCGGCUGACGGUGGUGGCUGGAUGAAGCCCGGCUGGGGGGCAUAGCCGCCCGGCGGAGGCCCCUGUCCAUAGGGU---UGGCCGUACGGGCCCUGUGGAUACGG
...((((((...(((((((.....)))))))((((......))))..((((((.(((...))).))))))))).)))((((((((((((((---(.(.....).))))))))))))).)) ( -68.00)
>DroPer_CAF1 5545 117 + 1
GUAGGCUCCGUAGCCGCCUGCUGCAGGUGGUGGCUGAAUGAAACCCGGUUGCGGAGCAUAGCCACCUGGUGGGGGUCCUUGUCCAUAGGGU---UGGCCAUACGGUCCCUGUGGAUAAGG
....((((((((((((((((...)))))(((..(.....)..))).)))))))))))...(((.((....)).)))((((((((((((((.---..(((....))))))))))))))))) ( -61.10)
>consensus
GUAGGCUCCGUAGCCACC_GCUGAAGGUGGUGGCUGAAUGAAACCCGGCUGGGGAGCAUAGCCACCCGGUGGAGGCCCCUGUCCAUAGGGU___UGGCCGUACGGUCCCUGUGGAUACGG
.....((((.((((((((.((.....))))))))))......(((.(((.((........)).))).)))))))..((.(((((((((((......(((....)))))))))))))).)) (-33.80 = -34.93 +   1.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	8,394,381 – 8,394,483
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.62
Mean single sequence MFE	-44.15
Consensus MFE	-20.24
Energy contribution	-21.44
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.600297
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8394381 102 - 20766785
CCCUAUCCACAG------------------CCCUACGGACAGGGGCCUCCACCGGGAGGUUAUGCUCCCCAGCCGGGAUUUAUCCAACCACCACCAUCUGCUGGCGGCUACGGAGCCUAC
((((.(((....------------------......))).))))((((((....))))))...(((((..((((((((....)))..(((.((.....)).))))))))..))))).... ( -40.30)
>DroPse_CAF1 5540 117 - 1
CCUUAUCCACAGGGACCGUAUGGCCA---ACCCUAUGGACAAGGACCCCCACCAGGUGGCUAUGCUCCGCAACCGGGAUUCAUUCAGCCACCACCUGCAGCAGGGGGCUACGGAGCCUAC
((((.((((.((((.((....))...---.)))).)))).))))..........((((((((((.((((....))))...)))..))))))).((((...))))(((((....))))).. ( -42.70)
>DroGri_CAF1 10135 117 - 1
CCGUAUCCUCAGGGACCAUACGGCCAGGAUCCAUAUGGUCAGGGUCAACCACCCGGUGGAUAUGCGCCCCAACCGGGUUUCAUUCAACCACCGCCAUCGAC---UGGCUACGGCGCCUAC
..((((((.(...(((((((.((.......)).))))))).((((.....)))).).))))))(((((.......((((......))))...((((.....---))))...))))).... ( -41.10)
>DroMoj_CAF1 10034 117 - 1
CCGUAUCCGCAAGGACCCUACGGCCAGGGACCUUACGGUCAGGGCCCACCGCCUGGCGGCUAUGCUCCACAGCCGGGCUUCAUACAACCACCACCUGCAAC---GGGCUAUGGGGCCUAC
.(((((((....)))...))))((((((((((....)))).((.....)).))))))((((.((...)).))))((((((((((...((............---))..)))))))))).. ( -48.40)
>DroAna_CAF1 6094 117 - 1
CCGUAUCCACAGGGCCCGUACGGCCA---ACCCUAUGGACAGGGGCCUCCGCCGGGCGGCUAUGCCCCCCAGCCGGGCUUCAUCCAGCCACCACCGUCAGCCGGUGGCUAUGGAGCCUAC
((...((((.((((.((....))...---.)))).))))..))(((....)))(((.(((...))).)))....(((((((((..(((((((..(....)..)))))))))))))))).. ( -51.80)
>DroPer_CAF1 5545 117 - 1
CCUUAUCCACAGGGACCGUAUGGCCA---ACCCUAUGGACAAGGACCCCCACCAGGUGGCUAUGCUCCGCAACCGGGUUUCAUUCAGCCACCACCUGCAGCAGGCGGCUACGGAGCCUAC
((((.((((.((((.((....))...---.)))).)))).))))..........((((((((((.((((....))))...)))..))))))).((((...)))).((((....))))... ( -40.60)
>consensus
CCGUAUCCACAGGGACCGUACGGCCA___ACCCUAUGGACAGGGACCACCACCAGGUGGCUAUGCUCCCCAACCGGGAUUCAUUCAACCACCACCUGCAGC_GGCGGCUACGGAGCCUAC
((.(.((((.((((................)))).)))).).))....((((...))))....(((((......((...........)).((.(((.....))).))....))))).... (-20.24 = -21.44 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	8,394,421 – 8,394,517
Length	96
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.34
Mean single sequence MFE	-53.70
Consensus MFE	-29.25
Energy contribution	-29.26
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	1.38
SVM RNA-class probability	0.948131
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8394421 96 + 20766785
AAUCCCGGCUGGGGAGCAUAACCUCCCGGUGGAGGCCCCUGUCCGUAGGG------------------CUGUGGAUAGGGUUGAGCACCUCCUUGUGCAUAGGGUGGGUAGC---CU
..(((..((((((..(.....)..)))))))))((((((((((((((...------------------.)))))))))))....((.((.(((((....))))).)))).))---). ( -39.30)
>DroPse_CAF1 5580 114 + 1
AAUCCCGGUUGCGGAGCAUAGCCACCUGGUGGGGGUCCUUGUCCAUAGGGU---UGGCCAUACGGUCCCUGUGGAUAAGGUUGAGCUCCUCCUUGGGCAUAGGGCGGAUAGCCGCCU
...(((((..(.(((((...(((.((....)).)))((((((((((((((.---..(((....)))))))))))))))))....))))).).)))))....((((((....)))))) ( -55.80)
>DroWil_CAF1 4969 111 + 1
AAACCCGGUUGUGGGGCAUAUCCCCCCGGUGGAGGUCCUUGGCCAUAAGGC---UGUCCGUAGGGUCCUUGGGGAUACGGUUGAGCUGCACCCUGACCAUAUGGUGGAUAAC---CU
....((((....((((.....)))))))).((..((((..((((....)))---)..(((((.((((...((((...(((.....)))..)))))))).))))).))))..)---). ( -41.00)
>DroMoj_CAF1 10071 117 + 1
AAGCCCGGCUGUGGAGCAUAGCCGCCAGGCGGUGGGCCCUGACCGUAAGGUCCCUGGCCGUAGGGUCCUUGCGGAUACGGUUGCGCGCCUCCCUGGCCGUAGGGCGGAUAGCCGCCU
..(((((((((((...)))))))((((((.((((.((((((.((((((((.(((((....))))).)))))))).)).))..)).))))..))))))....))))((....)).... ( -64.80)
>DroAna_CAF1 6134 111 + 1
AAGCCCGGCUGGGGGGCAUAGCCGCCCGGCGGAGGCCCCUGUCCAUAGGGU---UGGCCGUACGGGCCCUGUGGAUACGGCUGUGCGCCACCCUGGGCGUAGGGCGGAUAUC---CU
..(((((((((((((((...(((....)))....))))))(((((((((((---(.(.....).)))))))))))).))))).((((((......))))))))))((....)---). ( -65.10)
>DroPer_CAF1 5585 114 + 1
AAACCCGGUUGCGGAGCAUAGCCACCUGGUGGGGGUCCUUGUCCAUAGGGU---UGGCCAUACGGUCCCUGUGGAUAAGGUUGAGCUCCUCCUUGGGCAUAGGGCGGAUAGCCGCCU
...(((((..(.(((((...(((.((....)).)))((((((((((((((.---..(((....)))))))))))))))))....))))).).)))))....((((((....)))))) ( -56.20)
>consensus
AAACCCGGCUGCGGAGCAUAGCCACCCGGUGGAGGUCCCUGUCCAUAGGGU___UGGCCGUACGGUCCCUGUGGAUACGGUUGAGCUCCUCCCUGGGCAUAGGGCGGAUAGC___CU
....(((.....((.((.(((((.((....)).......(((((((((((................))))))))))).))))).)).)).(((((....)))))))).......... (-29.25 = -29.26 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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