Locus 2273

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,387,294 – 8,387,388
Length 94
Max. P 0.768960
window3732

overview

Window 2

Location 8,387,294 – 8,387,388
Length 94
Sequences 4
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.28
Mean single sequence MFE -20.98
Consensus MFE -20.16
Energy contribution -20.48
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.768960
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8387294 94 - 20766785
AUCGUAUAUAUAUAGUAUAUAGUGUUUUAUGACAGCGCAUAUAUCUAUAGAUACAUCUGUG--UGUGUUGUUCUUG--GGAGGGCGGCAAAAAUUAGA
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>DroSec_CAF1 14252 96 - 1
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>DroSim_CAF1 14303 95 - 1
AUCGUAUAUAUAUAGUAUAUAGUGUAUUAUGAGAGCGCAUAUAUCUAUAGAUACAUUUGUGUGUGUGUUGUUCU-G--GGAGGGCGGCAAAAAUUAGA
.(((((.((((((........)))))))))))..(((((((((((....))))....))))))).((((((((.-.--...))))))))......... ( -20.60)
>DroYak_CAF1 15985 96 - 1
AUCAUAUAUAUAUAGUAUAUAGUGUAUUACGAGAGCGCAUAUAUCUAUAGAUACAUCUAUG--UGUUUUGUUCUUGGGGGAGGGCGGCAAAAAUUAGA
....(((((((...))))))).(((......((((((((((((((....))))....))))--))))))((((((....)))))).)))......... ( -17.60)
>consensus
AUCGUAUAUAUAUAGUAUAUAGUGUAUUAUGAGAGCGCAUAUAUCUAUAGAUACAUCUGUG__UGUGUUGUUCUUG__GGAGGGCGGCAAAAAUUAGA
...((((...(((((.(((((((((.........)))).)))))))))).)))).((((......((((((((((....)))))))))).....)))) (-20.16 = -20.48 +   0.31)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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