Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,274,466 – 8,274,586 |
Length | 120 |
Max. P | 0.564748 |
Location | 8,274,466 – 8,274,586 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.56 |
Mean single sequence MFE | -44.29 |
Consensus MFE | -27.92 |
Energy contribution | -27.06 |
Covariance contribution | -0.86 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.564748 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8274466 120 + 20766785 CCAGUCCUCGCCCGUGUCGCAUACUGGUGGCGGGCGGCGAUGGCACCAUCGGUUGGGUGCUCAAUACAAUCUAUACGCUGAAUAUCAAGCCCCAGCCCUCGGUGGCCAUCAUGCCGCUGG (((((....((((((..(((......)))))))))((((((((((((...(((((((.(((..(((...((........)).)))..))))))))))...))).))))))..)))))))) ( -54.10) >DroVir_CAF1 912 120 + 1 CCAGUCCACGCCCUUGUCGCAUACUAGUCGCGGGUGGCGAUGGAACGAUUGGCUGGGUGCUCAACACCAUCUAUACGCUAAACAUAAAGCCUCAACCGUCCGUGGCAAUUAUUCCACUGG (((((...(((((((((.((......)).))))).))))..((((..((((.(((((((.....))))........(((........)))..........)).).))))..))))))))) ( -36.40) >DroGri_CAF1 835 120 + 1 CGAGUCCUCGUCCUUGUCGCAUCCUGGUGGCUGGUGGAGAUGGCACAAUUGGUUGGGUGCUCAACACCAUCUACACACUCAAUAUAAAGCCACAGCCUGCCGUGGCCAUUAUGCCACUGG (((....))).............(..(((((((((((..((((((.....(((((((((.....)))).........((........))...)))))))))))..)))))).)))))..) ( -38.20) >DroWil_CAF1 882 120 + 1 CUAGUCCGCGUCCCUGUCGUAUACUAGUGGCCGGUGGCGAUGGUACCAUCGGUUGGGUAAUGAAUACAAUAUAUGCCCUGCAAAUCAAACCGCAACCAUCGGUGGCCAUCAUGCCGCUGG (((((..(((.......)))..)))))...(((((((((((((..((((((((.(((((..............)))))(((..........)))...)))))))))))))..)))))))) ( -41.74) >DroAna_CAF1 835 120 + 1 CCAGCCCGCGACCAUGUCGUAUACUAGUGGCCGGCGGCGAUGGAACCAUCGGCUGGGUGAUGAAUACCAUCUACGCAUUGAACAUAAAGCCCCAGCCCUCGGUGGCCAUCAUGCCGUUGG (((((..(((((...)))))......(((((((.(((.((((....))))(((((((.((((.....))))...((.(((....))).))))))))).))).)))))))......))))) ( -46.50) >DroPer_CAF1 913 120 + 1 CUAGUCCCCGCCCCUGUCGCAUACUGGUGGCCGGCGGAGAUGGGACCAUUGGUUGGGUGAUGAACACCAUCUACGCUUUGAAUAUAAAGCCCCAGCCCUCGGUAGCCAUCAUGCCGCUGG .......(((((...((.....)).)))))(((((((.(((((.(((...(((((((.((((.....))))...((((((....)))))))))))))...)))..)))))...))))))) ( -48.80) >consensus CCAGUCCGCGCCCCUGUCGCAUACUAGUGGCCGGCGGCGAUGGAACCAUCGGUUGGGUGAUCAACACCAUCUACACACUGAAUAUAAAGCCCCAGCCCUCGGUGGCCAUCAUGCCGCUGG (((((..........(((((......))))).((((..(((((.(((...((((((((..............................))).)))))...)))..))))).))))))))) (-27.92 = -27.06 + -0.86)
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