Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,172,219 – 8,172,370 |
Length | 151 |
Max. P | 0.954042 |
Location | 8,172,219 – 8,172,330 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.77 |
Mean single sequence MFE | -24.84 |
Consensus MFE | -21.14 |
Energy contribution | -20.78 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.44 |
SVM RNA-class probability | 0.954042 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8172219 111 + 20766785 UUUGCAUAAACGAAUUUCUAUUGAAUCUCAUAACGGGUUAGUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAAUUUUCUGCAUAGAAGAGUGAGAGAUCACA ((((..(((((((((((((((((....((((...(((((...)))))))))....))))))))..))))))))).))))...((((((....))))))((((....)))). ( -26.30) >DroSec_CAF1 3094 111 + 1 UUUGCAUAAACGAAUUUCUUUUGAAUCUCAUAACGGGUUAGUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAGUUUUCUGCAUACAAGAGUGAGAGAUCACA ..((((.((((((..(((....)))..)).....(((((...)))))..((((((((((...)))))))))).........))))..)))).......((((....)))). ( -22.80) >DroSim_CAF1 3121 111 + 1 UUUGCAUAAACGAAUUUCUUUUGAAUCUCAUAACGGGUUAGUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAAUUUUCUGCAUAGAAGAGUGAGAGAUCACA ((((..(((((((((((((.(((....((((...(((((...)))))))))....))).))))..))))))))).))))...((((((....))))))((((....)))). ( -22.40) >DroEre_CAF1 3113 111 + 1 UUUGCAUAAACGAACUUCUUUUGAUUCUCAUUACGGGUUAGUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAGUUUUCUGCAUAGAAAAGUGAGAGAUCGCA ..(((.(((((((((((((.(((.((.((((...(((((...))))))))).)).))).))))..))))))))).......(.(((((.(((......)))))))).)))) ( -24.60) >DroYak_CAF1 3139 111 + 1 UUUGCAUAAACGAACUUCUUUGGAAUCUCAUAACGGGUUAGUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUCAACAAAGGGAUUUCUGCAUAGAAAUGUGAGAGAUCACA ................((((((............(((((...))))).(((((((((((...)))))))).))).))))))(((((((.((((....)))))))))))... ( -28.10) >consensus UUUGCAUAAACGAAUUUCUUUUGAAUCUCAUAACGGGUUAGUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAGUUUUCUGCAUAGAAGAGUGAGAGAUCACA ((((..(((((((((((((.(((....((((...(((((...)))))))))....))).))))..))))))))).))))...((((((....))))))((((....)))). (-21.14 = -20.78 + -0.36)
Location | 8,172,219 – 8,172,330 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.77 |
Mean single sequence MFE | -21.06 |
Consensus MFE | -18.28 |
Energy contribution | -18.68 |
Covariance contribution | 0.40 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.49 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.85 |
SVM RNA-class probability | 0.866130 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8172219 111 - 20766785 UGUGAUCUCUCACUCUUCUAUGCAGAAAAUUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCACUAACCCGUUAUGAGAUUCAAUAGAAAUUCGUUUAUGCAAA .((((....)))).......((((.(((.....(((((.....)))))((((((((..(.((((((((.....)))...))))).)..)))))))).....))).)))).. ( -23.20) >DroSec_CAF1 3094 111 - 1 UGUGAUCUCUCACUCUUGUAUGCAGAAAACUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCACUAACCCGUUAUGAGAUUCAAAAGAAAUUCGUUUAUGCAAA .((((....)))).......((((..((((...(((((.....)))))((((.(((..(.((((((((.....)))...))))).)..))).))))....)))).)))).. ( -21.50) >DroSim_CAF1 3121 111 - 1 UGUGAUCUCUCACUCUUCUAUGCAGAAAAUUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCACUAACCCGUUAUGAGAUUCAAAAGAAAUUCGUUUAUGCAAA .(((((((.............(((((......)))))...(((((((((...)))))))))...)))))))......((.(((((.(((....))).)))))....))... ( -20.10) >DroEre_CAF1 3113 111 - 1 UGCGAUCUCUCACUUUUCUAUGCAGAAAACUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCACUAACCCGUAAUGAGAAUCAAAAGAAGUUCGUUUAUGCAAA ((((((((.....((((((....))))))...........(((((((((...)))))))))...)))))..........((((((..((....))..))))))...))).. ( -18.90) >DroYak_CAF1 3139 111 - 1 UGUGAUCUCUCACAUUUCUAUGCAGAAAUCCCUUUGUUGAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCACUAACCCGUUAUGAGAUUCCAAAGAAGUUCGUUUAUGCAAA (((((....)))))......((((.((((..((((.(((..((((((((...))))))))((((((((.....)))...))))).....))).))))...)))).)))).. ( -21.60) >consensus UGUGAUCUCUCACUCUUCUAUGCAGAAAACUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCACUAACCCGUUAUGAGAUUCAAAAGAAAUUCGUUUAUGCAAA .(((((((.............(((((......)))))...(((((((((...)))))))))...)))))))......((.(((((.(((....))).)))))....))... (-18.28 = -18.68 + 0.40)
Location | 8,172,259 – 8,172,370 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.16 |
Mean single sequence MFE | -24.32 |
Consensus MFE | -19.36 |
Energy contribution | -18.68 |
Covariance contribution | -0.68 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.85 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.90 |
SVM RNA-class probability | 0.877227 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8172259 111 + 20766785 GUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAAUUUUCUGCAUAGAAGAGUGAGAGAUCACAUUGUAUCCAACAUUUUAGGGCUUAAAAUAAUAGACAACAU ....((((.((((((((((...))))))))))..((((....((((((....))))))((((....)))).))))...........))))..................... ( -19.80) >DroSec_CAF1 3134 111 + 1 GUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAGUUUUCUGCAUACAAGAGUGAGAGAUCACAUUGUAUUCAACAUUUUAGGGCUUAUUAUAAUAGGCCACAU (((.((((.((((((((((...))))))))))...............((.((((((..((((....)))).)))))).))......))))((((((....))))))))).. ( -27.70) >DroSim_CAF1 3161 111 + 1 GUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAAUUUUCUGCAUAGAAGAGUGAGAGAUCACAUUGUAUCCAACAUUUUAGGGCUUAAAAUAAUAGGCGACAU ....((((.((((((((((...))))))))))..((((....((((((....))))))((((....)))).))))...........))))(((((......)))))..... ( -23.80) >DroEre_CAF1 3153 111 + 1 GUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAGUUUUCUGCAUAGAAAAGUGAGAGAUCGCAUUGUAUCCAACAUUUUAGGGCUUAAAAUAACAGACCACAU (((..((..((((((((((...)))))))))).........(((((..((.(((((..((((....))))..(((.....))))))))..))..)))))...))..))).. ( -19.60) >DroYak_CAF1 3179 111 + 1 GUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUCAACAAAGGGAUUUCUGCAUAGAAAUGUGAGAGAUCACAUUGUGGCCAACAUUUUGGGGCUUCAAAUAACAGAACACAU (((.(((.(((((((((((...)))))))))....)).)))(((((((.((((....)))))))))))...(((.((((..........)))).))).........))).. ( -30.70) >consensus GUGACCUAUGACAAACAAUAGAAUUGUUUGUUUAACAAAGAGUUUUCUGCAUAGAAGAGUGAGAGAUCACAUUGUAUCCAACAUUUUAGGGCUUAAAAUAAUAGACCACAU ....((((.((((((((((...))))))))))..((((....((((((....))))))((((....)))).))))...........))))..................... (-19.36 = -18.68 + -0.68)
Location | 8,172,259 – 8,172,370 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.16 |
Mean single sequence MFE | -22.96 |
Consensus MFE | -17.02 |
Energy contribution | -17.34 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.30 |
SVM RNA-class probability | 0.672497 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 8172259 111 - 20766785 AUGUUGUCUAUUAUUUUAAGCCCUAAAAUGUUGGAUACAAUGUGAUCUCUCACUCUUCUAUGCAGAAAAUUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCAC .(((.(((((.(((((((.....))))))).))))))))..(((((((.............(((((......)))))...(((((((((...)))))))))...))))))) ( -22.70) >DroSec_CAF1 3134 111 - 1 AUGUGGCCUAUUAUAAUAAGCCCUAAAAUGUUGAAUACAAUGUGAUCUCUCACUCUUGUAUGCAGAAAACUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCAC ..(((((((((..(((((((........(((...((((((.((((....))))..)))))))))........))))))).(((((((((...))))))))).))))))))) ( -27.79) >DroSim_CAF1 3161 111 - 1 AUGUCGCCUAUUAUUUUAAGCCCUAAAAUGUUGGAUACAAUGUGAUCUCUCACUCUUCUAUGCAGAAAAUUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCAC .(((..((...(((((((.....)))))))..))..)))..(((((((.............(((((......)))))...(((((((((...)))))))))...))))))) ( -20.60) >DroEre_CAF1 3153 111 - 1 AUGUGGUCUGUUAUUUUAAGCCCUAAAAUGUUGGAUACAAUGCGAUCUCUCACUUUUCUAUGCAGAAAACUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCAC .((((.(((..(((((((.....)))))))..)))))))....(((((.....((((((....))))))...........(((((((((...)))))))))...))))).. ( -19.80) >DroYak_CAF1 3179 111 - 1 AUGUGUUCUGUUAUUUGAAGCCCCAAAAUGUUGGCCACAAUGUGAUCUCUCACAUUUCUAUGCAGAAAUCCCUUUGUUGAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCAC ..(((((((((.....((((((..........)))....((((((....)))))))))...))))))...(((....(((.((((((((...))))))))))).))).))) ( -23.90) >consensus AUGUGGUCUAUUAUUUUAAGCCCUAAAAUGUUGGAUACAAUGUGAUCUCUCACUCUUCUAUGCAGAAAACUCUUUGUUAAACAAACAAUUCUAUUGUUUGUCAUAGGUCAC ..(((((((((........((........((((....))))((((....))))........)).................(((((((((...))))))))).))))))))) (-17.02 = -17.34 + 0.32)
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