Locus 2192

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,101,392 – 8,101,500
Length 108
Max. P 0.657286
window3619

overview

Window 9

Location 8,101,392 – 8,101,500
Length 108
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.08
Mean single sequence MFE -40.50
Consensus MFE -21.28
Energy contribution -22.28
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.657286
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8101392 108 - 20766785
GCGGUGGCACUGCUACUGUGGGCGUCAAUACGACG---GGCGUUACCAUUGGUACCGUCGUGCCCAGUGCUCAUAACGCCACCAUCAGCGGGAUCGGUUCCAUUCACCAUC
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>DroVir_CAF1 19461 111 - 1
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>DroPse_CAF1 16847 105 - 1
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>DroYak_CAF1 16394 108 - 1
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>DroMoj_CAF1 18205 111 - 1
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>DroPer_CAF1 16809 105 - 1
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>consensus
GCGGUGGCACCGCCACCGUGGGCGUCAAUAC__CA___GGCGUUACCAUCGGCACUGUGGUACCAAGUGCGCACAGCGCCACCAUCAGCGGCAUCGGUUCCAUACACCAUC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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