Locus 2185

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	8,078,333 – 8,078,475
Length	142
Max. P	0.918263

overview

Window 9

Location	8,078,333 – 8,078,452
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.75
Mean single sequence MFE	-50.75
Consensus MFE	-37.24
Energy contribution	-37.83
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.53
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.33
SVM RNA-class probability	0.692840
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8078333 119 + 20766785
AGCUGGCCAUCUACACGUGGAACGUGAUGUCCAUCUCCGAUCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGC-
.((((((.(((.....(((((........)))))....))).))))))............((((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..))))))))....- ( -54.20)
>DroVir_CAF1 31991 120 + 1
AAGUGGCCACGCACGCCUGGCGCAUCAUGAGCAUGGCCGAUCGUCAGCCGUACAUACGGCUGGCCCGCAAGGCGCAACAGAUACAGCAGGCGCGCGUGCUCCAUUUUCUGGGCAACAAUU
((((((.(((((.((((((((.((((....).)))))).(((..(((((((....)))))))((((....)).))....))).....))))).)))))..))))))....(....).... ( -50.60)
>DroSec_CAF1 43204 119 + 1
AACUGGCCAUCUACACGUGGAACGUGAUGUCCAUCUCCGAUCGACAGCCGUACAUUCGGUUGGCCCGGCUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGC-
..((((((.((((....))))(((.(.((((.(((...))).)))).))))......)))((((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..))))))))))).- ( -49.80)
>DroSim_CAF1 25666 119 + 1
AGCUGGCCAUCUACACGUGGAACGUGAUGUCCAUCUCCGAUCGACAGCCGUACAUUCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGC-
.(((((((.((((....))))(((.(.((((.(((...))).)))).))))......)))((((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..))))))))))))- ( -53.30)
>DroYak_CAF1 41650 119 + 1
AGUUGGCCACCUACACGUGGAACGUGAUGUCUGUCUCCGAUCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGCUUGGCGCAGCAAAUUCAGCAUUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAAC-
.((.((((.....((.((((..((.(((....)))..))...((((((((......)))))))))))).))(((((((...(((.((....)).))))))))))......))))))...- ( -48.30)
>DroAna_CAF1 42059 119 + 1
AGUUAGCUACAUACACGUGGAACGUAAUGUCCGUAUCCGAUCGCCAGCCGUACAUCCGGCUGGCCCGGAAGGCGCAGCAGAUUCAGCAGGCGCGGAAGCUGCACUUUCUGGGCAACAGC-
.(((.((..........(((((((.......))).))))...((((((((......))))))))((((((((.(((((...(((.((....)).)))))))).)))))))))))))...- ( -48.30)
>consensus
AGCUGGCCACCUACACGUGGAACGUGAUGUCCAUCUCCGAUCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGC_
.((((............((((....(((....))))))).....((((((......))))))((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..))))))..)))). (-37.24 = -37.83 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	8,078,373 – 8,078,475
Length	102
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.54
Mean single sequence MFE	-47.65
Consensus MFE	-38.53
Energy contribution	-39.12
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.00
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.918263
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8078373 102 + 20766785
UCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGCAGUCGGUCGGUGACCAAGAGGAA
(((((.((((.((.....((.(((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..)))))))))....)))))).)))))((....)).. ( -50.90)
>DroSec_CAF1 43244 102 + 1
UCGACAGCCGUACAUUCGGUUGGCCCGGCUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGCAGUCGGUCGGUGAACAAAAGGAA
((((((((((......)))))(((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..)))))))......)))))................. ( -46.10)
>DroSim_CAF1 25706 102 + 1
UCGACAGCCGUACAUUCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGCAGUCGGUCGGUGAACAAAAGGAA
((((((((((......)))))(((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..)))))))......)))))................. ( -46.90)
>DroEre_CAF1 41717 102 + 1
UCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGAAGAUUCAGCAAUGGCGGAGGCUGCGCUUUCUGGGCCGCAGCAGUCGGUCGGGGACCAAGCGCAA
..((.(((((......)))))(((((((..(((((((....(((.((....)).))).)))))))..))))))))).((.((.((((...))))..)))).. ( -46.00)
>DroYak_CAF1 41690 102 + 1
UCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGCUUGGCGCAGCAAAUUCAGCAUUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAACGGUCGGUCGGUGAACAAGAGGAG
(((((.((((.....(((..(((((((...((((((((...(((.((....)).)))))))))))...)))))))...))).)))).))))).......... ( -49.70)
>DroAna_CAF1 42099 102 + 1
UCGCCAGCCGUACAUCCGGCUGGCCCGGAAGGCGCAGCAGAUUCAGCAGGCGCGGAAGCUGCACUUUCUGGGCAACAGCAAUCGGCCGUUGACCAAAAGAAU
..((((((((......))))))))((((((((.(((((...(((.((....)).)))))))).)))))))).((((.((.....)).))))........... ( -46.30)
>consensus
UCGCCAGCCGUACAUCCGGUUGGCCCGGUUGGCGCAGCAGAUUCAGCAAUCGCGGAAGCUGCGCUUUCUGGGCCACAGCAGUCGGUCGGUGAACAAAAGGAA
(((.(.((((.((.....(.((((((((..((((((((...(((.((....)).)))))))))))..)))))))))....)))))).).))).......... (-38.53 = -39.12 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

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