Locus 2147

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,007,805 – 8,007,913
Length 108
Max. P 0.963614
window3554

overview

Window 4

Location 8,007,805 – 8,007,913
Length 108
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.16
Mean single sequence MFE -36.42
Consensus MFE -23.15
Energy contribution -23.38
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.963614
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8007805 108 + 20766785
GCAUGGUACCUGGUGCCGGGUAUCGUGACGCUUUCCCUCAUGAUGGGUGAUUUCGGUGGGUGG--------UUGGUUGUGGGUGGUGUGGGUGGUACACACCUGUAAUGCAGUAGU
.(((((((((((....)))))))))))..((...((((((..((.((..(((......)))..--------)).))..)))).))((..((((.....))))..))..))...... ( -38.10)
>DroSec_CAF1 22048 105 + 1
GCAUGGUACCUGGCGCCGGGUAUCGUGACGCUUUCCCUCGUGAUGGGUGAUAU-GGUGGGUGG--------UGGCUGGUGGCUGGU--AGGUGGUACACACCUGUAAUGCAGUAGU
.(((((((((((....))))))))))).((((..((((((((........)))-)).))).))--------))((((.((.(..((--(((((.....)))))))...))).)))) ( -39.50)
>DroSim_CAF1 22697 105 + 1
GCAUGGUACCUGGCGCCGGGUAUCGUGACGCUUUCCCUCGUGAUGGGUGAUUU-GGUGNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
.(((((((((((....))))))))))).((((.(((((......))).))...-)))).....--------...............--............................ ( -22.40)
>DroEre_CAF1 21839 111 + 1
GCAUGGUACCUGGUGCCGGGUAUCGUGUCGCUUUCCCUCGUAAUGGGUGAUUUCGGUGGCUGGUUGGUUGGUGUGUAGUGUGUGGU--GGGCGGUACACACCUGUAAUGCAG---U
((((((((((((....))))))))))))((((.(((((......))).))....))))((((((((...((((((((.(((.....--..))).))))))))..)))).)))---) ( -42.20)
>DroYak_CAF1 21986 103 + 1
GCACGGUACCUGGUGCCGGGUAUCGUGACGCUUUCCCUUGUGGUGGGGGAUUUUGAUGGGUGG--------UGGGUGGUAGGUGGU--GGGCGGUACACACCUGUAAUGCAG---U
.(((((((((((....))))))))))).(((((((((((.....)))))).......))))).--------((.((..((((((((--(.....))).))))))..)).)).---. ( -39.91)
>consensus
GCAUGGUACCUGGUGCCGGGUAUCGUGACGCUUUCCCUCGUGAUGGGUGAUUU_GGUGGGUGG________UGGGUGGUGGGUGGU__GGGCGGUACACACCUGUAAUGCAG___U
.(((((((((((....))))))))))).((((.(((((......))).))....))))................................(((.((((....)))).)))...... (-23.15 = -23.38 +   0.23)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:22:29 2006