Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,970,122 – 7,970,223 |
Length | 101 |
Max. P | 0.736873 |
Location | 7,970,122 – 7,970,223 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.41 |
Mean single sequence MFE | -39.58 |
Consensus MFE | -16.52 |
Energy contribution | -17.17 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.42 |
SVM decision value | 0.44 |
SVM RNA-class probability | 0.736873 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7970122 101 + 20766785 UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU-AGCUGGG-----AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA----ACUGGGCUC-GAUGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA ((((.((((((((((..(((.....)))..-))).)))-----)))).)))).((((..((((...----(((((((((-(......))))).)))))..))))..)))).. ( -43.20) >DroSec_CAF1 6450 101 + 1 UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU-AGCUGGG-----AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA----ACUGGGCUC-GGUGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA ((((.((((((((((..(((.....)))..-))).)))-----)))).)))).((((..((((...----(((((((((-((....)))))).)))))..))))..)))).. ( -46.10) >DroSim_CAF1 6466 101 + 1 UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU-AGCUGGG-----AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA----ACUGGGCUC-GGUGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA ((((.((((((((((..(((.....)))..-))).)))-----)))).)))).((((..((((...----(((((((((-((....)))))).)))))..))))..)))).. ( -46.10) >DroEre_CAF1 6457 91 + 1 UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUUGGCUUU-AG--------------CUGGGAAUGGGGGCUU-UA----ACUGGGCUC-UGGGCUGUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA ........(((((((..(((.....)))..-))--------------).))))((((..((((-..----(((((((((-........)))).)))))..))))..)))).. ( -36.70) >DroYak_CAF1 6437 86 + 1 UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCUUUUGG---------------------CUGGGAAUGGGGGCUC-UA----ACUGGUAUUGGGGGCUCUGGUCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA ....(((((((((((.........))---------------------).))).)))))((.((-..----(((..((((((((((....))))))))))..))))))).... ( -30.10) >DroAna_CAF1 7686 109 + 1 UCAGUCCAUCCCGCUUUGGCCCCAGCUUAGGCGGUGGGAGUCUACGGCUCUGUAUGUAUGUAUUUGGUAUAUGGGGAUU-GGGGAUUGGGGUUC--GUGUGAGUGACCGUGA (((.(((((...((((..((((((((((((((.......))))).)))(((.(((((((.......))))))).))).)-)))).)..))))..--))).)).)))...... ( -35.30) >consensus UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU_AGCUGGG_____AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA____ACUGGGCUC_GGGGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA ........((((((....))............((((........)))).))))((((..((((.......(((((((((.(.....).)))).)))))..))))..)))).. (-16.52 = -17.17 + 0.64)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:22:14 2006