Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,522,258 – 1,522,378 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 1,522,258 – 1,522,378 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.22 |
Mean single sequence MFE | -39.57 |
Consensus MFE | -30.30 |
Energy contribution | -30.00 |
Covariance contribution | -0.30 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.58 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1522258 120 - 20766785 CCAGGCGGUGCUUUCUCUCUACGCCUCCGGCCGUACCACAGGUAUCGUGUUGGACUCCGGCGACGGUGUCUCCCAUACUGUGCCCAUUUAUGAGGGCUACGCCCUGCCGCACGCCAUCCU ...((((.(((..............((((((((((((...)))).)).))))))....(((((((((((.....)))))))((((........))))..)))).....)))))))..... ( -43.10) >DroVir_CAF1 79976 120 - 1 UCAGGCUGUGUUGUCCUUGUACGCCUCCGGUCGUACCACUGGCAUCGUUUUGGAUUCUGGCGACGGUGUCACCCACACCGUGCCCAUCUAUGAGGGCUAUGCCCUGCCACACGCCAUUUU ...(((.((((.......(((((((...)).)))))....(((.......(((((...(((.(((((((.....)))))))))).)))))..(((((...)))))))))))))))..... ( -45.00) >DroGri_CAF1 90375 120 - 1 UCAGGCUGUGCUCUCCUUGUAUGCCUCCGGUCGUACUACUGGCAUUGUUUUGGAUUCUGGUGAUGGUGUUUCACACACCGUGCCCAUCUAUGAGGGUUAUGCCCUGCCACAUGCCAUUUU ...((((((.........(((((((...)).)))))....(((.......(((((...(((.(((((((.....)))))))))).)))))..((((.....)))))))))).)))..... ( -36.80) >DroWil_CAF1 125068 120 - 1 UCAGGCUGUGCUGUCCCUGUAUGCAUCGGGUCGUACCACUGGUAUCGUUCUGGAUUCUGGUGACGGUGUCUCUCACACUGUGCCCAUCUAUGAGGGUUACGCCCUGCCCCAUGCCAUUUU ...(((.((((.......))))(((..(((.((((.(((..(.(((......))).)..)))(((((((.....)))))))((((........)))))))))))))).....)))..... ( -37.50) >DroMoj_CAF1 85778 120 - 1 CCAAGCUGUAUUGUCCCUAUACGCCUCUGGUCGUACCACUGGCAUCGUCUUGGAUUCUGGUGACGGUGUCACCCACACUGUGCCCAUCUAUGAGGGUUAUGCACUGCCACAUGCCAUUCU ....(((((((...(((.....(((..(((.....)))..)))....((.(((((...(((.(((((((.....)))))))))).))))).)))))..)))))..))............. ( -33.80) >DroAna_CAF1 91531 120 - 1 CCAGGCUGUGCUGUCAUUGUACGCCUCUGGUCGUACUACCGGUAUCGUUUUGGAUUCUGGUGACGGCGUCUCCCACACCGUUCCCAUUUACGAGGGCUACGCCCUUCCACACGCCAUUCU ...(((((((..(((...(((((((...)).))))).(((((.(((......))).))))))))(((((..(((....(((........))).)))..)))))....)))).)))..... ( -41.20) >consensus CCAGGCUGUGCUGUCCCUGUACGCCUCCGGUCGUACCACUGGCAUCGUUUUGGAUUCUGGUGACGGUGUCUCCCACACCGUGCCCAUCUAUGAGGGCUACGCCCUGCCACACGCCAUUCU ...(((.(((........((((((.....).)))))....(((.......(((((...(((.(((((((.....)))))))))).)))))..(((((...)))))))).))))))..... (-30.30 = -30.00 + -0.30)
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