Locus 2126

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	7,954,391 – 7,954,536
Length	145
Max. P	0.999082

overview

Window 6

Location	7,954,391 – 7,954,496
Length	105
Sequences	5
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.71
Mean single sequence MFE	-29.82
Consensus MFE	-27.72
Energy contribution	-28.12
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	3.36
SVM RNA-class probability	0.999082
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7954391 105 - 20766785
UAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACCGACUGCCAUAUGGCGGUAUGUGAUCUAAUCUCAAUGAGCAAAAGGUCUAGUUAUUAAGGCAUGCGGCUCAGUUUGAUAUG
((((.((((((((..(((((((((..((((((....))))))..)))).........)))))(((....((((........)))).)))))))))))..)))).. ( -32.80)
>DroSec_CAF1 6127 105 - 1
UAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACCGACUGCCAUAUGGCGGUAUGUGAUCUAAUCUCAAUGAGCAAAAGGUCUAUUAAUUAAGGCACGCGGCUCAGUUUGAUAUG
((((.((((((((..(((((((((..((((((....))))))..)))).........)))))((.....((((........))))..))))))))))..)))).. ( -31.00)
>DroSim_CAF1 6112 105 - 1
UAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACCGACUGCCAUAUGGCGGUAUGUGAUCUAAUCUCAAUGAGCAAAAGGUCUAUUAAUUAAGGCACGCGGCUCAGUUUGAUAUG
((((.((((((((..(((((((((..((((((....))))))..)))).........)))))((.....((((........))))..))))))))))..)))).. ( -31.00)
>DroEre_CAF1 6206 105 - 1
UAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACCGAUUGCCAUAUGGCGGUAAGUGAUCUAAUCUCAAUGAGCAAACGGUCUGUUAAUUAAAAAAUGCGGUUCAGUUUGAUAUG
((((.((((((((..(((((((((..((((((....))))))..)))).........)))))(((.....................)))))))))))..)))).. ( -24.00)
>DroYak_CAF1 6212 105 - 1
UAUUCGCUGAGCUAAUCACUUCGCCGAUUGCCAUAUGGCGGUAUGUGAUCUAAUCUCAAUGAGCAAAAGGUCUGUUAAUUAAGAAAUGCGGCUCAGUGUGAUAUG
(((((((((((((.(((((.((((((.........))))))...))))).............(((.....(((........)))..)))))))))))).)))).. ( -30.30)
>consensus
UAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACCGACUGCCAUAUGGCGGUAUGUGAUCUAAUCUCAAUGAGCAAAAGGUCUAUUAAUUAAGGCAUGCGGCUCAGUUUGAUAUG
.....((((((((..(((((((((..((((((....))))))..)))).........)))))(((....((((........)))).)))))))))))........ (-27.72 = -28.12 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	7,954,431 – 7,954,536
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.15
Mean single sequence MFE	-28.43
Consensus MFE	-20.88
Energy contribution	-20.69
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.33
SVM RNA-class probability	0.943346
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7954431 105 - 20766785
GUGUGUGUGUGUGUGACUUUUCAUUCGCACGACGCUUAAUUAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACC--------GACUGCCAUAUGGCGGUAU-------GUGAUCUAAUCUCAAUGAGCA
((((.((((((.((((....)))).)))))))))).......((((.((((.........((((.--------.((((((....))))))..-------))))......)))).)))).. ( -32.26)
>DroSec_CAF1 6167 101 - 1
GUGUG----UGUGUGACUUUUCAUUCGCACGACGCUCAAUUAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACC--------GACUGCCAUAUGGCGGUAU-------GUGAUCUAAUCUCAAUGAGCA
(((((----((.((((....)))).))))).))(((((.........(((.....)))..((((.--------.((((((....))))))..-------))))...........))))). ( -31.60)
>DroSim_CAF1 6152 103 - 1
GUGUGU--GUGUGUGACUUUUCAUUCGCACCAAGCUCAAUUAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACC--------GACUGCCAUAUGGCGGUAU-------GUGAUCUAAUCUCAAUGAGCA
.((.((--(((.((((....)))).))))))).(((((.........(((.....)))..((((.--------.((((((....))))))..-------))))...........))))). ( -31.40)
>DroEre_CAF1 6246 95 - 1
--------GAGUGU--CUUUUCAUUCGCACGGCGCUCAAUUAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACC--------GAUUGCCAUAUGGCGGUAA-------GUGAUCUAAUCUCAAUGAGCA
--------(((((.--.....)))))((.....(((((.........)))))...(((((((((.--------.((((((....))))))..-------)))).........))))))). ( -25.90)
>DroYak_CAF1 6252 104 - 1
G-GUAGCUGAGUGUGACUUUUCAUUCGCACGGCGCUCAAUUAUUCGCUGAGCUAAUCACUUCGCC--------GAUUGCCAUAUGGCGGUAU-------GUGAUCUAAUCUCAAUGAGCA
.-...(((..((((((........)))))))))(((((.........((((...(((((.(((((--------(.........))))))...-------))))).....)))).))))). ( -28.20)
>DroAna_CAF1 5920 111 - 1
----CCAAGUGUGUGACUUUUAAUUAGCUUGAAAUUCAAU-----AUUGAAUUAAUCACAGUGCCCGCUGUCGCACUGCCAUAUGGCAGUCUAGUAUCUCCGAUCUAAUCUUAAAUAGUG
----.(((((..((........))..))))).((((((..-----..))))))....(((((....)))))(((((((((....)))))).(((.(((...))))))..........))) ( -21.20)
>consensus
G_GUG___GUGUGUGACUUUUCAUUCGCACGACGCUCAAUUAUUCGCUGAGCUAAUCAUUUCACC________GACUGCCAUAUGGCGGUAU_______GUGAUCUAAUCUCAAUGAGCA
..........((((((........))))))...(((((.........(((.....)))..((((..........((((((....)))))).........))))...........))))). (-20.88 = -20.69 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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