Locus 2062

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,741,826 – 7,741,958
Length 132
Max. P 0.897156
window3418 window3419 window3420

overview

Window 8

Location 7,741,826 – 7,741,935
Length 109
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.64
Mean single sequence MFE -42.70
Consensus MFE -28.07
Energy contribution -27.93
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.05
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.521343
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7741826 109 + 20766785
GUUGGCACUGGGCACGCGACACCCGGCGACUUUGGGUGUGGGGGCGUGGCAUUGUGGCCGACAUGCCCACACCCAUACCCGCACCGGCGGCACCCACUCCGUAUCCGUA----
...((...((((..(((........)))....((((((((((.(.(((((......))).)).).))))))))))...((((....))))..))))..)).........---- ( -42.90)
>DroSec_CAF1 31825 106 + 1
GUUGGCACUGGGCACGCGACACCCGGCGACUUUGGGUGUGGGGGCGUGGCAUUGUGGCCGACAUGCCCACACCCACACCCGCACAU---GCACCCACUCCGUAUCCGUA----
...((...((((..(((........))).....(((((((((.(.(.(((((.((.....)))))))).).)))))))))((....---)).))))..)).........---- ( -40.10)
>DroEre_CAF1 25269 106 + 1
GUUGGCACUGGGCACGCGACACCCGGCGACUUUGGGUGUGGGGGCGUGGCAUUGUGGCCGACAUGCCCACGCCCACGCCCGCACCC---CCAACCACACCGUAUCCGUA----
(((((...(((((...(.((((((((.....)))))))).)(((((((((((.((.....))))).))))))))..))))).....---)))))...............---- ( -46.30)
>DroYak_CAF1 25541 110 + 1
GUUGGCACUGGGCACGCGACACCCGGCGACUCUGGGUGUGGGGGCGUGGCAUUGUGGCCGACAUGCCCACGCCCACACCCACACCC---ACACCUCCACCGUAUCCGUAUCCG
.........((..(((.((....(((.(....((((((((((((((((((((.((.....))))).)))))))....)))))))))---)......).)))..)))))..)). ( -45.70)
>DroAna_CAF1 23734 82 + 1
AUUGGCACUGGGCGCGGGACACGCGACGCGUUUCAGUGUGUGGGCGUGGCAUUGUGGCCGACAUACCCGC-CCCAUAGC--------------------------CAUA----
..((((..((((.((((((.((((...)))).)).((((((.(((...........))).))))))))))-))))..))--------------------------))..---- ( -38.40)
>DroPer_CAF1 23912 94 + 1
GCUGGCAUUGGGAGCGUGAUACGCGACGCGUCUGUGUGUGGGGGCGUGGCAUGGUAGCAGCCAUGCCCAUGCCCAUUCCC---------------AUUCCCAUUCCGUA----
..(((...((((((..(.((((((((....)).)))))).)((((((((((((((....)))))).)))))))).)))))---------------)...))).......---- ( -42.80)
>consensus
GUUGGCACUGGGCACGCGACACCCGGCGACUUUGGGUGUGGGGGCGUGGCAUUGUGGCCGACAUGCCCACGCCCACACCCGCACC_____CACCCACUCCGUAUCCGUA____
...((...((((....(.((((((((.....)))))))).)(((((((((......))...)))))))...))))...))................................. (-28.07 = -27.93 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 7,741,826 – 7,741,935
Length 109
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.64
Mean single sequence MFE -48.19
Consensus MFE -24.56
Energy contribution -25.37
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 1.00
SVM RNA-class probability 0.897156
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7741826 109 - 20766785
----UACGGAUACGGAGUGGGUGCCGCCGGUGCGGGUAUGGGUGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCCCACACCCAAAGUCGCCGGGUGUCGCGUGCCCAGUGCCAAC
----...((.(((((.(((.(((.((((.(.((((.(.((((((((((..(((.(((......))))))..)))))))))).).))))).)))).))).))))).)))))... ( -55.70)
>DroSec_CAF1 31825 106 - 1
----UACGGAUACGGAGUGGGUGC---AUGUGCGGGUGUGGGUGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCCCACACCCAAAGUCGCCGGGUGUCGCGUGCCCAGUGCCAAC
----...((.(((((.(((.((((---((.(((((.(.((((((((((..(((.(((......))))))..)))))))))).).))).)).))).))).))))).)))))... ( -49.10)
>DroEre_CAF1 25269 106 - 1
----UACGGAUACGGUGUGGUUGG---GGGUGCGGGCGUGGGCGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCCCACACCCAAAGUCGCCGGGUGUCGCGUGCCCAGUGCCAAC
----...((.(((((((...((((---(.(((.((((((((.(((.(((......)))...))))))))))).))).)))))...))))((((.......)))).)))))... ( -55.60)
>DroYak_CAF1 25541 110 - 1
CGGAUACGGAUACGGUGGAGGUGU---GGGUGUGGGUGUGGGCGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCCCACACCCAGAGUCGCCGGGUGUCGCGUGCCCAGUGCCAAC
.((.((((((((((((((...(.(---(((((((((.((((((((.(((......)))...))))).))).)))))))))).).)))))..))))).)))).))......... ( -57.40)
>DroAna_CAF1 23734 82 - 1
----UAUG--------------------------GCUAUGGG-GCGGGUAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCACACACUGAAACGCGUCGCGUGUCCCGCGCCCAGUGCCAAU
----..((--------------------------((..((((-((((((((((.(((......)))((((..............)))).))))).))))).))))..)))).. ( -34.54)
>DroPer_CAF1 23912 94 - 1
----UACGGAAUGGGAAU---------------GGGAAUGGGCAUGGGCAUGGCUGCUACCAUGCCACGCCCCCACACACAGACGCGUCGCGUAUCACGCUCCCAAUGCCAGC
----.......(((.(.(---------------((((..((((...(((((((......)))))))..))))............((((........))))))))).).))).. ( -36.80)
>consensus
____UACGGAUACGGAGUGGGUG_____GGUGCGGGUAUGGGCGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCCCACACCCAAAGUCGCCGGGUGUCGCGUGCCCAGUGCCAAC
.................................((((..((((((((.(((..........)))))))))))..((((((.........)))))).....))))......... (-24.56 = -25.37 +   0.81)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 7,741,866 – 7,741,958
Length 92
Sequences 6
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -39.00
Consensus MFE -25.74
Energy contribution -27.30
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.801985
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7741866 92 - 20766785
ACUCGCUGACGACCAGUCCCACA------UACGGAUACGGAGUGGGUGCCGCCGGUGCGGGUAUGGGUGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCC
((((((...((.(....(((((.------..((....))..)))))....).))..))))))..((((((((.(((((.....)).))))))))))). ( -37.30)
>DroSec_CAF1 31865 89 - 1
ACUCGCUGUCUCCAAGUCCCACA------UACGGAUACGGAGUGGGUGC---AUGUGCGGGUGUGGGUGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCC
...((((..((((..((((....------...))))..))))..)))).---......((((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))). ( -37.10)
>DroSim_CAF1 43397 89 - 1
ACUCGCUGACUCCCAGUCCCACA------UACGGAUACGGAGUGGGUGC---CGGUGCUGGUGUGGGUGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGUCCA
....((((((.((((..((((((------(.(((...(((........)---))...))))))))))..))))...))))))................ ( -35.10)
>DroEre_CAF1 25309 89 - 1
ACUCACUGACGCCCAGUCCCACA------UACGGAUACGGUGUGGUUGG---GGGUGCGGGCGUGGGCGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCC
.......(.(((((....(((((------(.((....))))))))....---))))))((((((((.(((.(((......)))...))))))))))). ( -43.60)
>DroYak_CAF1 25581 95 - 1
ACUCGCUGACGCCCAGUCCCACUUACGGAUACGGAUACGGUGGAGGUGU---GGGUGUGGGUGUGGGCGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCC
...((((.(((((((((((((((..((....)).....))))).))).)---)))))).)))).((((((((.(((((.....)).))))))))))). ( -42.60)
>DroPer_CAF1 23952 77 - 1
AUUCCCAGACCCCAAGUCCCAGC------UACGGAAUGGGAAU---------------GGGAAUGGGCAUGGGCAUGGCUGCUACCAUGCCACGCCCC
(((((((...((((..(((....------...))).))))..)---------------))))))((((...(((((((......)))))))..)))). ( -38.30)
>consensus
ACUCGCUGACGCCCAGUCCCACA______UACGGAUACGGAGUGGGUGC___CGGUGCGGGUGUGGGCGUGGGCAUGUCGGCCACAAUGCCACGCCCC
...((((.(((((..((((.............))))..))))).))))..........((((((((.(((.(((......)))...))))))))))). (-25.74 = -27.30 +   1.56)

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