Locus 2041

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	7,686,243 – 7,686,385
Length	142
Max. P	0.983187

overview

Window 0

Location	7,686,243 – 7,686,359
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.33
Mean single sequence MFE	-29.30
Consensus MFE	-22.20
Energy contribution	-22.20
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.94
SVM RNA-class probability	0.983187
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7686243 116 + 20766785
UCGUUUGGUUAGUCUCA--UUGCCUCACAGCGCAUCGUCGAAUAUUAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUGAUAUUAAAUAGUUU--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
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>DroVir_CAF1 6292 100 + 1
A--UUCGGUUAGUU--------------UGGGCAACGUCGAAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUAUUA--CAUUUGUUA--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
(--(((((...(((--------------.....))).)))))).......(((((((((...((((((((((.....--...))))))--.)))).((((....)))))))))))))... ( -29.00)
>DroGri_CAF1 6948 93 + 1
U---------UGUU--------------CGGGCAACGUCGAAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUAUUA--AAAUUUAUA--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
.---------((((--------------(((....)..))))))......(((((((((..........((((((..--......)))--)))...((((....)))))))))))))... ( -27.90)
>DroWil_CAF1 1774 109 + 1
-GGUGGGGUUAGUUUUACUUUGGGUC--------ACGUCGAAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUUUUA--AAAUCGUUUAACUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
-(..(((.((((.......)))).))--------.)..)...........(((((((((...(((.(((((((((((--((....)))))...))))))))..)))..)))))))))... ( -27.50)
>DroMoj_CAF1 426 100 + 1
U--CGGGGUUAGUU--------------UGGGCAACGUCGAAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUUUUA--CAAUCUUUA--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
(--(((.(((.((.--------------...))))).)))).........(((((((((...(((.(((((((((..--.........--..)))))))))..)))..)))))))))... ( -31.22)
>DroAna_CAF1 7606 103 + 1
UGGGU--GUUAGUG------A---UCGGAGCGAAGCGUCGAAUAUUAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUGUUAUA----GGUAU--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
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>consensus
U__UU_GGUUAGUU______________AGGGCAACGUCGAAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUAUUA__AAAUCGUUA__CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUU
..................................................(((((((((...(((.(((((((.....................)))))))..)))..)))))))))... (-22.20 = -22.20 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	7,686,243 – 7,686,359
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.33
Mean single sequence MFE	-31.31
Consensus MFE	-28.60
Energy contribution	-28.60
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.83
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.42
SVM RNA-class probability	0.951907
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7686243 116 - 20766785
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--AAACUAUUUAAUAUCACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGACGAUGCGCUGUGAGGCAA--UGAGACUAACCAAACGA
.(((((((((((..(((((.((((((....--...............)))))))))))...)))))))))))...........((.(((........))).--))............... ( -31.51)
>DroVir_CAF1 6292 100 - 1
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--UAACAAAUG--UAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUUCGACGUUGCCCA--------------AACUAACCGAA--U
.(((((((((((..(((((.((((((...(--(.((....)--).)))))))))))))...))))))))))).....(((((..(((.....--------------)))....))))--) ( -32.10)
>DroGri_CAF1 6948 93 - 1
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--UAUAAAUUU--UAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUUCGACGUUGCCCG--------------AACA---------A
.(((((((((((..(((((.((((((....--((.......--))..)))))))))))...)))))))))))......((((........))--------------))..---------. ( -30.90)
>DroWil_CAF1 1774 109 - 1
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAGUUAAACGAUUU--UAAAACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUUCGACGU--------GACCCAAAGUAAAACUAACCCCACC-
.(((((((((((..(((((.((((((....(((((....))--))).)))))))))))...)))))))))))..............--------.........................- ( -30.80)
>DroMoj_CAF1 426 100 - 1
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--UAAAGAUUG--UAAAACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUUCGACGUUGCCCA--------------AACUAACCCCG--A
.(((((((((((..(((((.((((((.(((--(....))))--....)))))))))))...))))))))))).......(((..((((....--------------...))))..))--) ( -31.90)
>DroAna_CAF1 7606 103 - 1
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--AUACC----UAUAACACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGACGCUUCGCUCCGA---U------CACUAAC--ACCCA
.(((((((((((..(((((.((((((....--.....----......)))))))))))...))))))))))).......(((..((...))..)))---.------.......--..... ( -30.66)
>consensus
AAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG__AAACAAUUU__UAAAACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUUCGACGUUGCCCA______________AACUAACC_AA__A
.(((((((((((..(((((.((((((.....................)))))))))))...)))))))))))................................................ (-28.60 = -28.60 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	7,686,281 – 7,686,385
Length	104
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.57
Mean single sequence MFE	-25.02
Consensus MFE	-22.20
Energy contribution	-22.20
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.84
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.71
SVM RNA-class probability	0.973136
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7686281 104 + 20766785
AAUAUUAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUGAUAUUAAAUAGUUU--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACUUAUUCGC-AUUU------------GG-AUUCGAUUU
..........(((((((((...(((.(((((((((.(((....))).)--)...)))))))..)))..))))))))).....(..(((((.-...)------------))-))..).... ( -23.30)
>DroVir_CAF1 6316 102 + 1
AAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUAUUA--CAUUUGUUA--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACUUAUUCGC-UUUU------------GG-GUACGAUUU
...(((....(((((((((...((((((((((.....--...))))))--.)))).((((....)))))))))))))....(((((.....-...)------------))-))..))).. ( -27.70)
>DroGri_CAF1 6965 113 + 1
AAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUAUUA--AAAUUUAUA--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACUUAUUCGC-UUUUCAUAAUUUCUCUCG-UUCUGAUU-
...((((......(((((.((((..((((((((((..--......)))--)))(((((((....))))).))...................-...)))))))).))))).-...)))).- ( -23.10)
>DroWil_CAF1 1805 100 + 1
AAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUUUUA--AAAUCGUUUAACUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACUUAUUCGC-UUUU------------UCUUAU-A----
..........(((((((((...(((.(((((((((((--((....)))))...))))))))..)))..)))))))))..............-....------------......-.---- ( -24.70)
>DroMoj_CAF1 450 103 + 1
AAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUUUUA--CAAUCUUUA--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACUUAUUCGCAUUUU------------CG-CUACGAUUU
...(((....(((((((((...(((.(((((((((..--.........--..)))))))))..)))..)))))))))............((.....------------.)-)...))).. ( -26.42)
>DroAna_CAF1 7635 94 + 1
AAUAUUAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUGUUAUA----GGUAU--CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACGUAUUCGC-AUUC------------GA-GAU------
..........(((((((((...(((.(((((((....((----(....--))).)))))))..)))..))))))))).........((((.-...)------------))-)..------ ( -24.90)
>consensus
AAUAUCAUACAAAGAGAGCAAUUCCAUGACAGUAUUA__AAAUCGUUA__CUGGACUGUCGACGGACAGCUCUCUUUAUUCACUUAUUCGC_UUUU____________GG_GUUCGAUU_
..........(((((((((...(((.(((((((.....................)))))))..)))..)))))))))........................................... (-22.20 = -22.20 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	7,686,281 – 7,686,385
Length	104
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.57
Mean single sequence MFE	-31.66
Consensus MFE	-28.60
Energy contribution	-28.60
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.43
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.970982
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7686281 104 - 20766785
AAAUCGAAU-CC------------AAAU-GCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--AAACUAUUUAAUAUCACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUU
...(((...-..------------....-.)))........(((((((((((..(((((.((((((....--...............)))))))))))...)))))))))))........ ( -28.91)
>DroVir_CAF1 6316 102 - 1
AAAUCGUAC-CC------------AAAA-GCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--UAACAAAUG--UAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUU
..(((((((-..------------....-((......))....(((((((((..(((((.((((((...(--(.((....)--).)))))))))))))...))))))))))))))))... ( -33.50)
>DroGri_CAF1 6965 113 - 1
-AAUCAGAA-CGAGAGAAAUUAUGAAAA-GCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--UAUAAAUUU--UAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUU
-.((((...-(....)............-............(((((((((((..(((((.((((((....--((.......--))..)))))))))))...))))))))))).))))... ( -31.30)
>DroWil_CAF1 1805 100 - 1
----U-AUAAGA------------AAAA-GCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAGUUAAACGAUUU--UAAAACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUU
----.-......------------....-............(((((((((((..(((((.((((((....(((((....))--))).)))))))))))...)))))))))))........ ( -30.80)
>DroMoj_CAF1 450 103 - 1
AAAUCGUAG-CG------------AAAAUGCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--UAAAGAUUG--UAAAACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUU
...(((((.-..------------....)))))........(((((((((((..(((((.((((((.(((--(....))))--....)))))))))))...)))))))))))........ ( -35.00)
>DroAna_CAF1 7635 94 - 1
------AUC-UC------------GAAU-GCGAAUACGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG--AUACC----UAUAACACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUU
------.((-.(------------(.((-....)).)).))(((((((((((..(((((.((((((....--.....----......)))))))))))...)))))))))))........ ( -30.46)
>consensus
_AAUCGAAA_CC____________AAAA_GCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAG__AAACAAUUU__UAAAACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUGAUAUU
.........................................(((((((((((..(((((.((((((.....................)))))))))))...)))))))))))........ (-28.60 = -28.60 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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