Locus 204

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 1,483,732 – 1,483,852
Length 120
Max. P 0.935966
window467

overview

Window 7

Location 1,483,732 – 1,483,852
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.78
Mean single sequence MFE -47.98
Consensus MFE -26.53
Energy contribution -27.65
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.25
SVM RNA-class probability 0.935966
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1483732 120 - 20766785
AAGAUGAUGGUCCUCGGCGCAGUAUUUGGCUGCGCCGAUCUAAUGGCCAUUAUGGCUUCGUACUCUAGCACCUUCUCAGAGGUGUUUAGUCUUGAUAUAGGUCAACGUCGCCUGGCAAAU
...(((((((((.((((((((((.....))))))))))......)))))))))(((..((((((..((((((((....)))))))).)))..((((....)))))))..)))........ ( -47.50)
>DroVir_CAF1 25266 120 - 1
AAGAUGUUGGUGCUGGGCGCGGUGUUUGGUUGCGCUGAUCUGGUGGCCAGCAUGGCCUCCUAUUCAAGCACCUUCUCGGAGGUGUUCGCCUUGGACAUUGGACAGCGCCGUUUGGCCAAU
........(((((((..(.(((((((..(..(((.(((...((.((((.....)))).))...)))((((((((....))))))))))).)..)))))))).)))))))........... ( -49.60)
>DroGri_CAF1 43249 120 - 1
AAGAUGAUGGUGCUGGGCGCAGUAUUUGGAUGCGCUGAUCUCGUCGCUGGAAUGGCCUCCUAUUCGAGUACCUUUUCGGAGGUGUUUGCUUUGGACAUUGGCCAGCGACGUUUGGCCAAC
.......((((....((((((.........)))))).....(((((((((.(((...(((....((((((((((....))))))))))....))))))...)))))))))....)))).. ( -42.40)
>DroWil_CAF1 66470 120 - 1
AAAAUGCUGGUAUUGGGCACAGUUUUCGGAUGUGCCGAUUUGGCCGCCAGCAUGGCCUCAUAUUCCAGCACCUUUUCCGAGGUAUUCGCCUUGGAAAUUGGCCAACGUCGUUUGGCCAAU
....((((((...((((((((.........)))))).....(((((......))))).))....))))))...((((((((((....))))))))))((((((((......)))))))). ( -51.30)
>DroMoj_CAF1 22778 120 - 1
AAGAUGCUGGUGCUGGGCGCCGUCUUUGGCUGCGCCGAUCUGGUGGCCAGCAUGGCCUCCUAUUCUAGCACCUUCUCGGAGGUGUUUGCUCUGGACAUUGGUCAGCGUCGUUUGGCCGCA
..((((((.(((((((.(((((...(((((...)))))..))))).)))))))(((((((......((((((((....))))))))......)))....))))))))))........... ( -53.70)
>DroAna_CAF1 57249 120 - 1
AAGAUGAUGGUUCUGGGAGCCGUGUUUGGAUGCGCCGACCUUGUUGCGAGCAUGGCUUCCUAUUCAAGCACGUUCUCGGAAGUUUUUGCUUUAGACAUCGGUCAGCGGCGCCUGGCCAAC
.....((((.((((((((((.(((((((((((.((((..((((...))))..))))....)))))))))))))))))))))((....))......))))((((((......))))))... ( -43.40)
>consensus
AAGAUGAUGGUGCUGGGCGCAGUAUUUGGAUGCGCCGAUCUGGUGGCCAGCAUGGCCUCCUAUUCAAGCACCUUCUCGGAGGUGUUUGCUUUGGACAUUGGUCAGCGUCGUUUGGCCAAU
...((((((((..(.((((((.........)))))).).......))))))))....(((......((((((((....))))))))......)))..((((((((......)))))))). (-26.53 = -27.65 +   1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:32:23 2006