Locus 2039

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,683,855 – 7,684,099
Length 244
Max. P 0.885031
window3371 window3372 window3373 window3374 window3375

overview

Window 1

Location 7,683,855 – 7,683,966
Length 111
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.80
Mean single sequence MFE -29.79
Consensus MFE -21.32
Energy contribution -21.32
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.72
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.520966
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7683855 111 + 20766785
AUUUUAGCAUAAUAAGUACUUAAAUGGUUAGUUAUUAUUACUCACCCGUCAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGA
......((((.....((.(((....(((.(((.......))).)))....))).)).))))...............((((((((((.(...(....)..).)))))))))) ( -26.60)
>DroGri_CAF1 5186 101 + 1
AAAGGAA----AUU-GCAAUUUGAUGGUUCG-----GUUAUUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGA
..(((..----(((-((..((((((((....-----.........)))))))).)))))..)))............((((((((((.(...(....)..).)))))))))) ( -30.32)
>DroSec_CAF1 2827 110 + 1
AUUUUAGCAUAAUA-GUACUUGGAUGAUUAGUUACUAUUACUCACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGA
.(((((((((....-))....((.(((.((((....)))).))).)))))))))((((((...)))))).......((((((((((.(...(....)..).)))))))))) ( -28.00)
>DroEre_CAF1 5329 107 + 1
GUUUUAGGAUAAUA-GCCUUUACAUGGAUCAU---UUUUACUCACCCGCUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGA
((...(((......-.)))..))(((((((((---.......((..(((.....))).)).......)))))))))((((((((((.(...(....)..).)))))))))) ( -29.94)
>DroYak_CAF1 5305 107 + 1
GUCUUAGAAUGAUA-GUCUUUUCAUGGAUAGU---UCGUACUCACCCGCUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACCGGGACAUCAGGACCACCACAGA
.((((((.((((..-......))))((..(((---....)))...)).))))))((((((...)))))).......((((((((((.((..(....).)).)))))))))) ( -32.90)
>DroAna_CAF1 5650 106 + 1
AGUUAAUCAGAAUA-GAAACAAG-UUGAUAAA---AUCAACUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGA
........((((((-((...(((-(((((...---))))))))...........((((((...))))))..))))))))(((((((.(...(....)..).)))))))... ( -31.00)
>consensus
AUUUUAGCAUAAUA_GUAAUUAGAUGGAUAGU___UAUUACUCACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGA
...................................................(((((((((...))))))..)))..((((((((((.(...(....)..).)))))))))) (-21.32 = -21.32 +  -0.00)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 7,683,855 – 7,683,966
Length 111
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.80
Mean single sequence MFE -31.81
Consensus MFE -24.22
Energy contribution -24.22
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.885031
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7683855 111 - 20766785
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUGACGGGUGAGUAAUAAUAACUAACCAUUUAAGUACUUAUUAUGCUAAAAU
((((((((((.(..(......).).))))))))))..............(((.((((((.....))))))(((((((..(((.........)))..))))))))))..... ( -29.80)
>DroGri_CAF1 5186 101 - 1
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUAACGGGUAAAUAAC-----CGAACCAUCAAAUUGC-AAU----UUCCUUU
....(((((((...((((.(((((((..................)))))))))))........(((........)-----)).)))))))......-...----....... ( -26.67)
>DroSec_CAF1 2827 110 - 1
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUAACGGGUGAGUAAUAGUAACUAAUCAUCCAAGUAC-UAUUAUGCUAAAAU
((((((((((.(..(......).).))))))))))..............(((.((((((.....))))))(((((((((.((.........)))))-)))))))))..... ( -33.80)
>DroEre_CAF1 5329 107 - 1
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUAGCGGGUGAGUAAAA---AUGAUCCAUGUAAAGGC-UAUUAUCCUAAAAC
((((((((((.(..(......).).))))))))))((((((((.......((.((((((.....))))))))....---.)))))..)))..(((.-......)))..... ( -30.10)
>DroYak_CAF1 5305 107 - 1
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCGGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUAGCGGGUGAGUACGA---ACUAUCCAUGAAAAGAC-UAUCAUUCUAAGAC
((((((((((.((.(.....).)).)))))))))).....(((.(((((..(.((((((.....))))))....).---.)))))..)))......-.............. ( -35.30)
>DroAna_CAF1 5650 106 - 1
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUAACGGGUAAGUUGAU---UUUAUCAA-CUUGUUUC-UAUUCUGAUUAACU
((((((((((.(..(......).).))))))))))...(((((.((((((((...((((.....))))((((((((---...)))))-)))).)))-)))).))))).... ( -35.20)
>consensus
UCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGAUCACGAUAGGGCAUCGCUCUUAACGGGUGAGUAAAA___ACUAACCAUCUAAAUAC_UAUUAUGCUAAAAU
((((((((((.(...........).))))))))))....(((.((..(((((...)))))...)))))........................................... (-24.22 = -24.22 +  -0.00)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 7,683,886 – 7,684,006
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.24
Mean single sequence MFE -41.50
Consensus MFE -36.96
Energy contribution -36.98
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.777026
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7683886 120 + 20766785
UUAUUAUUACUCACCCGUCAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAGGACUCCGAGGACA
.........(((...((((......)))).((((((((.((((..((((((((((.(...(....)..).))))))))))(((.....))).....)))))))))))).....))).... ( -42.20)
>DroVir_CAF1 4532 115 + 1
-----UUUAUUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAGGACUCAGUCGACA
-----..................(((((..((((((((.((((..((((((((((.(...(....)..).))))))))))(((.....))).....)))))))))))).....)))).). ( -39.50)
>DroGri_CAF1 5212 115 + 1
-----GUUAUUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAAGAUUCAGUCGACA
-----....((((((((((....((((((...))))))..(((..((((((((((.(...(....)..).))))))))))(((.....))).)))..)))).))))))............ ( -35.00)
>DroWil_CAF1 56 120 + 1
UUAUACUAACUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAGGAUUCAUUCGACA
......((((......)))).(((.((...((((((((.((((..((((((((((.(...(....)..).))))))))))(((.....))).....))))))))))))..)).))).... ( -39.80)
>DroYak_CAF1 5335 117 + 1
U---UCGUACUCACCCGCUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACCGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAGGACUCCGAGGACA
.---..((.(((...(((.....)))....((((((((.((((..((((((((((.((..(....).)).))))))))))(((.....))).....)))))))))))).....))).)). ( -47.80)
>DroAna_CAF1 5679 117 + 1
A---AUCAACUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAGGAGUCAGUUGACA
.---.((((((.((.(((.....)))....((((((((.((((..((((((((((.(...(....)..).))))))))))(((.....))).....)))))))))))).)).)))))).. ( -44.70)
>consensus
U____CUUACUUACCCGUUAAGAGCGAUGCCCUAUCGUGAUCUGUUCUGUGGUGGACAGGGACAUCAGGACCACCACAGAGGCCCUACGCCGAGAGAGAUGCGGUAGGACUCAGUCGACA
...............(((.....)))....((((((((.((((..((((((((((.(...(....)..).))))))))))(((.....))).....))))))))))))............ (-36.96 = -36.98 +   0.03)

alignment

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secondary structure

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Window 4

Location 7,683,926 – 7,684,046
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.00
Mean single sequence MFE -36.74
Consensus MFE -32.86
Energy contribution -33.03
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.773034
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7683926 120 - 20766785
AAGCUCCGCACCAUCUCGACUUCGUCUUGCGCCACGACCAUGUCCUCGGAGUCCUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGA
.......................((((((((((.(((........)))(((...............))))))))))))).((((((((((.(..(......).).))))))))))..... ( -37.46)
>DroVir_CAF1 4567 120 - 1
AAGCUCCGUACCAUCUCGACUUCGUCUUGCGCCACGAACAUGUCGACUGAGUCCUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGA
...............((((((((((........)))))...)))))(((.(((((((.((..........))))))))).((((((((((.(..(......).).)))))))))).))). ( -39.50)
>DroGri_CAF1 5247 120 - 1
AAGCUUCGCACCAUCUCGACUUCGUCUUGCGCCACGAACAUGUCGACUGAAUCUUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGA
.......................((((((((((..((..(((.((............)))))...))..)))))))))).((((((((((.(..(......).).))))))))))..... ( -35.10)
>DroWil_CAF1 96 120 - 1
AAGUUCCGCACCAUCUCGACUUCGUCUUGCGCCACGAACAUGUCGAAUGAAUCCUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGA
.......((..(((.((((((((((........)))))...))))))))...(((((.((..........))))))))).((((((((((.(..(......).).))))))))))..... ( -36.30)
>DroYak_CAF1 5372 120 - 1
AAACUCCGCACCAUCUCGACUUCGUCUUGCGCCACGACCAUGUCCUCGGAGUCCUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCGGUCCACCACAGAACAGA
.......................((((((((((.(((........)))(((...............))))))))))))).((((((((((.((.(.....).)).))))))))))..... ( -41.46)
>DroAna_CAF1 5716 120 - 1
AAACUCCGCACCAUCUCGACUUCUUCUUGCGCCACGACCAUGUCAACUGACUCCUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGA
........................(((((((((..(((...)))....(........)...........)))))))))..((((((((((.(..(......).).))))))))))..... ( -30.60)
>consensus
AAGCUCCGCACCAUCUCGACUUCGUCUUGCGCCACGAACAUGUCGACUGAGUCCUACCGCAUCUCUCUCGGCGUAGGGCCUCUGUGGUGGUCCUGAUGUCCCUGUCCACCACAGAACAGA
.......................((((((((((..((..((((...............))))...))..)))))))))).((((((((((.(...........).))))))))))..... (-32.86 = -33.03 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 7,684,006 – 7,684,099
Length 93
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.85
Mean single sequence MFE -29.62
Consensus MFE -19.93
Energy contribution -20.27
Covariance contribution 0.34
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.21
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.521597
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7684006 93 + 20766785
UGGUCGUGGCGCAAGACGAAGUCGAGAUGGUGCGGAGCUUGCCGUC---------------------------GGCAAUUCCGCUGUCAUUAAAUUCUCUUCUAACGAAGCCACUACUAA
((((.(((((....((.(((.....((((..((((((.(((((...---------------------------)))))))))))...))))...)))))(((....)))))))).)))). ( -32.70)
>DroVir_CAF1 4647 102 + 1
UGUUCGUGGCGCAAGACGAAGUCGAGAUGGUACGGAGCUUGCCAUCGG------------------CACAUCCUGCAACUCCGCUAUCAUUAAAAUCUCUUCUAACGAAGUUACUACUAA
..(((((..(....)))))).....((((((((((((.((((....((------------------.....)).))))))))).))))))).......((((....)))).......... ( -26.10)
>DroGri_CAF1 5327 102 + 1
UGUUCGUGGCGCAAGACGAAGUCGAGAUGGUGCGAAGCUUGCUAUCGG------------------AACAUCCAGCUACUCCGCUAUCAUUAUAGUCUCUUCUAACGAAGGUACUACUAA
..(((((..(....)))))).....(((((((((.((...(((...((------------------.....)))))..)).))).)))))).((((..((((....))))..)))).... ( -26.70)
>DroSec_CAF1 2977 93 + 1
UGGUCGUGGCGCAAGACGAAGUCGAGAUGGUGCGGAGCUUACCGUC---------------------------GGCAAUUCCGCUGUCAUUAAAUUCUCUUCUAACGAAGCCACUACUAA
((((.(((((....(((........(((((((.......)))))))---------------------------(((......))))))...........(((....)))))))).)))). ( -27.90)
>DroWil_CAF1 176 120 + 1
UGUUCGUGGCGCAAGACGAAGUCGAGAUGGUGCGGAACUUGCCAUCGGAGGCCUUAGCUGCAGCAGCACAGGCGGCAAUUCCGCUAUCAUUAAAAUCUCUUCUAACGAUACUACUACUUA
.((((((..(....)..((((..((((((((((((((.(((((.......((((..((((...))))..))))))))))))))).))))))....)).))))..)))).))......... ( -35.91)
>DroAna_CAF1 5796 93 + 1
UGGUCGUGGCGCAAGAAGAAGUCGAGAUGGUGCGGAGUUUGCCAUC---------------------------GGCAAUACCGCUGUCAUUAAACUCUCUUCUAACGAUACUACUACUAA
((((.((((((..(((((((((...((((..((((...(((((...---------------------------)))))..))))...))))..))).))))))..))...)))).)))). ( -28.40)
>consensus
UGGUCGUGGCGCAAGACGAAGUCGAGAUGGUGCGGAGCUUGCCAUC___________________________GGCAAUUCCGCUAUCAUUAAAAUCUCUUCUAACGAAGCUACUACUAA
.....(((((.......((((..((((((((((((((.(((((..............................))))))))))).))))))....)).)))).......)))))...... (-19.93 = -20.27 +   0.34)

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