Locus 2034

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	7,678,444 – 7,678,604
Length	160
Max. P	0.940731

overview

Window 4

Location	7,678,444 – 7,678,564
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.50
Mean single sequence MFE	-58.78
Consensus MFE	-41.66
Energy contribution	-40.26
Covariance contribution	-1.40
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.828627
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7678444 120 + 20766785
CGGAGCCCCCGGUGGCGGAAUCUGCUGAAUUUGGUUGGCCAUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGAGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGGGCUGCCCA
....((((((((..(((((....((..(......)..))..)))))..))))).).)).(((.((....)).))).(((((((((((...((((.....))))....))..))))))))) ( -58.50)
>DroPse_CAF1 7056 120 + 1
GGGUGCUCCUGGUGGUGGUAUUUGUUGUAUCUGGUUGGCCAUCUGCUGCUGCGCAUGCAAUUGUGCCUGCUGUGCGUGUGCAGCCGCGUAUGCCUGCUGGGCCAUCAAUUGAGCGGCCCA
((((((((.(((((((.((((.....))))(..((.(((.((.(((.((((((((((((...((....))..)))))))))))).))).))))).))..))))))))...)))).)))). ( -58.60)
>DroSec_CAF1 8160 120 + 1
CGGAGCACCCGGUGGCGGAAUCUGCUGGAUCUGGUUGGCCAUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGAGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGGGCUGCCCA
....((((((((..(((((....((..(......)..))..)))))..)))))..))).(((.((....)).))).(((((((((((...((((.....))))....))..))))))))) ( -58.30)
>DroSim_CAF1 7846 120 + 1
CGGAGCACCCGGUGGCGGAAUCUGCUGGAUCUGGUUGGCCAUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGGGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGUGCUGCCCA
.((.((((((((..(((((....((..(......)..))..)))))..))))).(..(((((((((((((.((((.((.((....)).)).)))))).))))..)))))))..)))))). ( -59.90)
>DroPer_CAF1 7057 120 + 1
GGGUGCUCCUGGUGGUGGUAUUUGUUGUAUCUGGUUGGCCAUCUGCUGCUGCGCAUGCAAUUGUGCCUGCUGUGCGUGUGCAGCCGCGUAUGCCUGCUGGGCCAUCAAUUGAGCGGCCCA
((((((((.(((((((.((((.....))))(..((.(((.((.(((.((((((((((((...((....))..)))))))))))).))).))))).))..))))))))...)))).)))). ( -58.60)
>consensus
CGGAGCACCCGGUGGCGGAAUCUGCUGGAUCUGGUUGGCCAUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGAGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGAGCUGCCCA
.(((((((..((((((((......))....(..((.((((...(((.((((..(((((...............)))))..)))).)))..)))).))..)))))))....))))).)).. (-41.66 = -40.26 +  -1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	7,678,484 – 7,678,604
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.67
Mean single sequence MFE	-54.52
Consensus MFE	-40.88
Energy contribution	-41.00
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.31
SVM RNA-class probability	0.940731
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7678484 120 + 20766785
AUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGAGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGGGCUGCCCACGCAUUUUGUGGUAUCAUGUACGGCGGAAUGGACAUCGUU
......((((.((((.((......)).)))).))))(((((((((((...((((.....))))....))..)))))))))..((((((((.((((...)))).))))))))......... ( -53.00)
>DroPse_CAF1 7096 120 + 1
AUCUGCUGCUGCGCAUGCAAUUGUGCCUGCUGUGCGUGUGCAGCCGCGUAUGCCUGCUGGGCCAUCAAUUGAGCGGCCCAUGCAUUUUGUGGUAUCAUGUACGGCGGAAUGGACAUCUUU
.((((((((((((((((((...((....))..)))))))))))).((((((((((((((((((.((....))..)))))).)))......))))).))))..))))))............ ( -53.10)
>DroSec_CAF1 8200 120 + 1
AUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGAGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGGGCUGCCCACGCAUUCUGCGGUAUCAUGUACGGCGGAAUGGACAUCGUU
......((((.((((.((......)).)))).))))(((((((((((...((((.....))))....))..)))))))))..((((((((.((((...)))).))))))))......... ( -57.00)
>DroSim_CAF1 7886 120 + 1
AUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGGGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGUGCUGCCCACGCAUUCUGCGGUAUCAUGUACGGCGGAAUGGACAUCGUU
.(((...((((((((..(((((((((((((.((((.((.((....)).)).)))))).))))..)))))))..).))))).))(((((((.((((...)))).))))))))))....... ( -56.40)
>DroPer_CAF1 7097 120 + 1
AUCUGCUGCUGCGCAUGCAAUUGUGCCUGCUGUGCGUGUGCAGCCGCGUAUGCCUGCUGGGCCAUCAAUUGAGCGGCCCAUGCAUUUUGUGGUAUCAUGUACGGCGGAAUGGACAUCUUU
.((((((((((((((((((...((....))..)))))))))))).((((((((((((((((((.((....))..)))))).)))......))))).))))..))))))............ ( -53.10)
>consensus
AUCUGCUGCUGGGCGUGCAGUUGAGCCUGCUGAGCAUGGGCAGCCGCGUAGGCCUGCUGGGCCAUCAGCUGAGCUGCCCACGCAUUUUGUGGUAUCAUGUACGGCGGAAUGGACAUCGUU
..((((((((.((((.((......)).)))).))))...))))((((((.(((..(((.(((.....))).))).))).))))(((((((.((((...)))).)))))))))........ (-40.88 = -41.00 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	7,678,484 – 7,678,604
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.67
Mean single sequence MFE	-43.52
Consensus MFE	-31.56
Energy contribution	-33.12
Covariance contribution	1.56
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.581261
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7678484 120 - 20766785
AACGAUGUCCAUUCCGCCGUACAUGAUACCACAAAAUGCGUGGGCAGCCCAGCUGAUGGCCCAGCAGGCCUACGCGGCUGCCCAUGCUCAGCAGGCUCAACUGCACGCCCAGCAGCAGAU
............((.((.((.................((((((((((((..((....((((.....))))...))))))))))))))...((((......)))).......)).)).)). ( -44.60)
>DroPse_CAF1 7096 120 - 1
AAAGAUGUCCAUUCCGCCGUACAUGAUACCACAAAAUGCAUGGGCCGCUCAAUUGAUGGCCCAGCAGGCAUACGCGGCUGCACACGCACAGCAGGCACAAUUGCAUGCGCAGCAGCAGAU
...............((((((.....))).......(((.(((((((.((....))))))))))))))).......(((((...((((..((((......)))).))))..))))).... ( -39.50)
>DroSec_CAF1 8200 120 - 1
AACGAUGUCCAUUCCGCCGUACAUGAUACCGCAGAAUGCGUGGGCAGCCCAGCUGAUGGCCCAGCAGGCCUACGCGGCUGCCCAUGCUCAGCAGGCUCAACUGCACGCCCAGCAGCAGAU
...((.(((.((((.((.(((.....))).)).))))((((((((((((..((....((((.....))))...))))))))))))))......)))))..((((..((...)).)))).. ( -47.70)
>DroSim_CAF1 7886 120 - 1
AACGAUGUCCAUUCCGCCGUACAUGAUACCGCAGAAUGCGUGGGCAGCACAGCUGAUGGCCCAGCAGGCCUACGCGGCUGCCCAUGCCCAGCAGGCUCAACUGCACGCCCAGCAGCAGAU
...((.(((.((((.((.(((.....))).)).))))(((((((((((...((....((((.....))))...)).)))))))))))......)))))..((((..((...)).)))).. ( -46.30)
>DroPer_CAF1 7097 120 - 1
AAAGAUGUCCAUUCCGCCGUACAUGAUACCACAAAAUGCAUGGGCCGCUCAAUUGAUGGCCCAGCAGGCAUACGCGGCUGCACACGCACAGCAGGCACAAUUGCAUGCGCAGCAGCAGAU
...............((((((.....))).......(((.(((((((.((....))))))))))))))).......(((((...((((..((((......)))).))))..))))).... ( -39.50)
>consensus
AACGAUGUCCAUUCCGCCGUACAUGAUACCACAAAAUGCGUGGGCAGCCCAGCUGAUGGCCCAGCAGGCCUACGCGGCUGCCCAUGCACAGCAGGCUCAACUGCACGCCCAGCAGCAGAU
............((.((.((.................((((((((((((..((....((((.....))))...))))))))))))))...((((......)))).......)).)).)). (-31.56 = -33.12 +   1.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:19:26 2006