| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,632,534 – 7,632,651 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.699891 |
| Location | 7,632,534 – 7,632,651 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.22 |
| Mean single sequence MFE | -54.90 |
| Consensus MFE | -30.94 |
| Energy contribution | -32.95 |
| Covariance contribution | 2.01 |
| Combinations/Pair | 1.22 |
| Mean z-score | -1.80 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| SVM decision value | 0.35 |
| SVM RNA-class probability | 0.699891 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7632534 117 + 20766785 CCGCGGGCGGUGCGCAGCAUCAGCUGGCUGGCUAUGCUGUGUGAAAUCGGUGGCUGCGCUGAGUAACCGCCUCCUGGCGAUCCCAUGGAUCCCGCCGAUCCGGAACCGGAUCGCUUA ..((((((((((((((((((.((((....)))))))))))))....((((((....))))))...)))))))...((.(((((...)))))))))(((((((....))))))).... ( -58.40) >DroVir_CAF1 112422 102 + 1 CCGCGCGCUGUGCGCAGCAUCAAUUGGCUGGCAAUGCUGUGGGAAACUGGCGG---CGACGCAUAGCC---ACCUAGUGCUCCAGCGG---C------GGCGCUGCCUGAUCGCUUG ..((((.....))))(((((((...(((.(((..((((((.(((.(((((.((---(........)))---.)).)))..))).))))---)------)..)))))))))).))).. ( -43.90) >DroSec_CAF1 77414 117 + 1 CCGCGGGCGGUGCGCAGCAUCAGCUGACUGGCUAUGCUGUGUGAAAUCGGUGGCUGCGCGGAGUAACCGCCUCCUGGCGAUCCCAUGGAGCCAGCCGAUCCGGAACCGGAUCGCUUG ...(((((((((((((((((.((((....)))))))))))))...((((((((((.((.((.(....((((....))))..))).)).))))).)))))(((....))))))))))) ( -56.20) >DroEre_CAF1 80406 117 + 1 CCGCGGGCGGUGCGCAGCAUCAGCUGGCUGGCUAUGCUGUGGGAAAUCGGUGGCUGCGCGGAGUAAACGCCUCCUGGUGAUCCCAUGGAUCCCGCUGCUCCGGAUCCGGAUCGCUUG ...((((((((.((((((((.((((....))))))))))).(((..((((.(((.((..((((.......)))).((.(((((...))))))))).))))))).)))).)))))))) ( -52.00) >DroYak_CAF1 80434 108 + 1 CCGCGGGCGGUGCGCAGCAUCAGCUGGCUGGCUAUGCUGUGGGAAAUCGGUGGCUGCGCGGAGUAGCCGCCUCCUGGCGAUCCCAUGGAUC---------CGGAUCCGGAUCGCUUG ..(((((...((((((((((.((((....)))))))))))((((....(((((((((.....))))))))))))).)))..)))...((((---------((....))))))))... ( -55.70) >DroAna_CAF1 76205 117 + 1 CCGCGGGCGGUGCGCAGCAUCAGCUGGCUGGCUAUACUGUGGGACACCAUGGGUGGCGCCGCAUAGCCGCUACCCGGCGAUCCCGCAGAUGCUCCGUUACCGCCACCGGAUCGCUUG (((..(((((((((.((((((((((....))))....((((((((.((..((((((((.(.....).)))))))))).).))))))))))))).)).)))))))..)))........ ( -63.20) >consensus CCGCGGGCGGUGCGCAGCAUCAGCUGGCUGGCUAUGCUGUGGGAAAUCGGUGGCUGCGCGGAGUAACCGCCUCCUGGCGAUCCCAUGGAUCC_GC_G_UCCGGAACCGGAUCGCUUG ..(.(((((((.((((((((.((((....)))))))))))).....((.(((....))).))...))))))).).((((((((...((..((.........))..)))))))))).. (-30.94 = -32.95 + 2.01)
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