Locus 2016

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,591,374 – 7,591,508
Length 134
Max. P 0.926203
window3335 window3336 window3337

overview

Window 5

Location 7,591,374 – 7,591,475
Length 101
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.08
Mean single sequence MFE -46.55
Consensus MFE -27.36
Energy contribution -30.62
Covariance contribution 3.26
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -3.05
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.755292
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7591374 101 - 20766785
GCGUAUCCGUA--UCGGACGGACGGUGGACAGGGCUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUUGCAGGCUGCUUGUGCUGCACUCAACGCGAUGCGCA
(((((((((((--(((......)))).....(((((((((.(((((((((......))))))))).))))))((.((....)).)).))).))).))))))). ( -49.00)
>DroVir_CAF1 51236 89 - 1
----AUUGAUAAGACAGCCGGAC-GUGUACUGG----CAUGUG-----CUUGCAUUGUCCUGGCAAUUGCCGGCUGCUUUUCUACUAGCAUGCGCGAUAUGCA
----...((.(((.(((((((((-(((((..((----(....)-----)))))).))))).(((....))))))))))).)).....(((((.....))))). ( -33.50)
>DroSec_CAF1 37087 101 - 1
GCGUAUCCGUA--UCGGACGGACGGUGGACAGGGCUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUUGCAGGCUGCUUGCGCCGCACUCAACGCGAUGCGCA
((((((((((.--...((.(..(((((.(..((.((((((.(((((((((......))))))))).)))))).))...).)))))..))).))).))))))). ( -53.40)
>DroSim_CAF1 37876 101 - 1
GCGUAUCCGUA--UCGGACGGACGGUGGACAGGACUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUUGCAGGCUGCUUGUGCCGCACUCAACGCGAUGCGCA
((((((((((.--.((......))(((((((((.((((((.(((((((((......))))))))).))))))....))))).)))).....))).))))))). ( -52.70)
>DroEre_CAF1 36441 101 - 1
CCGUAUCCGUA--UCGGACGGACGGCGGACAGGGAUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUUGCAGGCUGCUGGUGCCGCACUCAACGCGAUGCGCA
.(((((((((.--..(..(((.((.(((.(((...(((((.(((((((((......))))))))).)))))..)))))).)))))..)...))).)))))).. ( -47.30)
>DroYak_CAF1 37716 101 - 1
CCGUAUCCGUA--UCGGACGGUCAGUGGACAGGGAUGCAGGUGCCGGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUUGCAGGCUGCUUGUGCCGCACUCAACGCGAUGCGAA
.(((((((((.--..(..(((.((..((.(((...(((((.(((((((((......))))))))).)))))..)))))..)))))..)...))).)))))).. ( -43.40)
>consensus
GCGUAUCCGUA__UCGGACGGACGGUGGACAGGGCUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUUGCAGGCUGCUUGUGCCGCACUCAACGCGAUGCGCA
.(((((((((....((......))(((((((((..(((((.(((((((((......))))))))).))))).....))))).)))).....))).)))))).. (-27.36 = -30.62 +   3.26)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 7,591,409 – 7,591,508
Length 99
Sequences 5
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.06
Mean single sequence MFE -38.60
Consensus MFE -27.37
Energy contribution -29.30
Covariance contribution 1.93
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.887754
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7591409 99 + 20766785
AAUUGCCAGGACAAUGCCAUCCUGGCACCUGCAGCCCUGUCCACCGUCCGUCCGAUACGGAUACGCA------GUGCCCAGGCACAGGACGAUGGUUACGUGCCA
...((((((((........))))))))......(((.((.(((.((((((((((...))))).....------((((....)))).))))).))).)).).)).. ( -39.20)
>DroSec_CAF1 37122 99 + 1
AAUUGCCAGGACAAUGCCAUCCUGGCACCUGCAGCCCUGUCCACCGUCCGUCCGAUACGGAUACGCA------GUGCCCAGGCACAGGACGCCGGUUACGUGCCA
...((((((((........))))))))((((..(((.((..(((.((..(((((...)))))..)).------)))..))))).))))..((((....)).)).. ( -38.10)
>DroSim_CAF1 37911 99 + 1
AAUUGCCAGGACAAUGCCAUCCUGGCACCUGCAGUCCUGUCCACCGUCCGUCCGAUACGGAUACGCA------GUGCCCAGGCACAGGACGAUGGUUACGUGCCA
...((((((((........))))))))...(((((.....(((.((((((((((...))))).....------((((....)))).))))).)))..)).))).. ( -39.60)
>DroEre_CAF1 36476 94 + 1
AAUUGCCAGGACAAUGCCAUCCUGGCACCUGCAUCCCUGUCCGCCGUCCGUCCGAUACGGAUACGGAUAAG-----------GAUACGCCGACGGUUACGUGCCA
...((((((((........)))))))).(.((((((.((((((..((((((.....)))))).)))))).)-----------)))..)).)..(((.....))). ( -37.30)
>DroYak_CAF1 37751 105 + 1
AAUUGCCAGGACAAUGCCAUCCCGGCACCUGCAUCCCUGUCCACUGACCGUCCGAUACGGAUACGGAUACGAGGCGGACGGGCACAGGACGACGGCUACGUGCCA
...((((.(((........))).))))((((....(((((((.((....(((((.........)))))....)).)))))))..)))).....(((.....))). ( -38.80)
>consensus
AAUUGCCAGGACAAUGCCAUCCUGGCACCUGCAGCCCUGUCCACCGUCCGUCCGAUACGGAUACGCA______GUGCCCAGGCACAGGACGACGGUUACGUGCCA
...((((((((........))))))))...(((.......(((.((((((((((...)))))...........((((....)))).))))).))).....))).. (-27.37 = -29.30 +   1.93)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 7,591,409 – 7,591,508
Length 99
Sequences 5
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.06
Mean single sequence MFE -44.94
Consensus MFE -32.67
Energy contribution -33.84
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.17
SVM RNA-class probability 0.926203
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7591409 99 - 20766785
UGGCACGUAACCAUCGUCCUGUGCCUGGGCAC------UGCGUAUCCGUAUCGGACGGACGGUGGACAGGGCUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUU
..(((.((..(((((((((.((((....))))------......((((...)))).))))))))).....)))))...(((((((((......)))))))))... ( -45.00)
>DroSec_CAF1 37122 99 - 1
UGGCACGUAACCGGCGUCCUGUGCCUGGGCAC------UGCGUAUCCGUAUCGGACGGACGGUGGACAGGGCUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUU
..((.((....))))..((((((((((..(((------((....(((((.....))))))))))..)).))).)))))(((((((((......)))))))))... ( -43.60)
>DroSim_CAF1 37911 99 - 1
UGGCACGUAACCAUCGUCCUGUGCCUGGGCAC------UGCGUAUCCGUAUCGGACGGACGGUGGACAGGACUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUU
..((......(((((((((.((((....))))------......((((...)))).))))))))).((((((....((((((.....)))))))))))))).... ( -44.90)
>DroEre_CAF1 36476 94 - 1
UGGCACGUAACCGUCGGCGUAUC-----------CUUAUCCGUAUCCGUAUCGGACGGACGGCGGACAGGGAUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUU
..((.((.......))))(((((-----------(((.(((((.(((((.....)))))..))))).))))))))...(((((((((......)))))))))... ( -44.60)
>DroYak_CAF1 37751 105 - 1
UGGCACGUAGCCGUCGUCCUGUGCCCGUCCGCCUCGUAUCCGUAUCCGUAUCGGACGGUCAGUGGACAGGGAUGCAGGUGCCGGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUU
.(((.....))).....(((((((((((((((.......(((..((((...)))))))...)))))).))).))))))(((((((((......)))))))))... ( -46.60)
>consensus
UGGCACGUAACCGUCGUCCUGUGCCUGGGCAC______UGCGUAUCCGUAUCGGACGGACGGUGGACAGGGCUGCAGGUGCCAGGAUGGCAUUGUCCUGGCAAUU
..((((.(..(((((((((.((((....))))............((((...)))).)))))))))..).)..)))...(((((((((......)))))))))... (-32.67 = -33.84 +   1.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:18:57 2006