| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,587,373 – 7,587,472 |
| Length | 99 |
| Max. P | 0.854154 |
| Location | 7,587,373 – 7,587,472 |
|---|---|
| Length | 99 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 105 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.58 |
| Mean single sequence MFE | -40.32 |
| Consensus MFE | -23.72 |
| Energy contribution | -23.84 |
| Covariance contribution | 0.12 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -2.27 |
| Structure conservation index | 0.59 |
| SVM decision value | 0.80 |
| SVM RNA-class probability | 0.854154 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7587373 99 + 20766785 AUUCCUGUCGCCCCACGU--GCUCCUGUGUGUUGGUGGGACAGAUACAUUCGUACACCCCUACA----CAUGGGUGUGUGGGUGCCAGGACACGUCCGUGCGCUA ..(((((..((((((((.--.(((.((((((..((((..((.((.....)))).))))..))))----)).)))..)))))).)))))))(((....)))..... ( -43.00) >DroSec_CAF1 33212 103 + 1 AUUCCUGUCGCCCCACGUUUGCGCCUGUGUGUUGGUUAGACAGAUACAGUCGUACACACAUACACC--CAUGGGUGUGUGGGUGCCAGCACACGUUCGUGCCUUA .........(((((((((.((((.((((((.(((......))))))))).)))).))....(((((--....)))))))))).))..((((......)))).... ( -38.30) >DroSim_CAF1 33930 103 + 1 AUUCCUGUCGCCCCACGUUUGCGCCUGUGUGUUGGUUAGACAGAUACAGUCGUACACACAUACACA--CAUGGGUGUGUGGGUGCCAGGACACGUUCGUGCGUUA ..(((((.(((((...((.((((.((((((.(((......))))))))).)))).))....(((((--(....))))))))))).))))).((((....)))).. ( -39.60) >DroEre_CAF1 32570 96 + 1 AUUCCUGUCGCUCCACGUGU--GUC--UGUGUUGGUGGGACAGAUACAGCCAGGC---CAUACGUUGG--UGUGGGUGUGGGCGCCAGGACACGUCCGUGCGCUA ..(((((.((((((((.(((--(((--(((.(.....).))))))))).(((.((---((.....)))--).)))))).))))).)))))(((....)))..... ( -43.70) >DroYak_CAF1 33885 98 + 1 AUUCCUGUCGCCCCACGUGU--GCC--UGUGUUGGUGGGACAGAUACACCCAUGC---CAUACACUGCCUUGUGUGUGUGGGUGCCAGGACACGUCCGUGCGUUA ..(((((.(((((((((..(--((.--.(((((((((((.........)))..))---)).)))).))...)..)))).))))).)))))(((....)))..... ( -37.00) >consensus AUUCCUGUCGCCCCACGUGUGCGCCUGUGUGUUGGUGGGACAGAUACAGUCGUACAC_CAUACACU__CAUGGGUGUGUGGGUGCCAGGACACGUCCGUGCGUUA ..(((((.((((((((...........((((((.(.....).))))))..........((((........)))).))).))))).)))))(((....)))..... (-23.72 = -23.84 + 0.12)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:18:54 2006