Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,478,728 – 7,478,843 |
Length | 115 |
Max. P | 0.562789 |
Location | 7,478,728 – 7,478,843 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.09 |
Mean single sequence MFE | -43.35 |
Consensus MFE | -28.67 |
Energy contribution | -28.68 |
Covariance contribution | 0.01 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -1.33 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.562789 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7478728 115 - 20766785 UUUCGGAGGUUUCUCGCUGCGCUUGUGGGCCAGUUGUUGCGUCUGCAGCAGCAGCUGCUCCCGCGUGGCGGCCACAUGUCCUCCACCGUUGCCAUUG---AGAUGCUUGCCCAGCUGU-- ....((((((.(((((.((.((..(((((.((((((((((.......))))))))))..)))))((((.((.(....).)).))))....)))).))---))).)))).)).......-- ( -46.80) >DroVir_CAF1 104163 120 - 1 UUUGGGUGGCUUCUCGCUGCGCUUAUGCGCCAAUUGUUGCGUCUGCAAUAGCAGUUGCUCACGUGUGGCAGCCACAUGACCGCUGCUGCUGCCAUUAUUUAAAUGCUUGCCCAGUUGCUG .(((((((((........((((....))))....((((((....))))))(((((.((...(((((((...)))))))...)).))))).)))(((.....)))....))))))...... ( -39.70) >DroPse_CAF1 120093 115 - 1 CUUGGGCGGCUUCUCGCUGCGUUUGUGGGCCAGUUGUUGCGUCUGCAGCAGCAGCUGCUCCCGCGUGGCUGCCACAUGUCCGCUA---UUGCCGUUGUUCAAGAGCUUCCCCAGCUGC-- ((((((((((.....((.(((...(((((.((((((((((.......))))))))))..)))))((((...)))).....)))..---..)).))))))))))((((.....))))..-- ( -45.60) >DroGri_CAF1 97161 120 - 1 UUUGGGUGGCUUCUCGCUGCGUUUGUGCGCCAAUUGCUGCGUCUGCAGUAACAAUUGCUCGCGGGUGGCGGCCACAUGACCAUUGUUGCUGCCAUUAUUCAAAUGUUUUCCAAGUUGCUG ....((..((((......(((((((((((.((((((((((....))))...))))))..))))(((((((((.(((.......))).)))))))))...))))))).....))))..)). ( -42.70) >DroMoj_CAF1 127700 120 - 1 UUUGGGCGGCUUCUCGCUGCGCUUGUGCGCCAAUUGCUGCGUCUGCAGCAACAGUUGCUCACGUGUGGCAGCCACAUGUCCAUUGCUGCUGCCAUUAUUCAAAUGCUUGCCCAGUUGCUG .(((((((((........((((.((.(((.(..(((((((....)))))))..).))).)).))))((((((..((.......))..))))))...........)).)))))))...... ( -44.30) >DroAna_CAF1 91156 120 - 1 UUUGGGUGGCUUCUCGCUCCGUUUGUGGGCCAGUUGUUGCGUUUGCAGAAGCAACUGUUCCCUGGUGGCGGCCACAUGCCCUCCACUGCUUCCGUUGUUCAGAAGCUUACCGAGCUGCUG (((((..(((((((.((..((...((((..((((((((((....)))...)))))))..))..(((((.(((.....)))..)))))))...))..))..)))))))..)))))...... ( -41.00) >consensus UUUGGGUGGCUUCUCGCUGCGCUUGUGCGCCAAUUGUUGCGUCUGCAGCAGCAGCUGCUCCCGCGUGGCGGCCACAUGUCCACUACUGCUGCCAUUAUUCAAAUGCUUGCCCAGCUGCUG ....(((((((.......((...((((((.((((((((((.......))))))))))..))))))(((((((...............)))))))..........))......))))))). (-28.67 = -28.68 + 0.01)
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