Locus 1979

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,473,820 – 7,473,911
Length 91
Max. P 0.553162
window3274

overview

Window 4

Location 7,473,820 – 7,473,911
Length 91
Sequences 6
Columns 95
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.15
Mean single sequence MFE -19.20
Consensus MFE -10.71
Energy contribution -11.77
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.553162
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7473820 91 + 20766785
UGGCCACGAUCACCACGAUGAUAGGUUUCAUGUGCAUAACGUAUAUA--AAGUAUAAAGUAUGUGUGUGGCUAAAACAAUAACGAUUAA--UUUG
(((((((..........((((......))))(..((((...(((((.--..)))))...))))..))))))))................--.... ( -19.50)
>DroSec_CAF1 90255 91 + 1
UGGCCACGAUCUCCGCGAUGAUAGGUUUUAUGUGCAUAACAUAUAUAUGAAGUAUAAAGUAUGU--GUGGAUAAAACAAUAACUAUUAA--UUUG
....(.((.....)).).(((((((((((((.((((((((.(((((.....)))))..)).)))--))).))))))).....)))))).--.... ( -14.00)
>DroSim_CAF1 82513 91 + 1
UGGCCACGAUCUCUACGAUGAUAGGUUUCAUGUGCAUAACGUAUAUAUGAAGUAUAAAGUAUGU--GUGGCUAAAACAAUAACUAUUAA--UUUG
(((((((((..((((......))))..))....(((((...(((((.....)))))...)))))--)))))))................--.... ( -20.30)
>DroEre_CAF1 89861 87 + 1
UGGCCACGAUCUCAACUAUGAUAGGUUUUAUGUGCAUAAAGUAUAC----AGUAUAAAGUAUGU--GUGGCUAAAGCAAUAACUAUUAA--UUGU
(((((((.(((........)))...........(((((...((((.----..))))...)))))--)))))))..(((((........)--)))) ( -17.00)
>DroYak_CAF1 88539 87 + 1
UGGCCACGAUCGCAACUGUGAUAGAUUUUAUGUGCAUAAAGUAUAC----AGUAUACAGUAUGU--GUGGCUAAAACAAUAACACUUAA--UUAU
(((((((.(((((....)))))...........(((((..(((((.----..)))))..)))))--)))))))................--.... ( -22.00)
>DroAna_CAF1 86888 80 + 1
CGGCUCUGAUGUGAACUAUGAUAGGUGUUAU-----------AUAUAC--GCUGUCUAGUAUGA--GCUCCCAUAACAAUAAACAUCGGGCUUAG
.(((.(((((((..((((.(((((((((...-----------..))))--.)))))))))(((.--.....)))........))))))))))... ( -22.40)
>consensus
UGGCCACGAUCUCAACGAUGAUAGGUUUUAUGUGCAUAACGUAUAUA___AGUAUAAAGUAUGU__GUGGCUAAAACAAUAACUAUUAA__UUUG
(((((((..........((((......))))..(((((...(((((.....)))))...)))))..)))))))...................... (-10.71 = -11.77 +   1.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

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