Locus 1957

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,392,776 – 7,392,922
Length 146
Max. P 0.659046
window3234 window3235 window3236 window3237

overview

Window 4

Location 7,392,776 – 7,392,884
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -35.38
Consensus MFE -24.26
Energy contribution -24.43
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.659046
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7392776 108 + 20766785
UGAUUGGCGUAUUUUUCAGUCACUUGUUUCUUACAGAGGGCCUGCGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGUAGUAACUGAGCUAACGGGUAUGAUAUCGACC
.((((((........))))))(((((((.(((((((.....)))....((((((((((((.........))))))))))))..))))..)))))))............ ( -30.50)
>DroVir_CAF1 8584 108 + 1
UCAUUGCUAUACUUGUCCGUUAUCUUCUGCUCCAGCAGGGCCUGUGAGUAUUGCAGCGCAUCCAGGUGCUUCAGUUGGGUAACAGCUCGCUUGGGUAUCUUGACCAGC
....(((.(((((..(..((.....(((((....)))))))..)..))))).)))((...((.(((((((..(((.((((....)))))))..))))))).))...)) ( -31.00)
>DroSec_CAF1 8977 108 + 1
UGAUUGGCGUAUUUUUCAGUCACUUGUUGCUUACAGAGGGCCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAACUGACGGGUAUGAUAUCGACC
.(((...((((((..(((((((........((((((.....)))))).((((((((((((.........))))))))))))..)).)))))..))))))..))).... ( -38.90)
>DroSim_CAF1 407 108 + 1
UGAUUGGCGUAUUUUUCAGUCACUUGUUGCUUACAGAGGGCCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAACUGACGGGUAUGAUAUCGACC
.(((...((((((..(((((((........((((((.....)))))).((((((((((((.........))))))))))))..)).)))))..))))))..))).... ( -38.90)
>DroEre_CAF1 8759 108 + 1
UCAUUGGCGUAUUUUUCAGUCACUUGCUGCUUACUGAGGGCCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAAUUGGCGGGUAUGAUAUCGACC
((((...(((....(((((((((..(((.(((...))))))..)))).((((((((((((.........)))))))))))).)))))...)))...))))........ ( -37.00)
>DroYak_CAF1 7339 108 + 1
UCAUUGGCGUGUUUUUCAGUUACUUGUUGCUUACUGAGGGCCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAAUUGGCGGGAAUGAUGUCGACC
...(((((((..((((((((............))))))))(((((.((((((((((((((.........))))))))))))......)).)))))....))))))).. ( -36.00)
>consensus
UCAUUGGCGUAUUUUUCAGUCACUUGUUGCUUACAGAGGGCCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAACUGACGGGUAUGAUAUCGACC
.......((((((..((((((((.....((((.....))))..)))).((((((((((((.........))))))))))))......))))..))))))......... (-24.26 = -24.43 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 7,392,776 – 7,392,884
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -29.30
Consensus MFE -19.58
Energy contribution -20.08
Covariance contribution 0.51
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.575057
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7392776 108 - 20766785
GGUCGAUAUCAUACCCGUUAGCUCAGUUACUACAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCGCAGGCCCUCUGUAAGAAACAAGUGACUGAAAAAUACGCCAAUCA
((.((...........(....)(((((((((.(((((((.........)))))))..((.(((((((.....))))..))))).)))))))))......))))..... ( -26.90)
>DroVir_CAF1 8584 108 - 1
GCUGGUCAAGAUACCCAAGCGAGCUGUUACCCAACUGAAGCACCUGGAUGCGCUGCAAUACUCACAGGCCCUGCUGGAGCAGAAGAUAACGGACAAGUAUAGCAAUGA
((((((......)))..)))..(((((.((....(((.....(((((((((...)))....)).))))..((((....)))).......)))....)))))))..... ( -22.30)
>DroSec_CAF1 8977 108 - 1
GGUCGAUAUCAUACCCGUCAGUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGGCCCUCUGUAAGCAACAAGUGACUGAAAAAUACGCCAAUCA
(((.(((.........)))..((((((((((((((((((.........)))))))).......((((.....))))........))))))))))......)))..... ( -31.50)
>DroSim_CAF1 407 108 - 1
GGUCGAUAUCAUACCCGUCAGUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGGCCCUCUGUAAGCAACAAGUGACUGAAAAAUACGCCAAUCA
(((.(((.........)))..((((((((((((((((((.........)))))))).......((((.....))))........))))))))))......)))..... ( -31.50)
>DroEre_CAF1 8759 108 - 1
GGUCGAUAUCAUACCCGCCAAUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGGCCCUCAGUAAGCAGCAAGUGACUGAAAAAUACGCCAAUGA
((.((...........(((........((((((((((((.........))))))))))))......)))..(((((..((.....)).)))))......))))..... ( -32.14)
>DroYak_CAF1 7339 108 - 1
GGUCGACAUCAUUCCCGCCAAUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGGCCCUCAGUAAGCAACAAGUAACUGAAAAACACGCCAAUGA
((.((...........(((........((((((((((((.........))))))))))))......)))..(((((..((.....)).)))))......))))..... ( -31.44)
>consensus
GGUCGAUAUCAUACCCGUCAGUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGGCCCUCUGUAAGCAACAAGUGACUGAAAAAUACGCCAAUCA
(((.(....)...........((((((((((((((((((.........))))))))...........((.........))....))))))))))......)))..... (-19.58 = -20.08 +   0.51)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 7,392,816 – 7,392,922
Length 106
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.06
Mean single sequence MFE -35.15
Consensus MFE -21.03
Energy contribution -22.15
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.581714
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7392816 106 + 20766785
CCUGCGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGUAGUAACUGAGCUAACGGGUAUGAUAUCGACCACAAGGCGCGCCAAAAGCAAUGCACUCAGAUUUAAAGG--
(((..((((.(((.((((((((((.(((((((...))))))).)))(((....(((.((....)))))....((....))...))).))))))))))))))..)))-- ( -32.20)
>DroGri_CAF1 8647 108 + 1
CCUGUGAGUAUUGCAGAGCAUCCAUGUGCUGUAGUUGAGUCACAACUCGCUUGGGUAUCUGGGCGACCAGCAGCUGAGCCAACAAGGACGCACUAAGCGCCAAGGCAG
(((((((.((((((((.(((....))).)))))))..).)))).....(((..(.(..((((....)))).).)..)))......((.(((.....))))).)))... ( -34.60)
>DroSec_CAF1 9017 106 + 1
CCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAACUGACGGGUAUGAUAUCGACCACAAGGCGCGCCAAAAGCAAGGCACUCAGAUUUAAAGG--
(((.((((((((((((((((.........)))))))))))).((((.((....(((.((....)))))...))....(((........)))..)))).)))).)))-- ( -34.50)
>DroSim_CAF1 447 106 + 1
CCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAACUGACGGGUAUGAUAUCGACCACAAGGCGCGUCAAAAGCAAGGCACUCAGAUUUAAAGG--
(((.(((((.(((.(((((.((((.(((((((...))))))).)))).(((((.((.((........))....)).)))))........))))))))))))).)))-- ( -34.70)
>DroEre_CAF1 8799 106 + 1
CCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAAUUGGCGGGUAUGAUAUCGACCACAAGGCGCGCCAAAAGCAAAGCACUCAGAUUUAAAGG--
(((.(((((.(((.(((((.((((.(((((((...))))))).))))((((((.((.((........))....)).)))))).......))))))))))))).)))-- ( -38.20)
>DroYak_CAF1 7379 106 + 1
CCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAAUUGGCGGGAAUGAUGUCGACCACAAGGCGUGCUAAAAGCAAAGCACUCAGAUUUAAAGG--
(((.((((((((((((((((.........)))))))))))).((((..((((((.(....).))).)))......(((((........))))))))).)))).)))-- ( -36.70)
>consensus
CCUGUGAAUACUGCAGUGCAUUCAUUUGCUGCACUGCAGUAACUGAACUGACGGGUAUGAUAUCGACCACAAGGCGCGCCAAAAGCAAAGCACUCAGAUUUAAAGG__
(((.((((((((((((((((.........)))))))))))).((((.......(((.((....))))).....((.........)).......)))).)))).))).. (-21.03 = -22.15 +   1.12)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 7

Location 7,392,816 – 7,392,922
Length 106
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.06
Mean single sequence MFE -32.24
Consensus MFE -21.91
Energy contribution -23.39
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.68
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513361
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7392816 106 - 20766785
--CCUUUAAAUCUGAGUGCAUUGCUUUUGGCGCGCCUUGUGGUCGAUAUCAUACCCGUUAGCUCAGUUACUACAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCGCAGG
--(((......((((((.....((.....))(((...((((((....))))))..)))..)))))).((((.(((((((.........))))))).)))).....))) ( -26.90)
>DroGri_CAF1 8647 108 - 1
CUGCCUUGGCGCUUAGUGCGUCCUUGUUGGCUCAGCUGCUGGUCGCCCAGAUACCCAAGCGAGUUGUGACUCAACUACAGCACAUGGAUGCUCUGCAAUACUCACAGG
..((....))((..((.((((((.((((((((......((((....)))).......))).(((((.....))))).)))))...)))))).))))............ ( -31.62)
>DroSec_CAF1 9017 106 - 1
--CCUUUAAAUCUGAGUGCCUUGCUUUUGGCGCGCCUUGUGGUCGAUAUCAUACCCGUCAGUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGG
--.............(((((........)))))..(((((((..(((.........)))........((((((((((((.........)))))))))))).))))))) ( -35.30)
>DroSim_CAF1 447 106 - 1
--CCUUUAAAUCUGAGUGCCUUGCUUUUGACGCGCCUUGUGGUCGAUAUCAUACCCGUCAGUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGG
--.........(((........(((.((((((.(...((((((....)))))).)))))))...)))((((((((((((.........))))))))))))....))). ( -31.30)
>DroEre_CAF1 8799 106 - 1
--CCUUUAAAUCUGAGUGCUUUGCUUUUGGCGCGCCUUGUGGUCGAUAUCAUACCCGCCAAUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGG
--(((......((((((((...))...(((((.(...((((((....)))))).)))))))))))).((((((((((((.........)))))))))))).....))) ( -34.50)
>DroYak_CAF1 7379 106 - 1
--CCUUUAAAUCUGAGUGCUUUGCUUUUAGCACGCCUUGUGGUCGACAUCAUUCCCGCCAAUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGG
--(((......(((((((((........)))))......(((.((..........)))))..)))).((((((((((((.........)))))))))))).....))) ( -33.80)
>consensus
__CCUUUAAAUCUGAGUGCCUUGCUUUUGGCGCGCCUUGUGGUCGAUAUCAUACCCGUCAGUUCAGUUACUGCAGUGCAGCAAAUGAAUGCACUGCAGUAUUCACAGG
...............(((((........)))))..(((((((..((................))...((((((((((((.........)))))))))))).))))))) (-21.91 = -23.39 +   1.48)

alignment

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