| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,284,342 – 7,284,442 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.946925 |
| Location | 7,284,342 – 7,284,442 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.70 |
| Mean single sequence MFE | -39.87 |
| Consensus MFE | -17.51 |
| Energy contribution | -19.90 |
| Covariance contribution | 2.39 |
| Combinations/Pair | 1.06 |
| Mean z-score | -2.98 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| SVM decision value | 1.37 |
| SVM RNA-class probability | 0.946925 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7284342 100 - 20766785 CGCAGAGCA--CUGAUCUGGAUCU------GGAUCAGAUCUUGGUG-----GGCUUGGGGGCUCUUGGGGCUC-CAGGCCCCAACUGUCUGCCACAUAAAGAUUCAAGUUCAGU ....((((.--(((((((......------)))))))(((((.(((-----(((....((((..(((((((..-...)))))))..))))))).))).)))))....))))... ( -41.90) >DroSec_CAF1 80323 100 - 1 CGCAGAGCA--CUGAUCUGGAUCU------GGAUCAGAUCUUGGUG-----GACUUGGGGGCUCUUGGGGCUC-CAGGCCCCAACUGUCUGCCACAUAAAGAUUCAAGUUCAGU ....((((.--(((((((......------)))))))(((((((..-----(((...((((((..(((....)-))))))))....)))..))).....))))....))))... ( -40.50) >DroSim_CAF1 83735 100 - 1 CGCAGAGCA--CUGAUCUGGAUCU------GGAUCAGAUCUUGGUG-----GGCUUGGGGGCUCUUGUGCCUC-CAGGCCCCAACUGUCUGCCACAUAAAGAUUCAAGUUCAGU ....((((.--..(((((..((.(------((..(((((....(.(-----(((((((((((......)))))-))))))))....)))))))).))..)))))...))))... ( -43.50) >DroEre_CAF1 80012 104 - 1 CGCAGAGCU--CUGAUCUGGAUCUGGAUCUGGAUCUGAUCUUGGUG-------UUUGGGGGCUCUUGGGGCUC-CAGGCCCCAACUGUCUGCCACAAGCGGAUUCAAGUUCAGU ..((((...--....))))...(((((..((((((((..((((...-------..(((((((..(((((((..-...)))))))..)))).)))))))))))))))..))))). ( -41.30) >DroYak_CAF1 82265 103 - 1 CGCAGAGCU--CUGAUCUGAAUCU------GGAUCUGAUCUUGCGGCUGGUGGCUUGGUGG--CUUGGAGCUC-CAGACCCCAACUGUCUGCCACAUACGGAUUCAAGUUCAGU ..(((....--)))..(((((..(------(((((((....((.(((.((..(.((((.((--..(((....)-))..)))))))..)).))).))..))))))))..))))). ( -41.30) >DroAna_CAF1 75923 84 - 1 CACACAGCUCUCUGAUCUGGAUCU------UG------------------------UGGGGCAUUCGGUGCUUUCGGUACCGAUCUGUCUGCCACAUAAAGAUUCAAGUUCAGU ...........((((.((((((((------((------------------------(((((((.(((((((.....)))))))..))))..)))))...)))))).)).)))). ( -30.70) >consensus CGCAGAGCA__CUGAUCUGGAUCU______GGAUCAGAUCUUGGUG_____GGCUUGGGGGCUCUUGGGGCUC_CAGGCCCCAACUGUCUGCCACAUAAAGAUUCAAGUUCAGU ...........((((.((((((((......((((...))))..............(((((((..((((((((....))))))))..)))).))).....)))))).)).)))). (-17.51 = -19.90 + 2.39)
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