Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,205,355 – 7,205,475 |
Length | 120 |
Max. P | 0.601288 |
Location | 7,205,355 – 7,205,475 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.72 |
Mean single sequence MFE | -48.32 |
Consensus MFE | -31.91 |
Energy contribution | -31.53 |
Covariance contribution | -0.38 |
Combinations/Pair | 1.48 |
Mean z-score | -1.29 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.601288 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7205355 120 + 20766785 UCGGACUUGGUCAGCUCCUGGGAUACAAAUUCGGACAGGCUGCUGGCGAAGUCACCAGCUGGUGCCUGCUCCACGGCUCCACUUCCACCGCUGGUGGCUGCCGGUGGGAAAUUGGUGCUC ...(((((.((((((.((((.((.......))...))))..)))))).)))))(((((.(((.(((........))).)))......((((((((....))))))))....))))).... ( -50.00) >DroVir_CAF1 373 120 + 1 UCCGACUUGGUCAGCUCCUGGGACACAAACUCGGUCAGGCUGCUGGCGUAGUCGCCGGCUGGCGCUUGUUCCACGGCGCCGUUGCCGCCGCUAGUGGCAGCAGGUGGGAAGUUUGUGCCA ...(((...)))........((.(((((((((((.(((((.(((((((....)))))))....)))))..))....((((((((((((.....)))))))).)))).).)))))))))). ( -53.80) >DroGri_CAF1 371 120 + 1 UCCGAUUUGGUCAGCUCCUGCGACACAAAUUCACUCAGCGCACUGGCAUAGUCACCAGCGGGUGCCUGCUCCACAGCGCCACUGCCUCCACUGGUGGCUGCUGGUGGGAAAUUUGUGCCA ((((((((((((.((....))))).))))))(((.((((((....))..(((((((((.(((.((.((((....)))).....)).))).)))))))))))))))))))........... ( -45.40) >DroWil_CAF1 2017 120 + 1 UCGGAUUUGGUUAACUCUUGGGAGACGAAUUCACUCAAUGAGCUGGCAUAAUCACCAGCAGGAGCCUGCUCAACGGCUCCACUGCCGCCAGUGGUAGCGGCCGGUGGGAAAUUUGUGCCA ..(((((((.....(((....))).)))))))............((((((((((((.((.((((((........)))))).((((((....))))))..)).))))).....))))))). ( -44.60) >DroMoj_CAF1 371 120 + 1 UCUGACUUAGUCAGUUCCUGCGAAACGAAUUCCGACAGGCUGCUGGCAUAGUCGCCAGCUGGUGCUUGUUCCACAGCACCAUUUCCGCCACUAGUGGCAGCUGGGGGGAAGUUCGUGCCA .(((((...))))).......(..(((((((((..(.((((((((((......))))))(((((((.(.....)))))))).....((((....)))))))).)..)).)))))))..). ( -48.00) >DroAna_CAF1 371 120 + 1 UCGGACUUGGUCAGCUCCUGGGAAACGAACUCCGACAGACUGCUGGCGUAAUCUCCAGCGGGAGCCUGCUCCACAGCUCCACUUCCGCCGCUGGCAGCUGCAGGCGGGAAGUUGGUGCCG ........(((((((((((((....).....((..(((.((((..(((.........(((((((...(((....)))....))))))))))..)))))))..)))))).)))))..))). ( -48.10) >consensus UCGGACUUGGUCAGCUCCUGGGAAACAAAUUCAGACAGGCUGCUGGCAUAGUCACCAGCUGGUGCCUGCUCCACAGCUCCACUGCCGCCACUGGUGGCUGCAGGUGGGAAAUUUGUGCCA ...((((..((((((..(((.((.......))...)))...))))))..))))....((.((((((........)))))).......((((((((....)))))))).........)).. (-31.91 = -31.53 + -0.38)
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